PDB-5jw5: Structure of MEDI8852 Fab Fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jw5

タイトル

Structure of MEDI8852 Fab Fragment

要素

MEDI8852 Heavy chain
MEDI8852 Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody Influenza

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Neu, U. / Collins, P.J. / Walker, P.A. / Vorlaender, M.K. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structure and Function Analysis of an Antibody Recognizing All Influenza A Subtypes.
著者: Kallewaard, N.L. / Corti, D. / Collins, P.J. / Neu, U. / McAuliffe, J.M. / Benjamin, E. / Wachter-Rosati, L. / Palmer-Hill, F.J. / Yuan, A.Q. / Walker, P.A. / Vorlaender, M.K. / Bianchi, S. / ...

履歴

登録	2016年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jw5.cif.gz	357 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jw5.ent.gz	291.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jw5_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jw5_full_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示
XML形式データ	5jw5_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	5jw5_validation.cif.gz	53.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/5jw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jw3C 5jw4C 3hotS 4kmtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rz8-1 5mu0-3 1mcp-d 3bdy-1 3l7f-3 6rlm-3 3g6j-4 6dc8-d 5nbw-1 1nld-d 5d6c-1 1i9j-d 1a3l-d 6be2-d 6dw2-d 3g6j-3 6rlm-6 4p3c-d 5e2w-d 5ggq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: MEDI8852 Heavy chain

L: MEDI8852 Light chain

A: MEDI8852 Heavy chain

B: MEDI8852 Light chain

ヘテロ分子

95 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: MEDI8852 Heavy chain

L: MEDI8852 Light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: MEDI8852 Heavy chain

B: MEDI8852 Light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.220, 109.920, 139.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	H
2	1	A
1	2	L
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	LYS	LYS	H	A	1 - 229	1 - 227
2	1	GLN	GLN	LYS	LYS	A	C	1 - 229	1 - 227
1	2	ASP	ASP	GLU	GLU	L	B	1 - 209	1 - 209
2	2	ASP	ASP	GLU	GLU	B	D	1 - 209	1 - 209

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	MEDI8852 Heavy chain 分子量: 24455.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	MEDI8852 Light chain 分子量: 22910.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.2 M Ammonium Dihydrogen Phosphate, seeded from crystals obtained from 18% PEG8000, 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5 and 0.2 M Calcium Acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.97941 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97941 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→86.43 Å / Num. obs: 77785 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 31.51 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.95		0.745	2.41	1	98.4
1.95-2		0.555	3.11	1	98.8
2-2.06		0.501	3.86	1	98.3
2.06-2.12		0.42	4.52	1	98.6
2.12-2.19		0.353	5.28	1	99
2.19-2.27		0.3	5.99	1	98.9
2.27-2.36		0.25	6.73	1	98.6
2.36-2.45		0.215	7.15	1	98.2
2.45-2.56		0.176	8.56	1	98.3
2.56-2.69		0.147	9.88	1	98.1
2.69-2.83		0.115	11.66	1	98
2.83-3		0.094	13.51	1	97.4
3-3.21		0.073	15.96	1	96.6
3.21-3.47		0.065	18.49	1	96
3.47-3.8		0.058	20.76	1	95.4
3.8-4.25		0.054	21.94	1	94.4
4.25-4.91		0.049	22.74	1	93.8
4.91-6.01		0.048	23.19	1	92.3
6.01-8.5		0.047	22.92	1	89.8
	8.5	0.039	25.59	1	83.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0124	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HOT (chain B) 4KMT (chain L)

3hot

4kmt

解像度: 1.9→86.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 7.223 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.133
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2171	3842	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1866	-	-	-
obs	0.188	73943	97.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.03 Å² / B_iso mean: 29.378 Å² / B_iso min: 13.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.5 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→86.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6548	0	15	559	7122
B_iso mean	-	-	55.94	33.72	-
残基数	-	-	-	-	862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	6954
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	6323
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.53	1.948	9514
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.157	3	14640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.623	5	906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.471	24.265	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.563	15	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.436	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8037
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.721	3.871	3573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.701	3.868	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.534	4.858	4496

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	H	24882
1	2	A	24882
2	1	L	22832
2	2	B	22832

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	265	-
R_work	0.298	5461	-
all	-	5726	-
obs	-	-	98.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9792	-1.7347	-0.0126	4.3598	0.4339	0.7463	0.0826	0.3397	-0.0723	-0.1507	-0.0718	-0.0078	0.097	0.0374	-0.0107	0.0717	0.0542	-0.0209	0.1499	-0.0158	0.1308	34.7871	1.9601	25.3854
2	4.5012	-1.4757	1.945	2.551	-1.0107	3.3132	-0.1597	-0.1363	0.1593	0.1561	0.0157	-0.1627	-0.2493	0.4875	0.144	0.0219	-0.0328	-0.0096	0.1264	0.0129	0.1574	39.5442	18.4344	53.005
3	1.9075	-0.2076	-0.116	2.8985	-0.6236	5.5819	0.0223	0.1679	-0.3804	-0.1015	0.0659	0.1727	0.2251	-0.2206	-0.0882	0.0192	-0.0031	-0.0149	0.0275	-0.0332	0.2445	29.8534	-12.7078	41.7574
4	1.441	-0.1741	-0.0396	5.2944	-0.5002	1.9161	0.0382	-0.2072	0.1749	0.1992	0.0163	0.2207	-0.2634	-0.1119	-0.0545	0.0656	0.0123	0.0196	0.0442	0.0028	0.1384	26.9047	15.7589	63.8107
5	3.0177	1.8741	-0.508	2.3844	-0.2068	0.8548	-0.0306	-0.1889	-0.0539	0.0573	-0.032	-0.0069	0.0365	-0.0014	0.0627	0.0119	0.0045	-0.0032	0.0353	0.0313	0.1148	1.9605	7.3032	47.1247
6	4.9379	0.2682	3.0946	1.397	0.6662	4.0866	-0.0853	0.0314	0.2006	-0.0987	-0.0447	0.0989	-0.3038	-0.2888	0.13	0.0375	0.0347	-0.012	0.0456	0.0109	0.1421	2.8675	25.0821	20.8793
7	1.8191	1.2206	0.3002	2.8865	0.6502	4.5647	0.047	-0.0867	-0.295	0.0033	-0.0386	-0.1684	0.1751	0.1381	-0.0083	0.0117	0.0052	0.0149	0.0103	0.0276	0.1899	1.6167	-7.6244	30.6673
8	1.6489	1.6344	0.132	4.1138	0.8837	1.241	-0.0766	0.1566	-0.0293	-0.1838	0.1431	-0.1932	-0.0793	0.0764	-0.0665	0.0347	-0.0117	-0.0055	0.0203	-0.0095	0.1154	13.5066	19.8397	9.008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 129
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	130 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	103 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	1 - 128
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	129 - 228
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	1 - 102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	103 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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