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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mj7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex of JAML and Coxsackie and Adenovirus receptor, CAR | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNOGLOBULIN TANDEM DOMAIN / IMMUNE RECEPTOR COMPLEX / CELL ADHESION (細胞接着) / CELL JUNCTION (細胞結合) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN (免疫グロブリンフォールド) / MEMBRANE (生体膜) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / COSTIMULATION (共刺激) / PHOSPHOPROTEIN / RECEPTOR (受容体) / SECRETED (分泌) / TIGHT JUNCTION (密着結合) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monocyte extravasation / AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / Cell surface interactions at the vascular wall / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / gamma-delta T cell activation / neutrophil extravasation ...monocyte extravasation / AV node cell-bundle of His cell adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in AV node cell-bundle of His cell communication / homotypic cell-cell adhesion / AV node cell to bundle of His cell communication / epithelial structure maintenance / Cell surface interactions at the vascular wall / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / gamma-delta T cell activation / neutrophil extravasation / regulation of AV node cell action potential / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / germ cell migration / apicolateral plasma membrane / cell-cell junction organization / transepithelial transport / connexin binding / cardiac muscle cell development / cardiac muscle cell proliferation / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / bicellular tight junction / 介在板 / mitochondrion organization / cell adhesion molecule binding / 好中球 / acrosomal vesicle / filopodium / PDZ domain binding / 接着結合 / neuromuscular junction / 細胞接着 / beta-catenin binding / cell-cell junction / integrin binding / 細胞結合 / cell body / heart development / 成長円錐 / actin cytoskeleton organization / basolateral plasma membrane / defense response to virus / neuron projection / 脂質ラフト / signaling receptor binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular space / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Verdino, P. / Wilson, I.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2010 タイトル: The molecular interaction of CAR and JAML recruits the central cell signal transducer PI3K. 著者: Verdino, P. / Witherden, D.A. / Havran, W.L. / Wilson, I.A. #1: ジャーナル: Science / 年: 2010 タイトル: The junctional adhesion molecule JAML is a costimulatory receptor for epithelial gammadelta T cell activation. 著者: Witherden, D.A. / Verdino, P. / Rieder, S.E. / Garijo, O. / Mills, R.E. / Teyton, L. / Fischer, W.H. / Wilson, I.A. / Havran, W.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mj7.cif.gz | 188.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mj7.ent.gz | 152.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mj7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/3mj7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30647.387 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (UNP RESIDUES 21-280) / 変異: K124R, R211Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Amica1, Gm638, Jaml / プラスミド: PMT/BIP/V5-HIS A 発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q80UL9 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25046.229 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (UNP RESIDUES 18-236) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Car, Cxadr / プラスミド: PBAC6 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P97792 |
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.25 M LI-SULFATE, 0.1 M MES, 24% PEG 3350, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03317 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日 詳細: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMETER. ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED SI(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03317 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 14679 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.529 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→38.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 40.735 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.932 / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.212 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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