PDB-4ewg: Crystal structure of a Beta-ketoacyl synthase from Burkholderia p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ewg

タイトル

Crystal structure of a Beta-ketoacyl synthase from Burkholderia phymatum STM815

要素

Beta-ketoacyl synthase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia phymatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2012年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ewg.cif.gz	312.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ewg.ent.gz	253.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ewg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ewg_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ewg_full_validation.pdf.gz	462.4 KB	表示
XML形式データ	4ewg_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	4ewg_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 3ho9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vba-1 1g5x-1 2vb7-2 2byy-2 5sxo-1 1fj4-1 2byx-1 5w2q-1 2buh-2 1fj8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuphA.00113.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (10) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (10)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-ketoacyl synthase

B: Beta-ketoacyl synthase

ヘテロ分子

88.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.410, 60.940, 99.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.130, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-ketoacyl synthase 分子量: 44108.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia phymatum (バクテリア) 株: STM815 / 遺伝子: Bphy_0703 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2JEW3
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Internal tracking number 230204c7. JCSG Core Suite IV well c7. 0.1M Imidazole Buffer pH 8.0, 10.0% w/v PEG8,000, 20% ethylene glycol. BuphA.00113.a.A1 ps01343 24.9mg/ml, vapor diffusion, ...詳細: Internal tracking number 230204c7. JCSG Core Suite IV well c7. 0.1M Imidazole Buffer pH 8.0, 10.0% w/v PEG8,000, 20% ethylene glycol. BuphA.00113.a.A1 ps01343 24.9mg/ml, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.99 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Internal tracking number 230204c7. JCSG Core Suite IV well c7. 0.1M Imidazole Buffer pH 8.0, 10.0% w/v PEG8,000, 20% ethylene glycol. BuphA.00113.a.A1 ps01343 24.9mg/ml, vapor diffusion, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→49.64 Å / Num. all: 37978 / Num. obs: 36898 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.255 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 14.29

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.25-2.31		0.389	3.7	8138	2479	88.5
2.31-2.37		0.327	4.4	8979	2634	96.3
2.37-2.44		0.288	4.9	8674	2542	96.8
2.44-2.52		0.265	5.3	8530	2485	97.8
2.52-2.6		0.246	5.7	8412	2435	97.5
2.6-2.69		0.211	6.8	7977	2337	97.5
2.69-2.79		0.192	7.4	7973	2290	97.6
2.79-2.9		0.163	8.7	7735	2219	98.4
2.9-3.03		0.137	10.1	7429	2119	98.3
3.03-3.18		0.109	12.5	7098	2017	98.6
3.18-3.35		0.085	15.6	6850	1938	98.8
3.35-3.56		0.066	19.9	6382	1822	98.2
3.56-3.8		0.048	26.6	5768	1699	97.5
3.8-4.11		0.043	29.5	5483	1600	98.2
4.11-4.5		0.036	34.5	5180	1493	98.7
4.5-5.03		0.037	33	4693	1350	98.8
5.03-5.81		0.051	24.6	4156	1184	98.7
5.81-7.12		0.049	25.8	3555	1015	98.8
7.12-10.06		0.028	42	2725	808	98.5
	10.06	0.02	56.3	1350	432	93.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	41.81 Å
Translation	2.5 Å	41.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HO9

3ho9

解像度: 2.25→49.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 12.348 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1819	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19	-	-	-
all	0.192	37978	-	-
obs	0.192	36892	97.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.003 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.85 Å²	0 Å²	0.95 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6048	0	34	321	6403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	6204
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	4070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.949	8423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.102	3	9857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.143	5	815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.388	23.189	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.291	15	928
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.868	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1332

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.435	135	-
R_work	0.353	2261	-
all	-	2396	-
obs	-	-	88.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1998	-0.3865	0.3117	1.861	-0.0626	0.2014	0.0859	0.1016	-0.0646	-0.1164	-0.0056	0.3136	0.0822	-0.1006	-0.0803	0.0488	-0.055	-0.0515	0.1489	0.0758	0.0949	4.0947	16.8524	63.7182
2	0.7229	0.1997	0.1805	0.6609	-0.2532	0.5352	-0.0286	0.1926	0.0142	-0.167	0.0773	0.0745	0.0847	-0.0156	-0.0487	0.0659	0.0067	-0.0018	0.0827	0.0271	0.0235	19.8507	23.7589	58.1192
3	0.6813	-0.0416	0.0692	1.2241	-0.198	0.3989	0.0229	-0.0119	0.0107	-0.0586	-0.006	0.055	0.1002	-0.0844	-0.0169	0.0341	-0.0066	0.0036	0.061	0.04	0.0447	14.8345	19.7046	69.0152
4	0.7413	-0.1075	0.1681	1.0741	0.0662	0.6214	0.0367	-0.1204	-0.0662	0.0498	0.0468	0.1723	0.137	-0.1558	-0.0834	0.0405	-0.0182	0.0079	0.0733	0.0665	0.0883	4.7482	12.9319	78.2083
5	1.2211	0.0759	-0.6019	0.7738	0.0476	0.8718	0.037	-0.0838	-0.1259	0.1066	-0.0411	-0.1503	0.0057	0.1634	0.0041	0.0317	0.021	-0.0086	0.0788	0.038	0.0751	44.7959	29.4736	77.7089
6	0.6146	0.2753	-0.0493	0.5986	-0.1907	0.5006	0.0231	-0.0686	-0.0208	0.0487	-0.0268	-0.0296	0.058	0.0642	0.0037	0.0349	0.0316	0.0073	0.0525	0.0245	0.0222	33.8393	25.9822	76.4093
7	2.124	-0.1563	0.7329	2.2285	-1.575	1.3007	0.1743	-0.026	0.1734	0.1966	-0.0888	0.1854	-0.0759	0.0697	-0.0854	0.0675	0.0232	0.0297	0.0807	-0.04	0.0487	25.5627	37.6222	87.1275
8	0.8238	0.037	-0.3111	1.3563	-0.297	1.201	0.0451	-0.0551	0.172	0.086	-0.0489	0.0345	-0.153	0.07	0.0038	0.0397	0.0043	0.0159	0.0187	0.0013	0.0517	34.4697	47.5396	79.2109

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	135 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	246 - 408
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 67
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	68 - 240
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	241 - 272
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	273 - 408

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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データ収集

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)