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- PDB-5xrq: Crystal structure of human monoclonal antibody H3v-47 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xrq
タイトルCrystal structure of human monoclonal antibody H3v-47
要素
  • Fab H3v-47 heavy chain
  • Fab H3v-47 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / heavy chain / light chain
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhang, H. / Willson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI117905 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A multifunctional human monoclonal neutralizing antibody that targets a unique conserved epitope on influenza HA.
著者: Bangaru, S. / Zhang, H. / Gilchuk, I.M. / Voss, T.G. / Irving, R.P. / Gilchuk, P. / Matta, P. / Zhu, X. / Lang, S. / Nieusma, T. / Richt, J.A. / Albrecht, R.A. / Vanderven, H.A. / Bombardi, R. ...著者: Bangaru, S. / Zhang, H. / Gilchuk, I.M. / Voss, T.G. / Irving, R.P. / Gilchuk, P. / Matta, P. / Zhu, X. / Lang, S. / Nieusma, T. / Richt, J.A. / Albrecht, R.A. / Vanderven, H.A. / Bombardi, R. / Kent, S.J. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Crowe, J.E.
履歴
登録2017年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年9月18日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab H3v-47 heavy chain
L: Fab H3v-47 light chain
A: Fab H3v-47 heavy chain
B: Fab H3v-47 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9684
ポリマ－96,9684
非ポリマー00
水1,910106
1
H: Fab H3v-47 heavy chain
L: Fab H3v-47 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4842
ポリマ－48,4842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
2
A: Fab H3v-47 heavy chain
B: Fab H3v-47 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4842
ポリマ－48,4842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.126, 135.126, 78.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: 抗体 Fab H3v-47 heavy chain


分子量: 25227.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKFZp686P15220 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6N089
#2: 抗体 Fab H3v-47 light chain


分子量: 23256.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 50148 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.891 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.058 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.57→2.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2143 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.256 / % possible all: 83.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.6→46.92 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2144 2497 5.14 %
Rwork0.1796 --
obs0.1825 48572 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6528 0 0 106 6634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.179100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4534025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551034
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6006-2.65050.30891220.27562248X-RAY DIFFRACTION82
2.6505-2.70450.29291360.28692392X-RAY DIFFRACTION89
2.7045-2.76320.29051210.25592540X-RAY DIFFRACTION93
2.7632-2.82740.27861430.25342534X-RAY DIFFRACTION93
2.8274-2.8980.29891420.25572628X-RAY DIFFRACTION94
2.898-2.97620.25431480.24572553X-RAY DIFFRACTION94
2.9762-3.06350.25781280.21922639X-RAY DIFFRACTION95
3.0635-3.16210.27551570.21692561X-RAY DIFFRACTION94
3.1621-3.27480.25891280.21332604X-RAY DIFFRACTION95
3.2748-3.40550.23771380.19422592X-RAY DIFFRACTION95
3.4055-3.55990.21691420.18582626X-RAY DIFFRACTION95
3.5599-3.74680.21771410.17862565X-RAY DIFFRACTION95
3.7468-3.98030.17631510.16222580X-RAY DIFFRACTION94
3.9803-4.28570.16321360.14742569X-RAY DIFFRACTION95
4.2857-4.71340.15161250.13492624X-RAY DIFFRACTION95
4.7134-5.38710.16091170.13362610X-RAY DIFFRACTION96
5.3871-6.75630.20971500.15372581X-RAY DIFFRACTION94
6.7563-22.43040.22751350.17422603X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -38.4348 Å / Origin y: 66.5561 Å / Origin z: -3.1196 Å
111213212223313233
T0.2719 Å2-0.0573 Å20.0006 Å2-0.3282 Å20.0194 Å2--0.2271 Å2
L0.327 °20.1782 °20.1898 °2-0.1777 °20.1488 °2---0.1187 °2
S-0.0549 Å °0.05 Å °0.0032 Å °-0.0051 Å °0.0459 Å °0.0247 Å °-0.153 Å °0.0379 Å °0.0022 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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