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- PDB-3qny: Monoclinic form of human IgA1 Fab fragment, sharing same Fv as IgG -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qny | ||||||
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Title | Monoclinic form of human IgA1 Fab fragment, sharing same Fv as IgG | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Trajtenberg, F. / Correa, A. / Buschiazzo, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of a human IgA1 Fab fragment at 1.55 angstrom resolution: potential effect of the constant domains on antigen-affinity modulation Authors: Correa, A. / Trajtenberg, F. / Obal, G. / Pritsch, O. / Dighiero, G. / Oppezzo, P. / Buschiazzo, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 271.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 466 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 483.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 48.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3m8oC ![]() 3qnxC ![]() 3qnzC ![]() 3qo1C ![]() 2eh7S ![]() 2fbjS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24009.725 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: serum / Source: (natural) ![]() #2: Antibody | Mass: 23506.275 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: serum / Source: (natural) ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.2 Details: 0.2M potassium sulfate, 20% PEG 3350, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 108 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 11, 2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Varimax-HF multilayer mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→27.5 Å / Num. all: 39517 / Num. obs: 39517 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 41.948 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2EH7 (for the light chains) and 2FBJ (for the heavy chains) Resolution: 2.3→18.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9315 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9132 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: TLS refinement was performed
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Displacement parameters | Biso max: 147.75 Å2 / Biso mean: 50.16 Å2 / Biso min: 15.46 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.317 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→18.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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