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- PDB-4kbb: Structure of Botulinum neurotoxin B binding domain in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kbb
タイトルStructure of Botulinum neurotoxin B binding domain in complex with both synaptotagmin II and GD1a
要素
  • Botulinum neurotoxin type B
  • Synaptotagmin-2
キーワードSignaling Protein/Toxin / Toxin binding domain / Synaptotagmin and ganglioside / Signaling Protein-Toxin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / chromaffin granule membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / bontoxilysin / calcium-dependent phospholipid binding / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / chromaffin granule membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / bontoxilysin / calcium-dependent phospholipid binding / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / phosphatidylserine binding / protein transmembrane transporter activity / neuromuscular junction / metalloendopeptidase activity / synaptic vesicle membrane / toxin activity / cell differentiation / axon / calcium ion binding / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding ...Synaptotagmin / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / C2 domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type B / Synaptotagmin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Berntsson, R.P.A. / Peng, L. / Dong, M. / Stenmark, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Structure of dual receptor binding to botulinum neurotoxin B.
著者: Berntsson, R.P. / Peng, L. / Dong, M. / Stenmark, P.
履歴
登録2013年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type B
B: Botulinum neurotoxin type B
C: Synaptotagmin-2
D: Synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6199
ポリマ－124,9444
非ポリマー2,6755
水4,756264
1
A: Botulinum neurotoxin type B
C: Synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7984
ポリマ－62,4722
非ポリマー1,3262
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
2
B: Botulinum neurotoxin type B
D: Synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8225
ポリマ－62,4722
非ポリマー1,3503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.163, 158.237, 75.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type B / BoNT/B / Bontoxilysin-B / Botulinum neurotoxin B light chain / Botulinum neurotoxin B heavy chain


分子量: 54915.766 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 857-1291 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10844, bontoxilysin
#2: タンパク質 Synaptotagmin-2 / Synaptotagmin II / SytII


分子量: 7556.237 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 8-61 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Syt2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46097

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1290.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4-2-3/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1_e3-f2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 267分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.0 -7.2 and 20-24% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.38
反射解像度: 2.3→79.119 Å / Num. all: 46386 / Num. obs: 46386 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.424.30.6951.12923867700.695100
2.42-2.574.30.5081.52758163690.508100
2.57-2.754.30.37822612860160.378100
2.75-2.974.30.2453.12429856030.245100
2.97-3.254.30.1644.52235951480.164100
3.25-3.644.30.1066.82032346740.106100
3.64-4.24.30.0749.51789541260.074100
4.2-5.144.30.05811.51506634640.058100
5.14-7.274.30.05811.91168327130.058100
7.27-44.8244.10.04710.3623615030.04799.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→44.824 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7284 / σ(F): 0.37 / 位相誤差: 33.84 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1893 4653 5.08 %
Rwork0.1562 --
obs0.1588 91567 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.41 Å2 / Biso mean: 24.715 Å2 / Biso min: 8.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7414 0 179 264 7857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32610532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781053
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.8343166
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.33970.29252390.24854384462394
2.3397-2.38220.28322240.24594252447694
2.3822-2.4280.28232240.2394419464395
2.428-2.47760.29322270.22974322454995
2.4776-2.53140.26772160.22194291450795
2.5314-2.59030.25262230.21744413463695
2.5903-2.65510.23162050.20824353455895
2.6551-2.72680.23031990.20514361456096
2.7268-2.8070.21882470.18974340458794
2.807-2.89760.20612220.18144358458095
2.8976-3.00120.19892430.16824360460395
3.0012-3.12130.21122080.16484426463495
3.1213-3.26330.22492200.1594270449095
3.2633-3.43520.20712200.14844408462895
3.4352-3.65030.16562330.13874339457295
3.6503-3.93190.15912580.1314351460994
3.9319-4.32710.13682690.11434269453894
4.3271-4.95220.14332310.10694360459195
4.9522-6.23510.14652760.12514331460794
6.2351-39.00530.17872540.13984313456794

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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