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- PDB-1i9j: TESTOSTERONE COMPLEX STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i9j
タイトルTESTOSTERONE COMPLEX STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD TYPE ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT
要素
  • RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
  • RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / fab fragment / anti-testosterone / recombinant / monoclonal / testosterone
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TESTOSTERONE / Kappa light chain C_region / Ighg protein / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Valjakka, J. / Takkinenz, K. / Teerinen, T. / Soderlund, H. / Rouvinen, J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structural insights into steroid hormone binding: the crystal structure of a recombinant anti-testosterone Fab fragment in free and testosterone-bound forms.
著者: Valjakka, J. / Takkinenz, K. / Teerinen, T. / Soderlund, H. / Rouvinen, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: X-ray studies of recombinant anti-testosterone fab fragments: the use of peg 3350 in crystallization
著者: Valjakka, J. / Hemminki, A. / Teerinen, T. / Takkinen, K. / Rouvinen, J.
履歴
登録2001年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
H: RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8553
ポリマ－47,5662
非ポリマー2881
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.866, 95.564, 67.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN


分子量: 24056.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PKKTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308 / 参照: UniProt: Q99M37, UniProt: Q65ZC0*PLUS
#2: 抗体 RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN


分子量: 23509.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PKKTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308 / 参照: UniProt: Q9R1A4, UniProt: Q91Z05*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-TES / TESTOSTERONE / テストステロン


分子量: 288.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: peg3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 5.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
19 mg/mlprotein1drop
220 %PEG33501drop
315 %PEG33501drop
40.1 M1dropMgCl2
50.1 MBis-Tris propane1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200HB / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MSC Confocal Blue Optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→99 Å / Num. all: 52788 / Num. obs: 16913 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.299 / % possible all: 95.7
反射
*PLUS
最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 52788
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: native anti-testosterone fab fragment

解像度: 2.6→99 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数
Rfree0.255 1589
Rwork0.188 -
all-15927
obs-14338
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3345 0 21 337 3703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0062
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.34
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5jarkko.paramjarkko.top
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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