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- PDB-5bk3: Crystal structure of the neutralizing anti-circumsporozoite prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bk3
タイトルCrystal structure of the neutralizing anti-circumsporozoite protein 580 antibody
要素(580 Antibody, ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Malaria (マラリア) / Circumsporozoite protein / Fab
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Scally, S.W. / Bosch, A. / Triller, G. / Wardemann, H. / Julien, J.P.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2017
タイトル: Natural Parasite Exposure Induces Protective Human Anti-Malarial Antibodies.
著者: Triller, G. / Scally, S.W. / Costa, G. / Pissarev, M. / Kreschel, C. / Bosch, A. / Marois, E. / Sack, B.K. / Murugan, R. / Salman, A.M. / Janse, C.J. / Khan, S.M. / Kappe, S.H.I. / Adegnika, ...著者: Triller, G. / Scally, S.W. / Costa, G. / Pissarev, M. / Kreschel, C. / Bosch, A. / Marois, E. / Sack, B.K. / Murugan, R. / Salman, A.M. / Janse, C.J. / Khan, S.M. / Kappe, S.H.I. / Adegnika, A.A. / Mordmuller, B. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H.
履歴
登録2017年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / reflns / reflns_shell
Item: _chem_comp.type / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 580 Antibody, light chain
H: 580 Antibody, heavy chain
B: 580 Antibody, light chain
A: 580 Antibody, heavy chain
D: 580 Antibody, light chain
C: 580 Antibody, heavy chain
F: 580 Antibody, light chain
E: 580 Antibody, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,21445
ポリマ－192,5628
非ポリマー5,65237
水0
1
L: 580 Antibody, light chain
H: 580 Antibody, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,46011
ポリマ－48,1402
非ポリマー1,3199
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
2
B: 580 Antibody, light chain
A: 580 Antibody, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,74414
ポリマ－48,1402
非ポリマー1,60312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area19810 Å2
手法PISA
3
D: 580 Antibody, light chain
C: 580 Antibody, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,34912
ポリマ－48,1402
非ポリマー1,20810
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
4
F: 580 Antibody, light chain
E: 580 Antibody, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6628
ポリマ－48,1402
非ポリマー1,5216
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.364, 179.567, 140.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 8分子 LBDFHACE

#1: 抗体
580 Antibody, light chain


分子量: 24245.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
580 Antibody, heavy chain


分子量: 23894.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 33分子

#6: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM MES pH 5, 1.6 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 62085 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 9.95
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6197 / Rpim(I) all: 0.345 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
SHELXPREPデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I18

5i18


解像度: 2.8→39.578 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 2003 3.23 %
Rwork0.1901 --
obs0.1914 62068 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13133 0 357 0 13490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94518795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3148140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062387
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.32821470.29444277X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.94760.31471400.29314279X-RAY DIFFRACTION100
2.9476-3.03430.31031410.28564289X-RAY DIFFRACTION100
3.0343-3.13220.30241450.25654251X-RAY DIFFRACTION100
3.1322-3.24410.26991480.23614275X-RAY DIFFRACTION100
3.2441-3.37390.25491450.22354289X-RAY DIFFRACTION100
3.3739-3.52740.26281360.21594292X-RAY DIFFRACTION100
3.5274-3.71320.29791460.21034300X-RAY DIFFRACTION100
3.7132-3.94570.2541400.1914262X-RAY DIFFRACTION100
3.9457-4.250.1961420.15534280X-RAY DIFFRACTION100
4.25-4.67710.15841390.1274310X-RAY DIFFRACTION100
4.6771-5.35250.17241450.13354292X-RAY DIFFRACTION100
5.3525-6.73810.19781470.17144318X-RAY DIFFRACTION100
6.7381-39.58220.21420.17184351X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58551.2956-1.57191.4133-1.34952.87450.06350.1744-0.34840.0165-0.22630.05630.2496-0.02960.15420.47760.0411-0.04430.279-0.1440.389720.060833.566340.0604
26.908-2.9211-2.53415.11311.02542.76270.03990.1383-0.39530.0574-0.1890.610.042-0.53930.11790.3487-0.0989-0.0270.3429-0.0370.4259-6.589440.968465.3742
32.65870.7629-0.77141.73590.5431.3306-0.0271-0.38510.42170.15950.0759-0.4693-0.113-0.04280.05240.4434-0.0131-0.00280.2238-0.03270.202323.049456.625153.458
46.4093-1.5318-0.26072.10210.39432.6240.14330.4234-0.1418-0.1715-0.06420.11080.0087-0.1135-0.0160.322-0.0068-0.00660.1737-0.02630.17528.791753.257544.3497
59.2795-2.53691.26232.8097-0.39252.0377-0.0746-0.03990.3425-0.03330.019-0.0239-0.4282-0.0027-0.04110.3578-0.01150.01830.18630.00440.221331.478859.861447.4315
65.397-1.39-1.50012.09621.08381.52480.18090.395-0.2012-0.2725-0.00190.3318-0.1469-0.0840.02360.30150.01790.00690.2151-0.0270.209119.578456.818145.5777
75.3514-1.5171-0.57492.23530.19041.3706-0.1740.6111-0.5156-0.0057-0.0437-0.02140.50890.03220.09040.3940.01060.010.2424-0.06660.2729.93246.598543.6276
81.80641.2547-1.45111.8502-3.60887.8340.3235-0.14830.09080.41350.00990.3243-0.9327-0.1294-0.03080.36150.0503-0.030.2622-0.09340.34035.355.990164.4574
92.1986-0.21220.57481.306-1.52714.94360.0524-0.0104-0.2208-0.1406-0.06010.17460.142-0.1902-0.03480.3759-0.0073-0.00910.1848-0.07340.29687.063746.510766.5632
102.04370.3411-0.16543.0518-3.6817.09020.1387-0.1346-0.19910.262-0.3281-0.2255-0.47080.35330.28530.3378-0.066-0.02150.2794-0.06490.323411.832549.043973.7406
115.45431.311-0.3990.2927-0.07020.8896-0.0023-0.36920.07910.3955-0.2064-0.4321-1.0190.21890.1980.5423-0.0493-0.0350.3032-0.11440.29848.174152.062676.2022
126.3716-2.53761.51784.3766-0.78335.9144-0.1668-0.74730.75340.66620.051-0.2272-0.24730.39630.17150.404-0.0717-0.01880.4659-0.16180.373653.605544.743529.7521
132.3728-4.133-1.19892.23092.97027.90620.1729-0.62441.24060.5355-0.1997-0.7219-0.96910.43440.01280.5697-0.0839-0.04340.4963-0.11550.708457.302950.567426.5848
147.8477-3.82953.98193.0051-2.65174.6639-0.1681-0.2850.61870.133-0.0487-0.1365-0.2880.12360.21670.43120.0570.04190.3957-0.14770.355946.602545.291324.8003
152.64921.07020.75664.10610.93732.9853-0.0930.3554-0.2724-0.285-0.07030.1841-0.3277-0.81770.17590.44830.12850.01070.6518-0.13060.302521.742338.781712.6865
162.92251.71250.715.93692.15224.05390.06360.3060.0821-0.4191-0.57121.06320.0168-0.84010.51980.43910.124-0.12141.0286-0.17560.465213.031738.250610.9856
175.45430.6465-0.66282.6502-0.08811.04130.0003-0.3235-0.05360.1011-0.07380.09140.00020.1570.0750.40280.11830.01020.43030.07020.238557.380925.587519.7768
182.4094-0.2374-0.45912.3753-0.58391.33310.06130.3343-0.0538-0.188-0.10850.1157-0.0043-0.55840.02980.4234-0.0090.03140.5392-0.13570.274331.012230.2434.5653
193.51571.44631.28894.33751.28322.9925-0.05950.29440.7222-0.3277-0.1428-0.1484-0.98190.18880.19340.7837-0.03330.04150.32920.14810.548846.641195.327642.6615
202.4402-1.20951.12371.3012-0.93833.3249-0.1514-0.10930.6440.7835-0.2737-0.9786-0.83850.95950.37940.8206-0.2272-0.36030.69880.02331.075167.009688.43173.0895
213.1572-3.22651.67584.3647-2.61433.3737-0.0051-0.39780.36330.22040.0219-0.2913-0.0973-0.40810.05440.5601-0.0515-0.0090.28220.02910.311634.839974.771552.5986
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237.8532-7.1432-1.39772.48393.28681.6273-0.08040.25050.02530.1269-0.15050.04040.1958-0.15080.35590.5434-0.034-0.00110.2260.03930.313533.819669.083347.5968
244.3561-4.86913.31878.457-3.89812.2262-0.07750.23620.29960.1002-0.213-0.3919-0.14180.23690.25410.4001-0.08480.00280.2340.04410.266445.779872.105748.6173
251.37530.18890.72270.9361-0.10511.4431-0.42830.1690.59750.1652-0.0442-0.1127-0.8878-0.00170.46430.57970.0162-0.05740.25370.12070.52836.353182.350944.1652
260.89690.27170.13532.24131.89744.03490.03660.025-0.0035-0.020.0791-0.1820.1570.84110.22050.3616-0.0025-0.0080.32450.13720.506954.300266.402162.1774
276.3108-2.0623-0.1665.5411-1.37851.5506-0.3647-0.80450.95090.48990.0813-0.4422-0.4587-0.12750.31570.57390.0189-0.09640.4524-0.02110.39253.463580.779674.3187
282.97120.27422.7426.7555-0.41354.0666-0.0495-1.13851.01470.04640.0474-0.3524-0.995-0.2717-0.00010.4697-0.0458-0.10280.5397-0.13060.481653.510785.718974.5955
299.1631.93841.29147.49344.70352.1362-0.0671-1.23840.41240.8149-0.59881.02340.4353-0.77790.55860.50280.01760.0250.47950.0330.386448.494176.044576.6585
302.0787-0.0042-0.08841.84140.30666.7997-0.1074-0.1976-0.27260.43170.0959-0.0230.54370.24980.06290.53130.1001-0.03070.37070.16080.439324.991274.589523.5881
312.809-1.6635-2.38725.23490.95412.68570.08290.3533-0.5523-0.3637-0.21270.08390.4883-0.06980.12010.49420.0671-0.04050.40960.02350.469220.183873.515315.4303
323.635-0.5165-2.78985.48030.94016.2584-0.09150.5067-0.1096-1.5825-0.0499-0.87381.53210.58580.16230.95460.13240.21460.8114-0.13490.614531.019181.7254-17.247
331.0524-0.56181.29052.17210.81962.64440.02520.8169-0.0376-0.6540.0536-0.7380.2240.66220.02150.63850.16980.17890.7524-0.04550.717533.295482.7059-13.8695
341.3943-1.54620.73712.7944-0.11520.6824-0.5420.2971-0.3727-0.3629-0.3499-0.6978-0.08870.49980.35231.65720.57950.72651.32370.03561.083437.104775.236-21.2581
356.36562.8486-0.40964.1599-1.59083.5872-0.1650.0632-0.3379-0.32980.0616-0.04010.11620.10.05160.49960.18260.04220.38410.07740.29411.846293.549313.3396
363.78361.0318-1.52734.7381-0.88861.08640.0603-0.2298-0.17660.3403-0.11750.1367-0.02910.11060.08130.42560.11030.02130.43270.1120.263112.69994.998117.8866
373.80871.5543-0.54254.487-1.18254.937-0.32971.0747-0.0334-0.74520.48050.52360.4582-0.8182-0.13780.6378-0.0275-0.00330.7910.1240.383419.281488.5575-13.761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 113 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 114 through 211 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 1 through 17 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 18 through 63 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 64 through 82 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 82A through 94 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 95 through 109 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 110 through 134 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 135 through 188 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 189 through 203 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 204 through 214 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 48 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 49 through 75 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 76 through 113 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 114 through 174 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 175 through 211 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 1 through 109 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 110 through 215 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 113 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 114 through 211 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 1 through 33 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 34 through 63 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 64 through 82 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 82A through 94 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 95 through 109 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 110 through 119 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 120 through 157 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 158 through 194 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 195 through 213 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 1 through 32 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 33 through 113 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 114 through 150 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 151 through 188 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 189 through 211 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 1 through 51 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 52 through 109 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 110 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る