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- PDB-3u0t: Fab-antibody complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u0t
タイトルFab-antibody complex
要素
  • Amyloid beta A4 protein
  • ponezumab HC Fab
  • ponezumab LC Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody Fab / immunotherapeutic
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity ...amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / positive regulation of amyloid fibril formation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Lysosome Vesicle Biogenesis / astrocyte projection / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / dendrite development / positive regulation of protein metabolic process / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / signaling receptor activator activity / negative regulation of long-term synaptic potentiation / modulation of excitatory postsynaptic potential / The NLRP3 inflammasome / transition metal ion binding / main axon / intracellular copper ion homeostasis / regulation of multicellular organism growth / ECM proteoglycans / regulation of presynapse assembly / positive regulation of T cell migration / neuronal dense core vesicle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / cellular response to manganese ion / Notch signaling pathway / clathrin-coated pit / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / astrocyte activation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of mitotic cell cycle / axonogenesis / response to interleukin-1 / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / platelet alpha granule lumen / cellular response to cAMP / positive regulation of glycolytic process / central nervous system development / endosome lumen / positive regulation of interleukin-1 beta production / dendritic shaft / trans-Golgi network membrane / positive regulation of long-term synaptic potentiation / adult locomotory behavior / learning / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / locomotory behavior / serine-type endopeptidase inhibitor activity / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / cellular response to nerve growth factor stimulus / synapse organization / recycling endosome / visual learning / response to lead ion / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / cognition / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endocytosis / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of inflammatory response / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of translation / regulation of gene expression / early endosome membrane / perikaryon / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / dendritic spine
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者LaPorte, S.L. / Pons, J.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of C-terminal beta-Amyloid Peptide Binding by the Antibody Ponezumab for the Treatment of Alzheimer's Disease
著者: La Porte, S.L. / Bollini, S.S. / Lanz, T.A. / Abdiche, Y.N. / Rusnak, A.S. / Ho, W.H. / Kobayashi, D. / Harrabi, O. / Pappas, D. / Mina, E.W. / Milici, A.J. / Kawabe, T.T. / Bales, K. / Lin, J.C. / Pons, J.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: ponezumab LC Fab
D: ponezumab HC Fab
E: Amyloid beta A4 protein
A: ponezumab LC Fab
B: ponezumab HC Fab
F: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3036
ポリマ－97,3036
非ポリマー00
水5,278293
1
C: ponezumab LC Fab
D: ponezumab HC Fab
E: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6523
ポリマ－48,6523
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
2
A: ponezumab LC Fab
B: ponezumab HC Fab
F: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6523
ポリマ－48,6523
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.370, 64.250, 95.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 214
2111C1 - 214
1121B1 - 212
2121D1 - 212

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 ponezumab LC Fab


分子量: 24174.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 Cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 ponezumab HC Fab


分子量: 23449.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 Cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Amyloid beta A4 protein


分子量: 1028.310 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 701-711 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.44→64 Å / Num. all: 35099 / Num. obs: 34993 / % possible obs: 99.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→49.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 22.399 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.752 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26847 1021 3.1 %RANDOM
Rwork0.21858 ---
obs0.22022 31660 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.244 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6681 0 0 293 6974
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226837
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.9639314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.967311153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0285865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09623.916263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.386151100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9421534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7731.54359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1311.51754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52227079
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.24932478
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.964.52235
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2873tight positional0.050.05
22B2586tight positional0.050.05
11A2873tight thermal0.110.5
22B2586tight thermal0.090.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 65 -
Rwork0.286 2337 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3766-0.9874-0.60711.7895-0.10351.75510.0278-0.13510.0591-0.1068-0.0064-0.00390.1034-0.1276-0.02150.0164-0.01330.00250.05220.00930.0281-10.9813-26.925322.5458
21.93130.00461.49060.7218-0.66213.4811-0.0725-0.04040.0986-0.1013-0.01950.0936-0.0106-0.03440.0920.03080.0328-0.01420.0702-0.01190.0752-44.4327-16.29749.278
32.9914-0.18010.5211.92440.09181.82780.19810.20250.0027-0.091-0.1672-0.16240.06680.0894-0.03090.09770.0640.04670.05140.0340.0342-3.3264-22.11340.8056
42.3173-0.51070.530.7345-0.24580.1565-0.0205-0.02910.1811-0.04310.00840.0835-0.01270.00990.01210.08240.00830.02170.08410.02220.0572-28.1707-8.3984.7313
51.2665-0.9238-0.29051.3071-1.23743.77350.1616-0.07230.0591-0.16020.06870.0866-0.061-0.1411-0.23030.06290.0013-0.03570.11170.02020.0824-13.9356.156738.7563
64.3935-0.3557-0.13820.63870.40360.87160.0091-0.0802-0.07890.0628-0.0405-0.11090.00350.00120.03140.01070.0013-0.01490.04280.03020.052518.9578-4.987253.0249
73.3466-0.42330.20020.42890.40931.34660.18160.04360.0632-0.2286-0.07970.03590.00130.1516-0.10190.23220.0788-0.06310.0993-0.03150.0479-2.95862.581618.0456
81.3715-0.62990.69291.257-0.42861.25580.0157-0.0071-0.1305-0.12240.0681-0.03210.13170.0443-0.08390.03580.0050.01570.0352-0.01490.043210.8299-12.287237.6882
93.2359-0.98963.71960.3036-1.14044.2920.78810.8333-0.5085-0.2239-0.19050.17040.79050.9168-0.59760.55610.13870.02650.62950.13670.3354-21.49634.457720.9532
107.02271.3362.05069.8873-0.86770.7688-0.59850.5656-0.1877-0.34340.558-0.7942-0.12860.15030.04040.11470.04740.07870.4168-0.04490.16677.3471-24.521416.1738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2A108 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4B83 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6C108 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7D1 - 82
8X-RAY DIFFRACTION8D83 - 212
9X-RAY DIFFRACTION9E30 - 40
10X-RAY DIFFRACTION10F30 - 40

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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