[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6n7m: 1.78 Angstrom Resolution Crystal Structure of Hypothetical Protei... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6n7m | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | 1.78 Angstrom Resolution Crystal Structure of Hypothetical Protein CD630_05490 from Clostridioides difficile 630. | ||||||
![]() | Hypothetical Protein CD630_05490 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Hypothetical Protein | ||||||
Function / homology | Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: 1.78 Angstrom Resolution Crystal Structure of Hypothetical Protein CD630_05490 from Clostridioides difficile 630. Authors: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 71.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 56.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 452.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 457 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
---|---|
Other databases |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 12624.758 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 630 / Gene: CD630_05490 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.19 Å3/Da / Density % sol: 39.38 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: Protein: 9.3 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3); Screen: Classics II (H11), 0.1M Potassium thiocyanate, 30% (w/v) PEG 2000 MME. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2017 / Details: C(111) |
Radiation | Monochromator: Be / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→46.7 Å / Num. obs: 22345 / % possible obs: 97.74 % / Redundancy: 5.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.113 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.81 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1068 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.45 / Rrim(I) all: 0.95 / Rsym value: 0.83 / % possible all: 97.89 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.866 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.78→24.52 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|