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- PDB-5n5u: Structure of p-boronophenylalanyl tRNA synthetase in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5n5u | |||||||||
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Title | Structure of p-boronophenylalanyl tRNA synthetase in complex with p-boronophenylalanine and adenosine monophosphate | |||||||||
![]() | Tyrosine--tRNA ligase | |||||||||
![]() | LIGASE / aminoacylation / non-natural amino acid / synthetic biology | |||||||||
Function / homology | ![]() tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Schiefner, A. / Skerra, A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for the Specific Cotranslational Incorporation of p-Boronophenylalanine into Biosynthetic Proteins. Authors: Schiefner, A. / Nastle, L. / Landgraf, M. / Reichert, A.J. / Skerra, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 147 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 115.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 811.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 813.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5n5vC ![]() 4ndaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35976.734 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: M6L, Y32S, L65A, H70M, D158S, L162E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 Gene: tyrS, MJ0389 / Plasmid: pASK75-BpaRS-His / Production host: ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-AMP / | ||
#3: Chemical | ChemComp-7N8 / | ||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 20 % (w/v) PEG 1000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M sodium cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 29, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8943 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→30 Å / Num. obs: 43906 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.43 % / Biso Wilson estimate: 31.967 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 24.36 / Num. measured all: 326242 / Scaling rejects: 24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4NDA Resolution: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.119 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.0864 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.05 Å2 / Biso mean: 33.232 Å2 / Biso min: 17 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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