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- PDB-4kd5: substrate binding domain of putative molybdenum ABC transporter f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kd5
タイトルsubstrate binding domain of putative molybdenum ABC transporter from Clostridium difficile
要素ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular solute-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta-alpha fold / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdate ion binding / molybdate ion transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YvgL-like, substrate binding domain / Molybdate ABC transporter, substrate-binding protein / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 2-BUTANOL / ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular solute-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4999 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Substrate binding domain of putative molybdenum ABC transporter from Clostridium difficile 630
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular solute-binding protein
A: ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular solute-binding protein
B: ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular solute-binding protein
D: ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,48312
ポリマ－102,9304
非ポリマー5538
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0196
ポリマ－25,7331
非ポリマー2865
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular solute-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7331
ポリマ－25,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9033
ポリマ－25,7331
非ポリマー1702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular solute-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8292
ポリマ－25,7331
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.644, 141.068, 122.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
ABC-type transport system, molybdenum-specific extracellular solute-binding protein


分子量: 25732.570 Da / 分子数: 4 / 断片: ModA (UNP Residues 42-270) / 変異: delta 41 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_08690, modA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q18A64
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-SBT / 2-BUTANOL / (S)-2-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 2.4M ammonium sulfate, 150 mM Formate pH 4.0, 3% 2-Butanol, 3mM rhenium chloride , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4999→50 Å / Num. all: 37152 / Num. obs: 37152 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 58.32 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.4999→2.54 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique all: 1831 / Rsym value: 0.782 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXモデル構築
RESOLVEモデル構築
BUCCANEERモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1227)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4999→34.089 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1946 5.37 %random
Rwork0.204 ---
all0.207 36246 --
obs0.207 36246 96.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4999→34.089 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7032 0 34 82 7148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7899698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1192724
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031230
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4999-2.56240.37081290.31422226225589
2.5624-2.63170.37381350.28222338247394
2.6317-2.70910.29061280.30022361248994
2.7091-2.79650.36041340.29692375250995
2.7965-2.89640.39741320.28542411254397
2.8964-3.01230.37011420.26982466260897
3.0123-3.14930.33521410.26532481262299
3.1493-3.31520.31221420.24552459260199
3.3152-3.52270.2521440.21682508265299
3.5227-3.79440.26161420.189825102652100
3.7944-4.17560.2771430.170125272670100
4.1756-4.77840.18751450.1452529267499
4.7784-6.01490.21311460.168325642710100
6.0149-34.09270.21291430.19512545268895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.26650.7059-0.83151.7280.12146.49090.15160.07550.2743-0.0452-0.15140.459-0.1308-0.42520.00920.45550.1302-0.0940.2956-0.01760.512178.518273.233219.9175
28.09871.89942.98848.39150.96433.8208-0.18880.42290.2767-0.5656-0.08930.1985-0.5872-0.00710.26080.59160.21270.03360.39550.02250.312370.314995.72440.2516
32.2548-2.10941.87745.1405-4.08284.12360.39280.4082-0.2622-0.3846-0.2913-0.19010.0380.3019-0.12660.49450.1563-0.02940.3945-0.07580.445781.731780.04919.0143
43.18561.62890.06541.7488-0.89789.2030.17460.1843-0.034-0.2363-0.5899-0.5353-0.12450.83350.41020.45580.1831-0.00780.50090.0510.5888105.717955.078219.3704
57.4918-1.8259-3.28564.0661.52712.63510.18960.63230.1146-0.484-0.11410.1503-0.1102-0.164-0.07260.71020.3315-0.09970.5986-0.00640.4419111.072335.03740.3139
64.0070.7051.97934.98151.1797.33980.14150.10330.171-0.5438-0.3690.6139-0.4853-0.80870.23170.46820.1718-0.00830.36440.00310.492797.805153.741414.6904
73.12511.9567-3.06616.11-0.89443.59630.2805-0.4027-1.22260.885-0.4328-0.77020.56270.66830.24510.73380.0019-0.19710.52080.070.756175.437266.825143.8034
84.30550.7814-3.06187.4069-1.33823.33430.9481-1.1594-0.45490.6523-1.06220.88310.3899-0.04440.07870.7184-0.2399-0.15210.6643-0.04220.658368.470377.847848.7893
96.76041.3035-0.69287.9871.21357.9220.4282-0.0818-0.12120.3125-0.2834-0.96630.07080.985-0.14570.3129-0.0496-0.1030.54260.05690.503794.498991.568740.0308
104.34311.3031-0.65082.4245-0.86842.09780.6716-1.0091-1.3530.5302-0.4342-0.58070.5965-0.2147-0.22030.8292-0.231-0.32550.76850.28960.80880.773875.576252.029
112.04542.94151.4872.04832.96154.2412-0.13210.09531.46650.1806-0.32580.711-0.8619-0.41020.47470.74820.1188-0.10480.6481-0.08850.8488105.536262.320443.9668
127.74190.72211.43455.24310.63329.9815-0.16790.22620.47820.2556-0.2424-0.3033-0.46571.19210.32740.4896-0.0257-0.14340.62010.04540.5702117.413253.443843.2937
137.32633.60292.20996.50181.93622.67330.1356-0.89330.19430.4159-0.33760.7816-0.3052-1.26780.11540.56340.00770.26240.9742-0.02520.698490.905939.050346.2856
144.573-0.78256.65724.0391-0.69529.7580.3026-0.328-0.2515-0.1284-0.21970.06050.5504-0.5187-0.07570.40060.09050.08060.53360.01510.407394.74429.516938.1609
158.49020.89261.38846.29181.39059.16830.1951-0.46010.58450.0714-0.3961.1314-0.6801-1.48930.24470.44750.13540.04680.6423-0.07850.639688.764541.902138.6385
164.06680.7591-1.01773.78860.14531.71790.1718-0.91360.42110.6618-0.3839-0.2234-0.26890.40360.22630.7534-0.0011-0.10210.758-0.04580.5094111.082952.201950.3878
175.80782.9798-0.85248.53412.00786.94690.4737-0.39221.50060.95120.04020.2966-1.0051-1.9015-0.47380.68850.15290.17850.8647-0.07290.769998.886954.043351.9691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 42 through 125 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 126 through 196 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 197 through 270 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 42 through 118 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 119 through 229 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 230 through 270 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 43 through 88 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 89 through 125 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 126 through 214 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 215 through 269 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 43 through 67 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 68 through 118 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 119 through 141 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 142 through 186 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 187 through 220 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 221 through 253 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 254 through 269 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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