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- PDB-4egu: 0.95A Resolution Structure of a Histidine Triad Protein from Clos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4egu
タイトル0.95A Resolution Structure of a Histidine Triad Protein from Clostridium difficile
要素histidine triad (HIT) protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / HIT domain
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / HIT domain profile. / HIT-like / HIT-like domain / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / : / Histidine triad (HIT) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A high-throughput structural system biology approach to increase structure representation of proteins from Clostridioides difficile.
著者: Rosas-Lemus, M. / Dey, S. / Minasov, G. / Tan, K. / Anderson, S.M. / Brunzelle, J. / Nocadello, S. / Shabalin, I. / Filippova, E. / Halavaty, A. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Osipiuk, J. / ...著者: Rosas-Lemus, M. / Dey, S. / Minasov, G. / Tan, K. / Anderson, S.M. / Brunzelle, J. / Nocadello, S. / Shabalin, I. / Filippova, E. / Halavaty, A. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Osipiuk, J. / Minor, W. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2012年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22026年4月29日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histidine triad (HIT) protein
B: histidine triad (HIT) protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9248
ポリマ－26,9892
非ポリマー9356
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.065, 65.848, 89.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 histidine triad (HIT) protein


分子量: 13494.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_24470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q182D4
#2: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 25% PEG3350, 100mM Na Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.88567 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月9日 / 詳細: bimorph KB mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88567 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→30 Å / Num. all: 140927 / Num. obs: 139941 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 11.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
0.95-0.983.50.4862.213024193.5
0.98-1.024.60.354.313857199.5
1.02-1.075.10.2536.913945199.9
1.07-1.135.30.17211.4139921100
1.13-1.25.40.1313.5139921100
1.2-1.295.50.10316.6140501100
1.29-1.425.50.07520.6140631100
1.42-1.625.60.0720.2141191100
1.62-2.0560.0527.214202199.8
2.05-5010.50.0529.5146971100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.95→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.935 / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1524 6995 5 %random
Rwork0.1363 ---
all0.1373 141350 --
obs0.1371 139838 98.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.536 Å2 / ksol: 0.478 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 71.06 Å2 / Biso mean: 17.3 Å2 / Biso min: 6.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1851 0 52 345 2248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5772848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.167813
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
0.95-0.98390.27956300.2737337635521258590.1
0.9839-1.02330.19936940.1831419644181388799.4
1.0233-1.06990.15587010.1355438346151399299.9
1.0699-1.12630.12777020.11064400463114040100
1.1263-1.19690.12217020.1044406463914048100
1.1969-1.28930.12277040.10774388461814064100
1.2893-1.4190.1347050.10934450468514113100
1.419-1.62440.13377090.11184399463214165100
1.6244-2.04650.15047120.1334444146741423899.8
2.0465-28.94510.16242360.15034480471614703100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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