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- PDB-5iq9: Crystal structure of 10E8v4 Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iq9
タイトルCrystal structure of 10E8v4 Fab in complex with an HIV-1 gp41 peptide.
要素
  • 10E8v4 Heavy Chain
  • 10E8v4 Light Chain
  • gp41 MPER peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / MPER / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / positive regulation of B cell activation / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / phagocytosis, recognition / : / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity ...IgD immunoglobulin complex / positive regulation of B cell activation / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / phagocytosis, recognition / : / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / phagocytosis, engulfment / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / host cell endosome membrane / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / defense response to bacterium / innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Immunoglobulin lambda constant 2 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ofek, G. / Kwon, Y.D. / Caruso, W. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Optimization of the Solubility of HIV-1-Neutralizing Antibody 10E8 through Somatic Variation and Structure-Based Design.
著者: Kwon, Y.D. / Georgiev, I.S. / Ofek, G. / Zhang, B. / Asokan, M. / Bailer, R.T. / Bao, A. / Caruso, W. / Chen, X. / Choe, M. / Druz, A. / Ko, S.Y. / Louder, M.K. / McKee, K. / O'Dell, S. / ...著者: Kwon, Y.D. / Georgiev, I.S. / Ofek, G. / Zhang, B. / Asokan, M. / Bailer, R.T. / Bao, A. / Caruso, W. / Chen, X. / Choe, M. / Druz, A. / Ko, S.Y. / Louder, M.K. / McKee, K. / O'Dell, S. / Pegu, A. / Rudicell, R.S. / Shi, W. / Wang, K. / Yang, Y. / Alger, M. / Bender, M.F. / Carlton, K. / Cooper, J.W. / Blinn, J. / Eudailey, J. / Lloyd, K. / Parks, R. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. / Padte, N.N. / Yu, J. / Ho, D.D. / Huang, J. / Connors, M. / Schwartz, R.M. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2016年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 10E8v4 Heavy Chain
B: 10E8v4 Light Chain
H: 10E8v4 Heavy Chain
L: 10E8v4 Light Chain
C: gp41 MPER peptide
P: gp41 MPER peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9626
ポリマ－103,9626
非ポリマー00
水6,431357
1
A: 10E8v4 Heavy Chain
B: 10E8v4 Light Chain
C: gp41 MPER peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9813
ポリマ－51,9813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21340 Å2
手法PISA
2
H: 10E8v4 Heavy Chain
L: 10E8v4 Light Chain
P: gp41 MPER peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9813
ポリマ－51,9813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.025, 79.529, 211.367
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 10E8v4 Heavy Chain


分子量: 25050.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fragment antigen-binding / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): Expi 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#2: 抗体 10E8v4 Light Chain


分子量: 22458.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fragment antigen-binding / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 遺伝子: IGLC2 / 細胞株 (発現宿主): Expi 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0CG05
#3: タンパク質・ペプチド gp41 MPER peptide


分子量: 4471.073 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP Residues 645-673 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q1HSF8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG3350, 25% Isopropanol, 0.1M Tris-HCl, 8.5, 10% Jeffamine.

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 39438 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 0.84 / Net I/av σ(I): 9.312 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 101101
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.492.50.462191.1
2.49-2.592.50.364191.2
2.59-2.72.50.286190.3
2.7-2.852.50.217190.5
2.85-3.022.50.158189.3
3.02-3.262.50.126188.9
3.26-3.582.60.096187.9
3.58-4.12.60.091186.1
4.1-5.172.70.07183.4
5.17-502.80.058175.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G6F

4g6f


解像度: 2.4→36.448 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 1895 4.96 %
Rwork0.1906 --
obs0.1928 38241 87.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.22 Å2 / Biso mean: 41.4955 Å2 / Biso min: 11.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→36.448 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6986 0 0 357 7343
Biso mean---42.77 -
残基数----910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5359788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8424238
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.460.31551350.26272671280691
2.46-2.52650.32841440.25562657280191
2.5265-2.60080.32971530.25142655280891
2.6008-2.68480.29381350.24012649278491
2.6848-2.78070.31651360.22712653278990
2.7807-2.8920.32641200.24052657277790
2.892-3.02350.29691510.22592625277689
3.0235-3.18280.25411300.21192614274488
3.1828-3.38210.25441410.1972609275089
3.3821-3.6430.20951380.18272610274887
3.643-4.00920.22131350.16662564269986
4.0092-4.58840.15081450.13842524266984
4.5884-5.77720.15791110.14332504261582
5.7772-36.45240.21921210.18072354247574
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20820.72410.70441.17770.28163.5280.0354-0.0436-0.07670.1072-0.0211-0.03180.03-0.1801-0.02840.2487-0.02690.03730.264-0.00110.2055-48.124132.8802-24.376
27.53692.1097-1.73112.8884-0.18914.642-0.01560.45820.03760.01080.0604-0.11370.0817-0.1059-0.03340.30060.0228-0.01380.27790.00210.1685-14.743847.163-10.7633
33.95742.18730.30544.4815-0.48543.8821-0.04540.1601-0.1187-0.1169-0.1391-0.0942-0.06440.15460.16040.1814-0.00950.02590.27910.00820.1488-36.371835.48-40.9874
42.5853-0.50131.94013.2355-2.968.2874-0.0550.3569-0.2673-0.12020.1401-0.01140.2535-0.292-0.1130.2233-0.04980.0270.4547-0.08530.2797-11.233135.0431-21.3318
53.9320.41-2.51941.2628-0.30374.18830.1235-0.10310.35010.1173-0.0157-0.0304-0.1247-0.0663-0.1270.2208-0.0151-0.03630.2199-0.02090.252-16.7315.9799-25.8127
68.12291.9751.97611.92240.80964.68730.04060.0609-0.18370.14640.07580.0965-0.0630.277-0.1270.27310.05130.02280.20560.00620.1809-50.1854-7.8008-11.8549
75.32242.40620.67253.16360.74132.87230.0420.26050.2592-0.2648-0.15560.0076-0.0255-0.13740.10240.23450.07240.00630.25690.03650.1802-28.57483.1045-42.374
83.3394-1.357-2.06643.6642.95489.0503-0.0458-0.02240.2074-0.04410.08450.0185-0.23610.2033-0.04780.162-0.0583-0.02920.2806-0.00450.2464-53.61624.0825-22.7959
95.36133.74871.78528.380.68811.7023-0.42630.870.2933-0.2257-0.71350.84590.4569-1.25991.12240.3789-0.17420.04230.7592-0.06480.4707-59.516220.8041-42.5362
103.04811.1468-1.50074.51084.72187.5023-0.00650.19070.6389-0.68-0.8307-1.2823-0.87020.85540.73080.4385-0.01370.17680.67950.29450.7308-5.316817.7227-44.0019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain H and resi 1:115H1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resi 116:230H1 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3chain L and resi 1:108L2 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4chain L and resi 109:220L2 - 209
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resi 1:115A1 - 214
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resi 116:230A1 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resi 1:108B2 - 209
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resi 109:220B2 - 209
9X-RAY DIFFRACTION9chain PP667 - 684
10X-RAY DIFFRACTION10chain CC667 - 684

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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