PDB-5uav: Structure of human PYCR-1 complexed with NADPH and L-tetrahydrofu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uav

タイトル

Structure of human PYCR-1 complexed with NADPH and L-tetrahydrofuroic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Tanner, J.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Resolving the cofactor-binding site in the proline biosynthetic enzyme human pyrroline-5-carboxylate reductase 1.
著者: Christensen, E.M. / Patel, S.M. / Korasick, D.A. / Campbell, A.C. / Krause, K.L. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2016年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uav.cif.gz	526 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uav.ent.gz	432.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uatC 5uauC 5uawC 5uaxC 2izzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uat-1 6xp0-1 5uaw-1 6xp1-1 6xp3-1 6xp2-1 5uau-1 5uax-1 2izz-1 6xoz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

175 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
349 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.477, 87.657, 115.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-509- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5CR 1 分子量: 34043.156 Da / 分子数: 5 / 断片: residues 1-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-TFB / TETRAHYDROFURAN-2-CARBOXYLIC ACID / (S)-テトラヒドロフラン-2-カルボン酸分子量: 116.115 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 300 mM Na2SO4, 16-18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. The crystal was soaked in the cryobuffer containing 100 mM NADPH followed by 50 mM L-tetrahydrofuroic acid

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→64.1 Å / Num. obs: 139847 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 20.41 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 19.3 / Num. measured all: 978352 / Scaling rejects: 37

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.88	5.9	0.858	0.699	1	95
10.13-64.1	6.5	0.021	0.999	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IZZ

2izz

解像度: 1.85→59.386 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.94

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1996	6829	4.89 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.1735	139700	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.07 Å² / B_iso mean: 26.5041 Å² / B_iso min: 8.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→59.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10048	0	287	659	10994
B_iso mean	-	-	26.28	30.28	-
残基数	-	-	-	-	1388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10563
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.907	14383
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1735
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1831
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.204	6257

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.871	0.2614	217	0.2443	4167	4384	94
1.871-1.8931	0.2948	240	0.2423	4315	4555	98
1.8931-1.9161	0.3087	239	0.2708	4337	4576	100
1.9161-1.9404	0.2807	238	0.2385	4365	4603	100
1.9404-1.9659	0.2408	225	0.2029	4420	4645	100
1.9659-1.9929	0.2216	222	0.1927	4444	4666	100
1.9929-2.0213	0.1983	211	0.1809	4379	4590	100
2.0213-2.0515	0.2266	228	0.1834	4361	4589	100
2.0515-2.0836	0.2589	236	0.1982	4411	4647	100
2.0836-2.1177	0.2066	244	0.1774	4370	4614	100
2.1177-2.1542	0.2134	223	0.175	4435	4658	100
2.1542-2.1934	0.2057	230	0.1677	4398	4628	100
2.1934-2.2356	0.2197	228	0.1773	4397	4625	100
2.2356-2.2812	0.2434	227	0.1958	4386	4613	100
2.2812-2.3308	0.1854	193	0.1618	4438	4631	100
2.3308-2.3851	0.2015	225	0.1609	4448	4673	100
2.3851-2.4447	0.2109	249	0.1671	4395	4644	100
2.4447-2.5108	0.1886	243	0.1595	4406	4649	100
2.5108-2.5847	0.1824	206	0.1543	4451	4657	100
2.5847-2.6681	0.2122	220	0.1637	4414	4634	100
2.6681-2.7635	0.1962	209	0.1753	4478	4687	100
2.7635-2.8741	0.2266	237	0.1751	4430	4667	100
2.8741-3.0049	0.2259	222	0.1848	4470	4692	100
3.0049-3.1634	0.2135	240	0.1782	4454	4694	100
3.1634-3.3615	0.196	245	0.1846	4468	4713	100
3.3615-3.621	0.2009	190	0.1657	4505	4695	100
3.621-3.9854	0.1587	227	0.1514	4510	4737	100
3.9854-4.5619	0.1627	254	0.1354	4488	4742	100
4.5619-5.7467	0.1534	223	0.1532	4591	4814	100
5.7467-59.4168	0.1746	238	0.171	4740	4978	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5498	-0.2563	0.0815	2.2607	-0.3333	0.7369	0.0244	0.1157	0.1925	-0.3701	0.037	0.0529	-0.1397	-0.0024	-0.0524	0.1578	-0.0099	0.0041	0.1869	0.0211	0.1791	-15.4237	59.0757	-58.7697
2	0.6549	0.4398	0.2771	1.3424	0.3257	0.605	-0.0024	0.0321	-0.0863	-0.0126	0.0384	0.1289	0.1288	-0.0732	-0.0369	0.1148	0.0018	0.0019	0.1715	0.0141	0.1395	-22.8927	27.7368	-53.0064
3	0.4592	-0.4154	0.0232	1.1461	0.0795	0.4313	-0.0414	-0.0265	0.038	0.0505	0.0385	0.1457	-0.0965	-0.085	0.0019	0.1084	0.0055	0.0362	0.1511	0.0085	0.1457	-32.7203	59.2815	-23.8403
4	0.7149	0.5536	-0.1891	1.4841	-0.3036	0.4189	0.021	-0.0316	-0.0679	0.1748	-0.0037	0.0909	0.0858	-0.0581	-0.0139	0.1451	0.0164	0.0391	0.1486	-0.0097	0.1308	-30.061	28.0454	-14.8995
5	0.4807	-0.1023	-0.0505	1.1552	0.4041	0.2892	0.0175	-0.1133	0.1198	0.3656	-0.0132	0.05	0.0217	0.0255	-0.0134	0.2972	-0.0272	0.0337	0.1811	-0.0071	0.1195	-4.9214	59.2643	3.347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	-3 - 274
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	-5 - 273
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	-3 - 273
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	-5 - 273
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	0 - 274

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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