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万見
- PDB-4byg: ATPase crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4byg
タイトルATPase crystal structure
要素COPPER EFFLUX ATPASE
キーワードHYDROLASE / CATION TRANSPORT PROTEINS / HEPATOLENTICULAR DEGENERATION / MENKES KINKY HAIR SYNDROME / SARCOPLASMIC RETICULUM CALCIUM-TRANSPORTING ATPASES
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type divalent copper transporter activity / copper ion export / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / copper ion binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / : / Copper-exporting P-type ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種LEGIONELLA PNEUMOPHILA SUBSP. PNEUMOPHILA STR. PHILADELPHIA 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Mattle, D. / Drachmann, N.D. / Liu, X.Y. / Pedersen, B.P. / Morth, J.P. / Wang, J. / Gourdon, P. / Nissen, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Dephosphorylation of Pib-Type Cu(I)-Atpases as Studied by Metallofluoride Complexes
著者: Mattle, D. / Drachmann, N.D. / Liu, X.Y. / Pedersen, B.P. / Morth, J.P. / Wang, J. / Gourdon, P. / Nissen, P.
履歴
登録2013年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COPPER EFFLUX ATPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0275
ポリマ－78,3311
非ポリマー1,6964
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.120, 72.910, 329.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 COPPER EFFLUX ATPASE


分子量: 78330.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA SUBSP. PNEUMOPHILA STR. PHILADELPHIA 1 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZWR1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する

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非ポリマー , 5種, 41分子

#2: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.66 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 6 % (W/V) PEG6K, 10 % (V/V) GLYCEROL, 140 MM NACL, 3 % V/V T-BUOH, 5 MM BME, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年6月20日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→71 Å / Num. obs: 23095 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 69.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RFU

3rfu


解像度: 2.85→14.984 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 2 / 位相誤差: 32.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2873 1182 5.2 %
Rwork0.2321 --
obs0.235 22876 88.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→14.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4934 0 52 37 5023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9156871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0271861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058824
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003864
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.97880.4244660.39191212X-RAY DIFFRACTION40
2.9788-3.13450.35671250.35312177X-RAY DIFFRACTION73
3.1345-3.32880.38251480.30912878X-RAY DIFFRACTION96
3.3288-3.58260.30931640.28173007X-RAY DIFFRACTION100
3.5826-3.93720.2961710.2373027X-RAY DIFFRACTION100
3.9372-4.49340.2631760.20073056X-RAY DIFFRACTION100
4.4934-5.61140.27921600.2043110X-RAY DIFFRACTION100
5.6114-14.98430.24581720.19883227X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2961-0.9247-0.97963.8362-0.2231.62280.06240.0407-0.0076-0.20620.0219-0.1495-0.2088-0.0702-0.04080.3347-0.12880.15180.05970.01840.284326.11878.6744-80.108
20.50330.0167-0.25390.5862-0.2630.98640.0594-0.5740.15660.35060.0078-0.1685-0.34770.4352-0.08480.5897-0.02850.07690.5651-0.06360.360920.61322.023-43.3076
31.4815-0.0184-1.6320.61550.34951.98050.2987-0.10280.1256-0.3167-0.1763-0.0361-0.2657-0.1568-0.04460.32270.13980.06340.86240.19410.4449-1.628-14.9418-14.5503
40.7826-0.027-0.60130.4384-0.69024.1336-0.1796-0.3097-0.1699-0.08130.0295-0.17040.25330.02860.05810.32530.0580.1060.30240.090.309618.2439-11.2746-52.228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 74 THROUGH 187 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 188 THROUGH 425 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 426 THROUGH 580 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 581 THROUGH 736 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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