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- PDB-4hdi: Crystal Structure of 3E5 IgG3 FAB from mus musculus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hdi
タイトルCrystal Structure of 3E5 IgG3 FAB from mus musculus
要素
  • Ig heavy chain V region RF, Ig gamma-3 chain C region
  • Kappa light chain variable region, Anti-colorectal carcinoma light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / IgG / FAB
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
If kappa light chain / Ig heavy chain Mem5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.449 Å
データ登録者Janda, A. / Eryilmaz, E. / Kim, J. / Cordero, R.J.B. / Cowburn, D. / Casadevall, A.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2013
タイトル: Global structures of IgG isotypes expressing identical variable regions.
著者: Eryilmaz, E. / Janda, A. / Kim, J. / Cordero, R.J. / Cowburn, D. / Casadevall, A.
履歴
登録2012年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Kappa light chain variable region, Anti-colorectal carcinoma light chain
H: Ig heavy chain V region RF, Ig gamma-3 chain C region
A: Kappa light chain variable region, Anti-colorectal carcinoma light chain
B: Ig heavy chain V region RF, Ig gamma-3 chain C region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8634
ポリマ－95,8634
非ポリマー00
水1,17165
1
L: Kappa light chain variable region, Anti-colorectal carcinoma light chain
H: Ig heavy chain V region RF, Ig gamma-3 chain C region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9322
ポリマ－47,9322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
2
A: Kappa light chain variable region, Anti-colorectal carcinoma light chain
B: Ig heavy chain V region RF, Ig gamma-3 chain C region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9322
ポリマ－47,9322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.070, 98.289, 142.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Kappa light chain variable region, Anti-colorectal carcinoma light chain


分子量: 24152.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: IgG1 anti-TS1 VL, Gm16939 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体 Ig heavy chain V region RF, Ig gamma-3 chain C region


分子量: 23778.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P84751*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月15日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.449→50 Å / Num. obs: 35380 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.449→2.54 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H1P, 1T66

2h1p

1t66


解像度: 2.449→43.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 21.565 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.526 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26348 1770 5 %RANDOM
Rwork0.20841 ---
obs0.21134 33544 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.647 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.46 Å20 Å20 Å2
2--5.02 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.449→43.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6677 0 0 65 6742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.026842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.9549324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7913.00214498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1335871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44423.588262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.68151087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1971534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.449→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 107 -
Rwork0.307 2445 -
obs--98.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3933-0.01262.15020.26050.30181.80570.3194-0.3126-0.28170.0727-0.1129-0.05150.4069-0.2975-0.20660.2903-0.0172-0.04760.08870.06850.11870.079119.040729.6315
23.89840.39962.00180.630.56991.2819-0.0246-0.13330.2998-0.0068-0.054-0.03020.0494-0.05790.07860.22980.03920.01070.0277-0.02990.06567.4135.412928.5834
31.86570.60280.48361.46240.58290.9654-0.0346-0.12890.30750.21340.0439-0.015-0.0499-0.1938-0.00930.23310.0396-0.04360.0706-0.02980.129515.621755.76025.5968
41.7033-0.0090.30420.74250.35130.8752-0.01960.23520.2481-0.01170.1549-0.19530.01010.0421-0.13540.19520.0123-0.0070.07450.00280.159525.369451.1234-8.8642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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