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Yorodumi- PDB-4g6f: Crystal Structure of 10E8 Fab in Complex with an HIV-1 gp41 Peptide -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g6f | ||||||
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Title | Crystal Structure of 10E8 Fab in Complex with an HIV-1 gp41 Peptide | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / MPER / Antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Human immunodeficiency virus 1 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Ofek, G. / Huang, J. / Connors, M. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012 Title: Broad and potent neutralization of HIV-1 by a gp41-specific human antibody. Authors: Huang, J. / Ofek, G. / Laub, L. / Louder, M.K. / Doria-Rose, N.A. / Longo, N.S. / Imamichi, H. / Bailer, R.T. / Chakrabarti, B. / Sharma, S.K. / Alam, S.M. / Wang, T. / Yang, Y. / Zhang, B. ...Authors: Huang, J. / Ofek, G. / Laub, L. / Louder, M.K. / Doria-Rose, N.A. / Longo, N.S. / Imamichi, H. / Bailer, R.T. / Chakrabarti, B. / Sharma, S.K. / Alam, S.M. / Wang, T. / Yang, Y. / Zhang, B. / Migueles, S.A. / Wyatt, R. / Haynes, B.F. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Connors, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4g6f.cif.gz | 374.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4g6f.ent.gz | 316.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4g6f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/4g6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/4g6f | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25447.475 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fragment of Antigen Binding Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IGHV3-15*05 / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK 293F / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 22989.459 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fragment of Antigen Binding Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IGLV3-19*01 / Plasmid: pVRC8400 / Cell line (production host): HEK 293F / Production host: Homo sapiens (human) #3: Protein/peptide | Mass: 4628.267 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Human immunodeficiency virus 1 #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 40% PEG 400, 0.1 M NaCitrate, 0.1 M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 10, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI220 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 61890 / % possible obs: 88.6 % / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→42.59 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→42.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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