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- PDB-6mfp: Crystal Structure of the RV305 C1-C2 specific ADCC potent antibod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mfp
タイトルCrystal Structure of the RV305 C1-C2 specific ADCC potent antibody DH677.3 Fab in complex with HIV-1 clade A/E gp120 and M48U1
要素
  • DH677.3 Fab heavy chain
  • DH677.3 Fab light chain
  • M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE
  • clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY DH677.3 / CD4I ANTIBODY / ADCC / HIV-1 ENV / IMMUNE SYSTEM / RV305 VACCINE TRIAL / HIV-1 GP120 / CLADE A/E 93TH057 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1 / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Young, B. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI16274 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI120756 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI129769 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2020
タイトル: Boosting with AIDSVAX B/E Enhances Env Constant Region 1 and 2 Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity Breadth and Potency.
著者: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Tolbert, W.D. / Young, B. / Mielke, D. / Jha, S. / O'Connell, R.J. / Vasan, S. / Kim, J. / Michael, N.L. / Excler, J.L. / Robb, M.L. / Rerks-Ngarm, S. ...著者: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Tolbert, W.D. / Young, B. / Mielke, D. / Jha, S. / O'Connell, R.J. / Vasan, S. / Kim, J. / Michael, N.L. / Excler, J.L. / Robb, M.L. / Rerks-Ngarm, S. / Kaewkungwal, J. / Pitisuttithum, P. / Nitayaphan, S. / Sinangil, F. / Tartaglia, J. / Phogat, S. / Kepler, T.B. / Alam, S.M. / Wiehe, K. / Saunders, K.O. / Montefiori, D.C. / Tomaras, G.D. / Moody, M.A. / Pazgier, M. / Haynes, B.F. / Ferrari, G.
履歴
登録2018年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_molecule_features / Item: _pdbx_entry_details.compound_details
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年4月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
N: M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE
H: DH677.3 Fab heavy chain
L: DH677.3 Fab light chain
A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
M: M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE
C: DH677.3 Fab heavy chain
D: DH677.3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,09734
ポリマ－180,3678
非ポリマー5,72926
水00
1
G: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
N: M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE
H: DH677.3 Fab heavy chain
L: DH677.3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,83816
ポリマ－90,1844
非ポリマー2,65412
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core
M: M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE
C: DH677.3 Fab heavy chain
D: DH677.3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,25818
ポリマ－90,1844
非ポリマー3,07514
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.487, 80.093, 88.688
Angle α, β, γ (deg.)84.82, 82.33, 82.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HCLD

#3: 抗体 DH677.3 Fab heavy chain


分子量: 24504.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 DH677.3 Fab light chain


分子量: 23265.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 3種, 6分子 GANM

#1: タンパク質 clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core


分子量: 39356.613 Da / 分子数: 2 / 変異: H375S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / Cell (発現宿主): HEK 293 GnT1- cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9
#2: タンパク質・ペプチド M48U1 CD4 MIMETIC PEPTIDE


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 3056.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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糖 , 2種, 24分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

構成要素の詳細THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) ...THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) BY TRANSPLANTING THE GP120-INTERACTIVE REGION OF CD4 ONTO THE SCYLLATOXIN SCAFFOLD, FOLLOWED BY MANY ROUNDS OF ITERATIVE OPTIMIZATION
配列の詳細Authors state that Val 42 and Pro 43 of HIV-1 gp120 core are missing from UNP A0A0M3KKW9 but are ...Authors state that Val 42 and Pro 43 of HIV-1 gp120 core are missing from UNP A0A0M3KKW9 but are part of the protein and not an expression tag

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 4000 0.1 M MES pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月25日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 30469 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Num. unique obs: 1547 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TGT, 6MFJ

3tgt

6mfj


解像度: 3→39.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 79.988 / SU ML: 0.629 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.576 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1492 4.9 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.217 28977 88.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 93.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å21.48 Å2-3.11 Å2
2---0.25 Å2-1.24 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12342 0 362 0 12704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01313024
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4511.69217715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1841.61427279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.98151577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97723.833574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.934152080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0441546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5286.5666388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5286.5666387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1619.8227931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1619.8237932
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6886.976636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6896.9696634
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.50910.369784
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.89150216
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.89250212
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 104 -
Rwork0.327 2144 -
obs--87.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1975-0.18542.36812.4258-0.64623.84360.1617-0.25480.1638-0.2282-0.06440.18570.4135-0.6992-0.09730.1549-0.1358-0.07820.24090.05540.0567-4.7413-17.54032.5485
22.4809-0.79462.64321.2924-1.26583.4719-0.4122-0.91730.4910.50080.0958-0.2198-0.3968-0.68830.31640.30080.1028-0.19930.6108-0.23550.385425.1021-16.542849.7816
32.5873-0.95522.50831.1261-1.71274.78790.0087-0.33670.42440.0988-0.2586-0.43040.43590.14450.24990.2068-0.0361-0.17370.2490.04580.298838.1944-28.563545.0329
44.75140.2182-0.12331.54390.18944.10660.084-0.9275-0.23210.1586-0.0935-0.0332-0.20640.2520.00950.1335-0.1405-0.11460.30420.15640.123521.325820.168660.2263
55.4391-1.02522.38142.7492-0.97942.18660.38860.389-0.5621-0.7659-0.08640.75020.4609-0.134-0.30220.3883-0.0143-0.33090.1191-0.06480.3327-18.350611.584421.7658
63.9588-0.03891.75372.111-0.17012.2975-0.12980.24780.3256-0.42030.0830.74540.11-0.17440.04680.2343-0.0525-0.25420.07020.06010.3544-23.461329.259219.5054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1G44 - 492
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4A44 - 492
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 214
6X-RAY DIFFRACTION6D1 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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