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Yorodumi- PDB-4ris: Structural Analysis of the Unmutated Ancestor of the HIV-1 Envelo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ris | ||||||
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Title | Structural Analysis of the Unmutated Ancestor of the HIV-1 Envelope V2 Region Antibody CH58 Isolated From an RV144 HIV-1 Vaccine Efficacy Trial Vaccinee and Associated with Decreased Transmission Risk | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / IgG fold / HIV-1 gp120 V2 region | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Hwang, K.-K. / Bonsignori, M. / Rerks-Ngarm, S. ...Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Hwang, K.-K. / Bonsignori, M. / Rerks-Ngarm, S. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Kaewkungwal, J. / Robb, M.L. / O'Connell, R.J. / Michael, N.L. / Kim, J.H. / Haynes, B.F. | ||||||
Citation | Journal: EBioMedicine / Year: 2015 Title: Structural analysis of the unmutated ancestor of the HIV-1 envelope V2 region antibody CH58 isolated from an RV144 vaccine efficacy trial vaccinee. Authors: Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Rerks-Ngarm, S. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Kaewkungwal, J. / Robb, M.L. / O'Connell, R.J. / Michael, N.L. ...Authors: Nicely, N.I. / Wiehe, K. / Kepler, T.B. / Jaeger, F.H. / Dennison, S.M. / Rerks-Ngarm, S. / Nitayaphan, S. / Pitisuttithum, P. / Kaewkungwal, J. / Robb, M.L. / O'Connell, R.J. / Michael, N.L. / Kim, J.H. / Liao, H.X. / Munir Alam, S. / Hwang, K.K. / Bonsignori, M. / Haynes, B.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ris.cif.gz | 189.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ris.ent.gz | 159 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ris.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ris_validation.pdf.gz | 443.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ris_full_validation.pdf.gz | 445.8 KB | Display | |
Data in XML | 4ris_validation.xml.gz | 19.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4ris_validation.cif.gz | 28.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4ris ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/4ris | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2136.538 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: HIV-1 gp120 derived peptide (UNP residues 160-177) Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Human immunodeficiency virus 1 / References: UniProt: K7Z4Z0, UniProt: Q70966*PLUS |
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#2: Antibody | Mass: 24949.910 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell (production host): expi293 / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Antibody | Mass: 23170.354 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell (production host): expi293 / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | THE PEPTIDE WAS DERIVED FROM THE GP120 V2 REGION SEQUENCE WITH THE TWO NOTED ALANINE RESIDUES AS ...THE PEPTIDE WAS DERIVED FROM THE GP120 V2 REGION SEQUENCE WITH THE TWO NOTED ALANINE RESIDUES AS SUBSTITUTI |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: A drop composed of 0.2 ul protein and 0.4 ul well. the well contains 60 ul of 0.2 M calcium acetate hydrate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2013 |
Radiation | Monochromator: double crystal - liquid nitrogen cooled / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 18276 / Num. obs: 18258 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / % possible all: 99.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3→36.918 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / Phase error: 25.47 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→36.918 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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