PDB-5n5v: Structure of p-boronophenylalanyl tRNA synthetase - apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n5v

タイトル

Structure of p-boronophenylalanyl tRNA synthetase - apo form

要素

Tyrosine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / aminoacylation / non-natural amino acid / synthetic biology

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Schiefner, A. / Skerra, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for the Specific Cotranslational Incorporation of p-Boronophenylalanine into Biosynthetic Proteins.
著者: Schiefner, A. / Nastle, L. / Landgraf, M. / Reichert, A.J. / Skerra, A.

履歴

登録	2017年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5n5v.ent.gz	803.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/5n5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/5n5v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5n5uSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ag6-2 7ckg-1 7ckh-1 4hpw-1 2pxh-2 5n5u-1 4hjr-d 6wrk-1 4nd6-1 2zp1-1 4hjx-d 4qbt-1 1zh0-2 6wrn-1 4nd7-1 4q93-1 1zh6-2 4nda-1 1q11-1 3d6u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tyrosine--tRNA ligase

B: Tyrosine--tRNA ligase

C: Tyrosine--tRNA ligase

D: Tyrosine--tRNA ligase

E: Tyrosine--tRNA ligase

F: Tyrosine--tRNA ligase

G: Tyrosine--tRNA ligase

H: Tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

288 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Tyrosine--tRNA ligase

B: Tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Tyrosine--tRNA ligase

D: Tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
72 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Tyrosine--tRNA ligase

F: Tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

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72 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Tyrosine--tRNA ligase

H: Tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.001, 94.008, 286.566
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	1 - 306	1 - 306
2	1	LEU	LEU	B	B	1 - 306	1 - 306
1	2	ARG	ARG	A	A	1 - 305	1 - 305
2	2	ARG	ARG	C	C	1 - 305	1 - 305
1	3	HIS	HIS	A	A	1 - 309	1 - 309
2	3	HIS	HIS	D	D	1 - 309	1 - 309
1	4	HIS	HIS	A	A	1 - 309	1 - 309
2	4	HIS	HIS	E	E	1 - 309	1 - 309
1	5	HIS	HIS	A	A	1 - 309	1 - 309
2	5	HIS	HIS	F	F	1 - 309	1 - 309
1	6	HIS	HIS	A	A	1 - 309	1 - 309
2	6	HIS	HIS	G	G	1 - 309	1 - 309
1	7	LEU	LEU	A	A	1 - 306	1 - 306
2	7	LEU	LEU	H	H	1 - 306	1 - 306
1	8	ARG	ARG	B	B	1 - 305	1 - 305
2	8	ARG	ARG	C	C	1 - 305	1 - 305
1	9	LEU	LEU	B	B	1 - 306	1 - 306
2	9	LEU	LEU	D	D	1 - 306	1 - 306
1	10	LEU	LEU	B	B	1 - 306	1 - 306
2	10	LEU	LEU	E	E	1 - 306	1 - 306
1	11	LEU	LEU	B	B	1 - 306	1 - 306
2	11	LEU	LEU	F	F	1 - 306	1 - 306
1	12	LEU	LEU	B	B	1 - 306	1 - 306
2	12	LEU	LEU	G	G	1 - 306	1 - 306
1	13	SER	SER	B	B	1 - 307	1 - 307
2	13	SER	SER	H	H	1 - 307	1 - 307
1	14	ARG	ARG	C	C	1 - 305	1 - 305
2	14	ARG	ARG	D	D	1 - 305	1 - 305
1	15	ARG	ARG	C	C	1 - 305	1 - 305
2	15	ARG	ARG	E	E	1 - 305	1 - 305
1	16	ARG	ARG	C	C	1 - 305	1 - 305
2	16	ARG	ARG	F	F	1 - 305	1 - 305
1	17	ARG	ARG	C	C	1 - 305	1 - 305
2	17	ARG	ARG	G	G	1 - 305	1 - 305
1	18	ARG	ARG	C	C	1 - 305	1 - 305
2	18	ARG	ARG	H	H	1 - 305	1 - 305
1	19	HIS	HIS	D	D	1 - 309	1 - 309
2	19	HIS	HIS	E	E	1 - 309	1 - 309
1	20	HIS	HIS	D	D	1 - 309	1 - 309
2	20	HIS	HIS	F	F	1 - 309	1 - 309
1	21	HIS	HIS	D	D	1 - 309	1 - 309
2	21	HIS	HIS	G	G	1 - 309	1 - 309
1	22	LEU	LEU	D	D	1 - 306	1 - 306
2	22	LEU	LEU	H	H	1 - 306	1 - 306
1	23	HIS	HIS	E	E	1 - 309	1 - 309
2	23	HIS	HIS	F	F	1 - 309	1 - 309
1	24	HIS	HIS	E	E	1 - 309	1 - 309
2	24	HIS	HIS	G	G	1 - 309	1 - 309
1	25	LEU	LEU	E	E	1 - 306	1 - 306
2	25	LEU	LEU	H	H	1 - 306	1 - 306
1	26	HIS	HIS	F	F	1 - 309	1 - 309
2	26	HIS	HIS	G	G	1 - 309	1 - 309
1	27	LEU	LEU	F	F	1 - 306	1 - 306
2	27	LEU	LEU	H	H	1 - 306	1 - 306
1	28	LEU	LEU	G	G	1 - 306	1 - 306
2	28	LEU	LEU	H	H	1 - 306	1 - 306

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS 分子量: 35976.734 Da / 分子数: 8 / 変異: M6L, Y32S, L65A, H70M, D158S, L162E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 遺伝子: tyrS, MJ0389 / プラスミド: pASK75-BpaRS-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 16 % (w/v) PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris/HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8943 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月29日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8943 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.505
1	1	h,-k,-l	2	0.495

反射

解像度: 2.3→34.91 Å / Num. obs: 124992 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.808 % / B_iso Wilson estimate: 34.372 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.196 / R_rim(I) all: 0.213 / Χ²: 0.937 / Net I/σ(I): 8.99 / Num. measured all: 850976 / Scaling rejects: 15

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.4	6.865	0.935	2.03	14885	0.602	1.012	100
2.4-2.5	6.872	0.799	2.35	12577	0.691	0.865	100
2.5-2.6	6.882	0.659	2.92	10759	0.737	0.714	100
2.6-2.8	6.859	0.502	3.82	17222	0.845	0.544	100
2.8-3	6.897	0.352	5.49	12887	0.903	0.382	100
3-3.5	6.851	0.204	9.34	20889	0.969	0.221	100
3.5-4	6.725	0.112	16.41	11722	0.989	0.122	100
4-6	6.697	0.084	20.03	16868	0.994	0.092	100
6-8	6.692	0.08	19.82	4125	0.996	0.087	100
8-10	6.364	0.052	27.69	1482	0.998	0.057	99.8
10-34.91	5.961	0.047	30.55	1576	0.998	0.051	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER	2.6.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5n5u

5n5u

解像度: 2.3→34.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 9.545 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.05
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2441	6047	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2123	-	-	-
obs	0.2138	118944	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.09 Å² / B_iso mean: 33.229 Å² / B_iso min: 2.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-28.78 Å²	-0 Å²	-0.69 Å²
2-	-	-2.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	31.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→34.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19733	0	5	197	19935
B_iso mean	-	-	28.19	16.99	-
残基数	-	-	-	-	2465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	20050
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	20141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.705	1.994	26894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.983	3	46607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.071	5	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.211	24.748	893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.12	15	4052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.781	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	21997
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4133

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19306	0.07
1	2	B	19306	0.07
2	1	A	19356	0.05
2	2	C	19356	0.05
3	1	A	19530	0.06
3	2	D	19530	0.06
4	1	A	19610	0.05
4	2	E	19610	0.05
5	1	A	19542	0.05
5	2	F	19542	0.05
6	1	A	19672	0.05
6	2	G	19672	0.05
7	1	A	19432	0.05
7	2	H	19432	0.05
8	1	B	19330	0.05
8	2	C	19330	0.05
9	1	B	19604	0.05
9	2	D	19604	0.05
10	1	B	19442	0.06
10	2	E	19442	0.06
11	1	B	19542	0.05
11	2	F	19542	0.05
12	1	B	19478	0.06
12	2	G	19478	0.06
13	1	B	19640	0.06
13	2	H	19640	0.06
14	1	C	19348	0.05
14	2	D	19348	0.05
15	1	C	19522	0.04
15	2	E	19522	0.04
16	1	C	19374	0.05
16	2	F	19374	0.05
17	1	C	19468	0.05
17	2	G	19468	0.05
18	1	C	19350	0.05
18	2	H	19350	0.05
19	1	D	19644	0.05
19	2	E	19644	0.05
20	1	D	19810	0.04
20	2	F	19810	0.04
21	1	D	19562	0.06
21	2	G	19562	0.06
22	1	D	19686	0.04
22	2	H	19686	0.04
23	1	E	19694	0.05
23	2	F	19694	0.05
24	1	E	19666	0.05
24	2	G	19666	0.05
25	1	E	19358	0.06
25	2	H	19358	0.06
26	1	F	19550	0.06
26	2	G	19550	0.06
27	1	F	19610	0.03
27	2	H	19610	0.03
28	1	G	19476	0.06
28	2	H	19476	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.299→2.359 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	473	-
R_work	0.253	8500	-
all	-	8973	-
obs	-	-	98.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0019	-0.2393	-0.6944	1.7745	0.6229	0.7014	0.0178	0.1567	0.0136	-0.0686	-0.1086	0.0466	0.0703	0.0848	0.0908	0.161	0.0014	-0.0214	0.0982	0.028	0.0879	35.0445	-183.9212	271.1461
2	0.2971	0.4656	-0.5959	1.1213	-0.771	1.2904	0.0183	-0.0643	-0.0074	0.1082	-0.0042	-0.1716	0.0164	0.1939	-0.0141	0.1621	0.0088	-0.0252	0.1234	-0.0166	0.1179	29.5215	-189.5904	281.1042
3	2.4115	0.0263	0.1359	3.1805	1.1557	1.7657	-0.0265	0.1738	-0.0847	-0.19	0.1143	-0.1443	0.089	0.0147	-0.0878	0.1727	0.0002	-0.0061	0.0561	0.0165	0.0319	56.2503	-193.0434	264.3173
4	1.9787	0.7446	-1.3339	1.4015	-0.26	1.0109	0.0821	-0.0933	0.1873	0.014	-0.0304	0.1221	-0.1311	0.0272	-0.0517	0.1939	0.0109	-0.0586	0.1213	-0.0419	0.0881	12.0215	-197.0288	309.0947
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10	2.2687	-0.8161	-0.4854	1.2953	0.0539	0.12	0.0249	-0.0049	0.0783	0.0272	-0.0212	-0.1365	-0.0291	0.0058	-0.0037	0.243	-0.0222	0.0011	0.0604	-0.0029	0.0149	42.0388	-197.1168	355.8532
11	7.9796	-1.3704	0.0605	0.8161	-0.0856	0.0117	0.1125	-0.5168	0.2371	0.1259	-0.1401	-0.3392	-0.0119	0.0444	0.0277	0.406	0.0148	-0.0268	0.3628	-0.0406	0.2687	69.5506	-217.0531	344.8609
12	2.4087	-0.2438	0.0831	3.3686	-0.6554	1.9834	0.0536	0.229	-0.0739	0.0091	-0.0367	-0.1482	0.1971	0.2133	-0.017	0.2634	0.0523	0.0064	0.1678	-0.0358	0.041	62.6376	-209.1384	348.9038
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18	3.2332	0.0345	-0.7546	2.3438	-0.4276	1.5972	0.1017	-0.1475	0.0788	0.0956	0.0011	-0.0244	-0.1041	0.0242	-0.1028	0.2593	-0.0324	-0.0005	0.0994	-0.0024	0.0805	35.7647	-135.1517	364.9237
19	1.0759	-0.1913	0.7754	0.0598	-0.1292	0.5635	0.0316	0.0483	-0.0405	-0.0566	-0.0138	0.0028	0.0064	0.0336	-0.0178	0.2481	0.0129	0.0443	0.1279	-0.0015	0.072	9.4027	-154.4436	440.8449
20	7.944	4.1395	-0.2677	7.2899	-1.7599	0.5214	0.4693	-0.5065	0.136	-0.0331	-0.4592	0.0351	0.0721	0.0715	-0.0101	0.3265	-0.0089	0.0645	0.2087	-0.023	0.1142	33.4734	-154.6873	462.1891
21	1.8013	-0.2407	-0.5674	4.0711	1.1359	0.8101	0.1157	-0.2369	-0.0543	0.1398	-0.1008	-0.1379	-0.2521	-0.1589	-0.0149	0.2698	0.0748	-0.0106	0.1818	0.006	0.0071	31.6583	-153.0054	455.8875
22	3.8702	-0.7184	0.4119	2.6489	0.5981	0.226	0.1185	0.125	-0.1719	-0.0193	-0.0618	-0.0816	0.0099	0.0141	-0.0567	0.1644	-0.0118	-0.0128	0.0982	-0.059	0.0469	-17.2569	-145.1608	403.7578
23	0.9916	-0.784	1.0562	1.3319	-0.0654	3.0153	0.0688	0.1031	-0.0343	0.0381	-0.1457	0.2391	-0.06	-0.0981	0.0769	0.1177	0.0096	0.048	0.043	-0.0062	0.0771	-10.062	-145.6083	413.3415
24	2.4623	0.2979	-0.1141	3.208	0.3019	1.7409	0.021	0.0811	-0.1071	-0.0546	-0.0357	0.1338	-0.0202	0.0924	0.0146	0.1279	0.0109	0.0208	0.0639	-0.0218	0.022	-37.472	-132.7358	402.7421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 196
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	197 - 309
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 136
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	137 - 167
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	168 - 307
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 111
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	112 - 195
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	196 - 306
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 249
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	250 - 264
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	265 - 309
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	1 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	196 - 257
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	258 - 309
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	1 - 6
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	7 - 196
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	197 - 309
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	1 - 250
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	251 - 257
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	258 - 309
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	1 - 85
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	86 - 195
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	196 - 307

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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