PDB-4bev: ATPase crystal structure with bound phosphate analogue

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bev

タイトル

ATPase crystal structure with bound phosphate analogue

要素

COPPER EFFLUX ATPASE

キーワード

HYDROLASE / CPC / CXXC / ATP-BINDING / ION TRANSPORT / METAL-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / HEAVY-METAL BINDING / P-TYPE ATPASE / PIB-ATPASE / CU+ EXPORTING / COPPER TRANSPORT / PI- ATPASE / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

P-type divalent copper transporter activity / P-type monovalent copper transporter activity / P-type Cu+ transporter / copper ion export / copper ion import / intracellular copper ion homeostasis / copper ion binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.583 Å

データ登録者

Mattle, D. / Drachmann, N.D. / Liu, X.Y. / Gourdon, P. / Pedersen, B.P. / Morth, P. / Wang, J. / Nissen, P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: ATPase Crystal Structure with Bound Phosphate Analogue
著者: Mattle, D. / Drachmann, N.D. / Liu, X.Y. / Gourdon, P. / Pedersen, B.P. / Morth, P. / Wang, J. / Nissen, P.

履歴

登録	2013年3月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bev.cif.gz	266.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bev.ent.gz	220.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bev_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bev_full_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示
XML形式データ	4bev_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	4bev_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/4bev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/4bev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4byg-d 3rfu-3 3rfu-1 3rfu-4 4bbj-d 5m41-d 6wl5-d 10733 1n3l-1 6qzh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (9) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (8) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: COPPER EFFLUX ATPASE

ヘテロ分子

78.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.360, 72.650, 328.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	COPPER EFFLUX ATPASE / CU ATPASE 分子量: 78330.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア) 株: PHILADELPHIA / Variant: PNEUMOPHILA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 参照: UniProt: Q5ZWR1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-MGF / TRIFLUOROMAGNESATE / トリフルオロマグネサ-ト分子量: 81.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F₃Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.63 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→49 Å / Num. obs: 12869 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 129.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.583→29.453 Å / SU ML: 0.66 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 38.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3151	678	5.3 %
R_work	0.27	-	-
obs	0.2724	12837	96.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.583→29.453 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4934	0	5	2	4941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	5026
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.719	6828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.757	1819
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	824
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	864

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5827-3.8588	0.4442	120	0.4243	2164	X-RAY DIFFRACTION	88
3.8588-4.2461	0.3601	152	0.3276	2402	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2461-4.8581	0.2871	129	0.2546	2477	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8581-6.1117	0.3284	149	0.2877	2494	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1117-29.4542	0.281	128	0.2259	2622	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6852	-1.7997	0.0978	8.9692	-1.032	3.6422	-0.4458	-0.4372	0.8724	0.776	0.0036	0.9034	-0.8617	0.8091	-0.1999	1.3666	-0.0979	0.1854	1.0732	0.093	1.3272	16.875	12.6076	-71.1766
2	6.8067	1.058	-2.6933	4.6178	-1.2684	3.6562	0.6327	0.1583	-1.194	-1.7642	-1.3021	0.4077	-1.1966	1.1033	-0.7842	3.5402	-0.3623	0.0887	1.6557	-0.466	1.6357	15.6163	11.6319	-96.5075
3	3.2869	-3.6272	0.914	5.2021	-1.2942	0.9818	0.0887	-0.2962	-0.3558	2.1017	0.2232	-0.8122	-0.5979	0.2343	0.1006	1.9697	-0.2741	-0.1239	0.9248	-0.0408	1.3699	30.0172	10.5501	-73.8089
4	8.9711	-3.1252	7.3308	1.089	-2.5509	5.984	-0.2736	-2.0035	-3.2084	-0.658	0.1981	0.2516	1.3782	-0.9931	0.441	1.3633	-0.2477	0.3723	0.7966	-0.0163	1.1615	31.1532	1.5826	-69.9136
5	5.7316	-1.764	-2.3336	5.378	-0.7427	2.3215	-0.0591	-0.1739	-0.1396	-0.9523	-0.8093	-0.4736	-0.1301	0.3829	0.0901	1.4412	-0.0859	0.1002	0.8997	-0.0201	1.1723	28.0858	6.743	-84.3998
6	0.0517	-0.0214	-0.4581	-0.0037	0.1308	2.9038	-1.6343	-0.3664	-0.6929	-0.1058	0.9377	0.031	-0.4218	1.9459	-0.3589	1.9482	-0.1908	0.0865	2.1746	0.3826	2.0961	15.7107	7.3456	-44.0422
7	1.0045	1.2618	0.9489	2.0794	0.9023	3.1674	0.1987	-1.3357	1.5194	2.052	-1.6186	2.2364	-2.1723	-0.2231	-0.4337	3.3817	-0.0241	0.1926	2.5312	-0.2138	2.0204	14.9288	20.9545	-14.9834
8	2.4464	0.0679	-0.5957	0.7733	-1.2	3.0236	-0.4632	-1.4441	0.5919	0.4306	0.2226	0.3405	-0.0948	1.091	-0.3446	2.07	0.1122	-0.087	2.3309	-0.3925	1.5162	14.2787	6.3861	-15.8367
9	0.6319	-0.3428	-1.4808	0.4217	0.0925	5.481	0.2242	-1.034	0.4366	0.8529	1.1962	-0.4342	-0.6051	0.4024	0.011	1.3409	-0.1053	0.1499	1.9294	-0.2992	1.5169	28.4547	-1.8216	-51.7278
10	3.1554	0.2953	1.4604	1.9089	-1.871	3.4603	0.2481	0.0745	0.245	-0.3567	-0.0507	-1.1577	-0.4972	0.6496	0.2231	1.1715	0.0683	0.2491	0.7684	-0.0032	1.2708	38.303	-5.2266	-83.9254
11	4.1825	-3.7593	8.4841	3.3982	-7.6073	2.0108	0.9224	-1.3366	1.0571	-0.8805	1.8995	1.3644	-0.6094	-3.5503	1.264	1.8433	-0.1464	0.2329	1.071	-0.0481	1.1645	11.2598	-5.4429	-57.5037
12	5.4237	-4.8241	-1.797	4.6039	1.6648	1.7907	0.4593	-0.9072	2.7237	-0.0808	1.5217	-1.4266	0.0261	0.2825	-0.1811	2.5584	-0.2617	-0.3937	1.9013	0.1667	1.6865	18.5392	-6.2904	-49.8212
13	5.9794	0.6815	-6.7165	0.4073	0.1515	9.704	1.2273	-0.4429	0.692	-0.1866	-0.3462	0.1016	-0.5505	0.4272	-0.5366	1.1862	0.2582	0.1606	1.4997	0.1689	1.2537	4.7891	-16.3054	-25.7647
14	5.2942	-0.8833	-4.9164	2.8207	-0.7973	8.1124	0.9387	1.6939	0.3589	-1.2849	0.2017	-0.0941	-0.1819	-0.475	-1.025	1.6974	0.2477	0.1994	2.0484	0.1519	1.3454	-10.7954	-8.8507	-14.2987
15	6.6572	-1.5697	-2.9063	1.0218	2.5656	6.4524	-0.5901	-0.1367	0.9669	0.5686	0.9909	-0.5463	-0.0901	-0.2091	-0.7961	1.384	-0.0001	-0.0144	2.13	0.2386	1.5611	-2.8024	-13.2205	-2.5421
16	8.0885	-2.1852	-6.4921	4.3867	1.7248	5.1847	-0.8873	0.4533	-0.0428	-0.6015	0.4412	0.972	0.9241	0.0257	-0.475	1.4392	0.3501	0.0205	2.1796	0.2879	1.1333	0.4163	-17.3554	-9.9929
17	3.7188	2.2866	-4.07	1.8158	-3.2306	5.3529	-0.4567	-0.6459	-0.8447	0.0319	-0.1132	-0.7007	0.552	0.6982	0.3461	1.1796	0.3426	0.092	1.5666	0.1828	1.3134	12.5334	-17.0947	-26.3447
18	3.2175	-0.6542	-0.0561	4.1682	-0.6444	8.0973	-0.3314	-0.5442	-0.3892	-0.0056	-0.0734	0.3394	-0.9392	0.0318	0.2453	1.3832	0.0668	-0.0584	1.1399	0.1001	1.0049	15.2612	-8.5714	-40.0989
19	3.786	0.3152	0.3321	2.7124	-1.6109	7.1055	-0.3582	0.0951	-0.1959	-0.3439	-0.053	-0.1409	1.3547	0.1771	0.7092	1.6715	0.0042	0.3024	1.0503	-0.0824	1.2149	25.4184	-10.5175	-79.3494
20	3.2879	0.054	-2.2867	0.5482	-1.3208	8.9745	-0.1689	-0.8869	-1.2513	0.3215	-0.3534	-0.358	0.5145	-0.4744	0.2753	1.2703	-0.1211	0.157	1.0393	-0.0077	1.146	12.6674	-9.3601	-70.718

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 74:99)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 100:111)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 112:147)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 148:154)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 155:206)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 207:221)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 222:246)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 247:322)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 323:341)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 342:385)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 386:408)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 409:417)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 418:447)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 448:483)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 484:530)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 531:541)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 542:610)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 611:673)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 674:711)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 712:736)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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