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万見
- PDB-4onf: Fab fragment of 3D6 in complex with amyloid beta 1-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4onf
タイトルFab fragment of 3D6 in complex with amyloid beta 1-7
要素
  • 3D6 FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN
  • 3D6 FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN
  • Amyloid beta A4 protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / AMYLOID BETA PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / collateral sprouting in absence of injury / growth cone filopodium / microglia development / hippocampal neuron apoptotic process / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport ...amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / collateral sprouting in absence of injury / growth cone filopodium / microglia development / hippocampal neuron apoptotic process / regulation of Wnt signaling pathway / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / regulation of synapse structure or activity / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of amyloid fibril formation / PTB domain binding / astrocyte projection / Golgi-associated vesicle / neuron remodeling / Lysosome Vesicle Biogenesis / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of multicellular organism growth / dendrite development / nuclear envelope lumen / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of protein metabolic process / negative regulation of long-term synaptic potentiation / signaling receptor activator activity / transition metal ion binding / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / The NLRP3 inflammasome / intracellular copper ion homeostasis / modulation of excitatory postsynaptic potential / Notch signaling pathway / main axon / ECM proteoglycans / response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of T cell migration / regulation of presynapse assembly / extracellular matrix organization / swimming behavior / neuronal dense core vesicle / adult locomotory behavior / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of mitotic cell cycle / axonogenesis / cellular response to manganese ion / neuron projection maintenance / clathrin-coated pit / visual learning / cellular response to cAMP / astrocyte activation / synaptic cleft / regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of glycolytic process / Mitochondrial protein degradation / platelet alpha granule lumen / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / response to interleukin-1 / learning / locomotory behavior / cellular response to copper ion / endosome lumen / trans-Golgi network membrane / positive regulation of interleukin-1 beta production / dendritic shaft / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / protein serine/threonine kinase binding / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / synapse organization / positive regulation of interleukin-6 production / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of JNK cascade / recycling endosome / Golgi lumen / response to lead ion / endocytosis / cognition / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / calcium ion transport / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of gene expression / regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Feinberg, H. / Saldanha, J.W. / Diep, L. / Goel, A. / Widom, A. / Veldman, G.M. / Weis, W.I. / Schenk, D. / Basi, G.S.
引用ジャーナル: Alzheimers Res Ther / 年: 2014
タイトル: Crystal structure reveals conservation of amyloid-beta conformation recognized by 3D6 following humanization to bapineuzumab.
著者: Feinberg, H. / Saldanha, J.W. / Diep, L. / Goel, A. / Widom, A. / Veldman, G.M. / Weis, W.I. / Schenk, D. / Basi, G.S.
履歴
登録2014年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 3D6 FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN
L: 3D6 FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN
P: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9823
ポリマ－48,9823
非ポリマー00
水7,026390
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.81, 69.44, 61.73
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 115.43, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 3D6 FAB ANTIBODY HEAVY CHAIN


分子量: 23827.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 3D6 FAB ANTIBODY LIGHT CHAIN


分子量: 24263.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Amyloid beta A4 protein


分子量: 890.897 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 672-678 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05067
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 30% Peg400, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→59.376 Å / Num. obs: 32824 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.053.70.233.2898524050.23100
2.05-2.113.70.1983.6880123470.198100
2.11-2.173.80.1724.2865923050.172100
2.17-2.243.80.1464.9825821990.146100
2.24-2.313.70.1325.3816321770.132100
2.31-2.393.80.1245.8786820930.124100
2.39-2.483.80.1116.3761420180.111100
2.48-2.583.80.0977735519510.097100
2.58-2.73.80.097.6689218280.0999.9
2.7-2.833.80.0778.6671217830.077100
2.83-2.983.80.06410.1639216990.064100
2.98-3.163.80.05711.3609916160.057100
3.16-3.383.80.05111.4562514940.051100
3.38-3.653.80.05111.1532814170.051100
3.65-43.80.05111.3491813050.051100
4-4.473.80.04611.9444811780.046100
4.47-5.163.80.04711.6393810460.047100
5.16-6.323.70.04710.332608730.047100
6.32-8.943.70.03815.325916990.038100
8.94-59.3763.50.04213.313603910.04299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-IceIceデータ収集
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IFL

3ifl


解像度: 2→35.097 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8761 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 1664 5.07 %
Rwork0.1576 --
obs0.1599 32814 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.58 Å2 / Biso mean: 28.5434 Å2 / Biso min: 6.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3358 0 0 390 3748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0954728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2221254
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.0001-2.05890.24381330.1726082741
2.0589-2.12530.22811210.165525822703
2.1253-2.20130.21881380.165925722710
2.2013-2.28940.25331420.168325752717
2.2894-2.39360.22551320.164126002732
2.3936-2.51980.22521370.165425772714
2.5198-2.67760.21371530.168525872740
2.6776-2.88420.21971200.172925982718
2.8842-3.17430.21191520.172725812733
3.1743-3.63320.21031520.160225962748
3.6332-4.57590.17321170.133826242741
4.5759-35.10260.16631670.145126502817
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5534-1.61090.07922.3795-0.30231.7918-0.0463-0.01990.05420.0411-0.0235-0.0205-0.0674-0.080.06530.13190.00280.00050.1063-0.00380.100215.36585.416237.6387
22.10550.6943-0.88341.7993-1.18825.7052-0.0490.22550.1432-0.16370.0068-0.0628-0.48460.20160.02230.2215-0.02920.0030.28310.01090.145943.32375.584518.9862
32.4385-0.0677-0.75691.9701-0.9223.29190.00440.04-0.0937-0.1544-0.04070.00540.1337-0.00980.03440.10170.0031-0.01050.1147-0.02020.12145.29846.989618.6093
43.6144-1.77812.04452.468-1.87243.60850.0142-0.0424-0.1809-0.00180.0313-0.00290.09580.0845-0.05090.1586-0.01010.02960.2048-0.00010.147538.8142-4.2356.2345
58.6001-3.4095-0.37252.58683.50839.2122-0.3812-0.37640.0610.25660.2660.5604-0.0446-1.04570.13140.17590.03710.01510.2360.02690.16820.08665.911536.9598
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 119 )H0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 120 through 219 )H0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 1 through 111 )L0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 112 through 218 )L0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'P' and (resid 1 through 6 )P0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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