PDB-5tv7: 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidoglycan-Bindi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tv7

タイトル

2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidoglycan-Binding Protein from Clostridioides difficile in Complex with Glutamine Hydroxamate.

要素

Putative peptidoglycan-binding/hydrolysing protein

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Peptidoglycan-Binding Protein / Glutamine Hydroxamate

機能・相同性

: / Putative peptidoglycan-binding domain / PGBD superfamily / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / GLUTAMINE HYDROXAMATE / Peptidoglycan-binding/hydrolysing protein

機能・相同性情報

生物種

Peptoclostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.05 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidoglycan-Binding Protein from Clostridioides difficile in Complex with Glutamine Hydroxamate.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tv7.cif.gz	146.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tv7.ent.gz	114.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tv7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tv7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4s1p-d 5mm8-d 2xda-d 4d5r-1 1u40-d 2w7s-1 2qgx-4 1xdf-1 3jw5-1 3pna-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP05636

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative peptidoglycan-binding/hydrolysing protein

B: Putative peptidoglycan-binding/hydrolysing protein

ヘテロ分子

39.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative peptidoglycan-binding/hydrolysing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative peptidoglycan-binding/hydrolysing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.949, 35.008, 101.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.25, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative peptidoglycan-binding/hydrolysing protein 分子量: 19749.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (strain 630) (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD630_23880 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q181X4
#2: 化合物	ChemComp-HGA / GLUTAMINE HYDROXAMATE / L-グルタミン酸γ-ヒドロキサマ-ト分子量: 162.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀N₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein: 7.8 mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris HCl (pH 8.3), Screen: JCSG+ (B3), 0.1M Bicine (pH 8.5), 20% (w/v) PEG 6000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月4日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→29.08 Å / Num. obs: 24487 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 32.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 28.1
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.769 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / CC_1/2: 0.769 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→29.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 9.416 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2103	1199	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17155	-	-	-
obs	0.17346	23265	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.198 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.25 Å²	0 Å²	1.15 Å²
2-	-	-2.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.05→29.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2460	0	22	201	2683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.313	1.99	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.817	3	5648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.636	5	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.864	25.676	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.916	15	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.577	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.02	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.018	0.02	558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.444	3.27	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.441	3.27	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.425	4.878	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.425	4.879	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.642	3.544	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.637	3.545	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.715	5.223	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.114	40.019	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.992	39.499	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	88	-
R_work	0.279	1627	-
obs	-	-	98.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4448	-0.5683	1.7513	4.7121	1.4354	5.6077	0.2524	0.5576	0.3723	-0.3654	-0.163	0.588	-0.674	-0.5504	-0.0894	0.1412	0.1157	0.0222	0.1851	0.1016	0.1579	14.6075	44.3214	-1.0287
2	5.0211	0.9453	0.8979	6.4933	4.0166	8.9519	0.052	0.4062	0.356	-0.2294	0.2147	0.6791	-0.5342	-0.35	-0.2667	0.0528	0.0623	0.0102	0.1573	0.0828	0.1742	13.1869	42.5863	-2.9373
3	4.5984	-2.419	-0.1164	6.4316	-1.1415	2.5678	0.1136	-0.1973	0.052	0.0764	-0.1049	0.216	-0.1368	-0.129	-0.0087	0.0673	0.0013	0.0567	0.0644	-0.0134	0.0597	17.0825	37.8161	12.8014
4	2.7985	-0.0594	-0.9282	3.5549	0.3397	2.667	0.065	0.0964	-0.0081	-0.0195	-0.1034	0.0306	0.0366	-0.0218	0.0384	0.0097	-0.0076	0.0125	0.0739	0.0037	0.0347	26.5161	33.873	4.3873
5	9.3837	-1.0024	2.6784	2.4407	0.2356	2.9015	0.026	0.2898	-0.81	-0.3709	-0.0141	0.1099	0.2572	-0.0553	-0.0119	0.1459	-0.0181	0.0214	0.0205	-0.0415	0.0945	0.1453	15.0403	21.4529
6	9.9805	-3.9068	-0.2546	6.8422	-0.3927	5.4437	-0.085	0.0741	0.2027	-0.2825	0.0527	0.4771	-0.2693	-0.4516	0.0323	0.1169	-0.0013	-0.0788	0.1255	-0.0298	0.1047	-8.247	24.2361	22.2298
7	3.5787	1.0971	-0.2584	4.6324	0.8509	3.6227	0.0212	0.1467	-0.2253	-0.3159	-0.1015	0.0088	0.0925	-0.0669	0.0803	0.1085	0.0329	0.0312	0.0885	0.0037	0.0337	8.8263	22.0295	22.1866
8	2.2545	-0.4691	-0.0267	3.4734	0.3526	3.2903	0.0327	-0.0248	0.015	-0.045	-0.109	0.004	-0.0268	-0.0793	0.0763	0.0609	-0.004	0.0111	0.0753	0.0078	0.0058	5.6774	27.736	32.8685

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	73 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	94 - 128
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	129 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	43 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	65 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	87 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	130 - 200

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)