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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g5k | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the binding domain of Botulinum Neurotoxin type B in complex with human synaptotagmin 1 | |||||||||
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![]() | TOXIN / botulinum toxin / neurotoxin / protein engineering / receptor binding | |||||||||
機能・相同性 | ![]() clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / regulation of regulated secretory pathway / spontaneous neurotransmitter secretion / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) ...clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / synchronous neurotransmitter secretion / fast, calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis of neurotransmitter / syntaxin-3 binding / regulation of regulated secretory pathway / spontaneous neurotransmitter secretion / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / chromaffin granule membrane / dense core granule / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion sensor activity / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / vesicle docking / exocytic vesicle / regulation of exocytosis / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / vesicle organization / protein heterooligomerization / vesicle fusion / positive regulation of dopamine secretion / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / bontoxilysin / positive regulation of dendrite extension / neurotransmitter secretion / host cell presynaptic membrane / calcium-dependent phospholipid binding / host cell cytoplasmic vesicle / neuron projection terminus / membraneless organelle assembly / syntaxin-1 binding / Neurexins and neuroligins / host cell cytosol / clathrin binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / phosphatidylserine binding / presynaptic active zone / postsynaptic cytosol / excitatory synapse / protein transmembrane transporter activity / detection of calcium ion / positive regulation of synaptic transmission / presynaptic cytosol / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to calcium ion / SNARE binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / molecular condensate scaffold activity / metalloendopeptidase activity / synaptic vesicle membrane / calcium-dependent protein binding / synaptic vesicle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / toxin activity / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / axon / lipid binding / calcium ion binding / host cell plasma membrane / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Masuyer, G. / Elliot, M. / Favre-Guilmard, C. / Liu, S.M. / Maignel, J. / Beard, M. / Carre, D. / Kalinichev, M. / Lezmi, S. / Mir, I. ...Masuyer, G. / Elliot, M. / Favre-Guilmard, C. / Liu, S.M. / Maignel, J. / Beard, M. / Carre, D. / Kalinichev, M. / Lezmi, S. / Mir, I. / Nicoleau, C. / Palan, S. / Perier, C. / Raban, E. / Dong, M. / Krupp, J. / Stenmark, P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Engineered botulinum neurotoxin B with improved binding to human receptors has enhanced efficacy in preclinical models. 著者: Elliott, M. / Favre-Guilmard, C. / Liu, S.M. / Maignel, J. / Masuyer, G. / Beard, M. / Boone, C. / Carre, D. / Kalinichev, M. / Lezmi, S. / Mir, I. / Nicoleau, C. / Palan, S. / Perier, C. / ...著者: Elliott, M. / Favre-Guilmard, C. / Liu, S.M. / Maignel, J. / Masuyer, G. / Beard, M. / Boone, C. / Carre, D. / Kalinichev, M. / Lezmi, S. / Mir, I. / Nicoleau, C. / Palan, S. / Perier, C. / Raban, E. / Zhang, S. / Dong, M. / Stenmark, P. / Krupp, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6g5fC ![]() 6g5gC ![]() 4kbbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55157.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Binding domain of Botulinum Neurotoxin type B expressed with a N-terminal poly-His tag 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: botB / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2471.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthetic peptide corresponding to human synaptotagmin 1 residues [33-53] 由来: (合成) ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Amino acids 0.1 M Buffer System 2 7.5 50 % v/v Precipitant Mix 1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→70.93 Å / Num. obs: 71658 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 5300 / CC1/2: 0.681 / Rpim(I) all: 0.815 / Rrim(I) all: 1.546 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4KBB 解像度: 2→53.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.198 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.992 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→53.25 Å
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拘束条件 |
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