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- PDB-7ckg: Crystal structure of TMSiPheRS complexed with TMSiPhe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ckg
タイトルCrystal structure of TMSiPheRS complexed with TMSiPhe
要素Tyrosine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / P-TRIMETHYSILYL PHENYLALANINE
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / Tyrosine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(trimethylsilyl)-L-phenylalanine / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.053 Å
データ登録者Sun, J.P. / Wang, J.Y. / Zhu, Z.L. / He, Q.T. / Xiao, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: DeSiphering receptor core-induced and ligand-dependent conformational changes in arrestin via genetic encoded trimethylsilyl 1 H-NMR probe.
著者: Liu, Q. / He, Q.T. / Lyu, X. / Yang, F. / Zhu, Z.L. / Xiao, P. / Yang, Z. / Zhang, F. / Yang, Z.Y. / Wang, X.Y. / Sun, P. / Wang, Q.W. / Qu, C.X. / Gong, Z. / Lin, J.Y. / Xu, Z. / Song, S.L. ...著者: Liu, Q. / He, Q.T. / Lyu, X. / Yang, F. / Zhu, Z.L. / Xiao, P. / Yang, Z. / Zhang, F. / Yang, Z.Y. / Wang, X.Y. / Sun, P. / Wang, Q.W. / Qu, C.X. / Gong, Z. / Lin, J.Y. / Xu, Z. / Song, S.L. / Huang, S.M. / Guo, S.C. / Han, M.J. / Zhu, K.K. / Chen, X. / Kahsai, A.W. / Xiao, K.H. / Kong, W. / Li, F.H. / Ruan, K. / Li, Z.J. / Yu, X. / Niu, X.G. / Jin, C.W. / Wang, J. / Sun, J.P.
履歴
登録2020年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase
B: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0623
ポリマ－71,8252
非ポリマー2371
水2,198122
1
A: Tyrosine--tRNA ligase

B: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0623
ポリマ－71,8252
非ポリマー2371
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
Buried area2800 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area28040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.102, 83.426, 106.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 35912.555 Da / 分子数: 2 / 変異: Y32H,I63G,L65V,H70Q,D158G,I159G,V164G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
遺伝子: tyrS, MJ0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-TSQ / 4-(trimethylsilyl)-L-phenylalanine / 4-(トリメチルシリル)-L-フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 237.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO2Si / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 26% PEG 1500, 10mM Hepes, 200mM L-Proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→48.22 Å / Num. obs: 38466 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 7278 / Rpim(I) all: 0.437

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12rc0_2787精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HJR

4hjr


解像度: 2.053→48.219 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 1912 4.97 %
Rwork0.2067 36524 -
obs0.2093 38436 95.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.11 Å2 / Biso mean: 35.0186 Å2 / Biso min: 11.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.053→48.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4950 0 16 122 5088
Biso mean--43.71 33.5 -
残基数----619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0596845
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.2312004
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.053-2.10420.36661260.3056255795
2.1042-2.16110.34041290.2568265699
2.1611-2.22460.27761590.2403263198
2.2246-2.29650.30891450.2363264998
2.2965-2.37850.29671300.2333265798
2.3785-2.47380.30341160.2467262097
2.4738-2.58630.30841230.2381263897
2.5863-2.72270.3261520.2334264698
2.7227-2.89320.29141550.2208262597
2.8932-3.11660.26751280.2226260895
3.1166-3.43020.26291340.2106256394
3.4302-3.92630.23921400.1799258394
3.9263-4.9460.2341230.1668249390
4.946-48.2190.19251520.1801259890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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