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- PDB-5dd0: Crystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunizat... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dd0 | ||||||
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Title | Crystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunization of Rhesus macaques | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HIV HIV-1 gp41 MPER antibody | ||||||
Function / homology | ![]() Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Alam, S.M. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C. / Gao, F. / Montefiori, D.C. ...Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Alam, S.M. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / Parks, R. / Foulger, A. / Tomaras, G. / Keple, T.B. / Moody, M.A. / Liao, H.-X. / Haynes, B.F. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Initiation of immune tolerance-controlled HIV gp41 neutralizing B cell lineages. Authors: Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Munir Alam, S. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C.W. / Zhang, J. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / ...Authors: Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Munir Alam, S. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C.W. / Zhang, J. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / Larimore, K. / Greenberg, P.D. / Parks, R. / Foulger, A. / Peel, J.N. / Luo, K. / Lu, X. / Trama, A.M. / Vandergrift, N. / Tomaras, G.D. / Kepler, T.B. / Moody, M.A. / Liao, H.X. / Haynes, B.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 209 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 17 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5dd1C ![]() 5dd3C ![]() 5dd5C ![]() 5dd6C ![]() 2qqnS ![]() 3q6gS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24783.648 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 23075.584 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein/peptide | Mass: 1398.649 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 24% PEG 1500, 20% glycerol, with seeding |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 14, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 15105 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 4.6 % / Net I/σ(I): 6.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3Q6G, 2QQN Resolution: 2.488→24.373 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.488→24.373 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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