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Yorodumi- PDB-5dd3: Crystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunizat... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dd3 | ||||||
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Title | Crystal structures in an anti-HIV antibody lineage from immunization of Rhesus macaques | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HIV HIV-1 gp41 MPER antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Macaca mulatta (Rhesus monkey) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.797 Å | ||||||
Authors | Nicely, N.I. / Pemble IV, C.W. / Haynes, B.F. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Sci Transl Med / Year: 2016 Title: Initiation of immune tolerance-controlled HIV gp41 neutralizing B cell lineages. Authors: Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Munir Alam, S. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C.W. / Zhang, J. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / ...Authors: Zhang, R. / Verkoczy, L. / Wiehe, K. / Munir Alam, S. / Nicely, N.I. / Santra, S. / Bradley, T. / Pemble, C.W. / Zhang, J. / Gao, F. / Montefiori, D.C. / Bouton-Verville, H. / Kelsoe, G. / Larimore, K. / Greenberg, P.D. / Parks, R. / Foulger, A. / Peel, J.N. / Luo, K. / Lu, X. / Trama, A.M. / Vandergrift, N. / Tomaras, G.D. / Kepler, T.B. / Moody, M.A. / Liao, H.X. / Haynes, B.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dd3.cif.gz | 186.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dd3.ent.gz | 147.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dd3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5dd3_validation.pdf.gz | 431.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5dd3_full_validation.pdf.gz | 436.9 KB | Display | |
Data in XML | 5dd3_validation.xml.gz | 20.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5dd3_validation.cif.gz | 30 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/5dd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/5dd3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5dd0C 5dd1SC 5dd5C 5dd6C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24783.648 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Cell line (production host): HEK293, Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 23161.674 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Cell line (production host): HEK293, Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M NaI, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å | ||||||||||||
Detector |
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 37018 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 4.1 % / Net I/σ(I): 27.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5DD1 Resolution: 1.797→22.878 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / Phase error: 25.48 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.797→22.878 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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