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Yorodumi- PDB-4umw: CRYSTAL STRUCTURE OF A ZINC-TRANSPORTING PIB-TYPE ATPASE IN E2.PI... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4umw | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF A ZINC-TRANSPORTING PIB-TYPE ATPASE IN E2.PI STATE | ||||||
Components | ZINC-TRANSPORTING ATPASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / CPC / CXXC / ATP-BINDING / ION TRANSPORT / MAGNESIUM / ZN2+ / METAL-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT / HEAVY-METAL BINDING / P-TYPE ATPASE / PIB-ATPASE / ZN2+ EXPORTING / ZINC TRANSPORT / PI-ATPASE / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information Cd2+-exporting ATPase / P-type Zn2+ transporter / P-type zinc transporter activity / P-type cadmium transporter activity / Translocases; Catalysing the translocation of inorganic cations; Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate / zinc ion transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | SHIGELLA SONNEI (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.705 Å | ||||||
Authors | Wang, K.T. / Sitsel, O. / Meloni, G. / Autzen, H.E. / Andersson, M. / Klymchuk, T. / Nielsen, A.M. / Rees, D.C. / Nissen, P. / Gourdon, P. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Structure and Mechanism of Zn(2+)-Transporting P-Type Atpases. Authors: Wang, K. / Sitsel, O. / Meloni, G. / Autzen, H.E. / Andersson, M. / Klymchuk, T. / Nielsen, A.M. / Rees, D.C. / Nissen, P. / Gourdon, P. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4umw.cif.gz | 238.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4umw.ent.gz | 195.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4umw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4umw_validation.pdf.gz | 437.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4umw_full_validation.pdf.gz | 444.2 KB | Display | |
Data in XML | 4umw_validation.xml.gz | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4umw_validation.cif.gz | 30.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/4umw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/4umw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4umvC 3rfuS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 76841.508 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SHIGELLA SONNEI (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): C43 / References: UniProt: Q3YW59, EC: 3.6.3.5 |
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#2: Chemical | ChemComp-ALF / |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.38 Å3/Da / Density % sol: 63.56 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 300 MM LITHIUM ACETATE, 3% V/V T-BUOH, 14 % POLY ETHYLENE GLYCOL 2000 MONOMETHYL ETHER (PEG2000-MME), 7 % V/V SORBITOL,10 % V/V GLYCEROL AND 5 MM BME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 24, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→30 Å / Num. obs: 28953 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.47 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.87 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3RFU Resolution: 2.705→46.347 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.06 / Phase error: 30.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.705→46.347 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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