PDB-5uaw: Structure of apo human PYCR-1 crystallized in space group P21212

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uaw

タイトル

Structure of apo human PYCR-1 crystallized in space group P21212

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Tanner, J.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Resolving the cofactor-binding site in the proline biosynthetic enzyme human pyrroline-5-carboxylate reductase 1.
著者: Christensen, E.M. / Patel, S.M. / Korasick, D.A. / Campbell, A.C. / Krause, K.L. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2016年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uaw.cif.gz	516.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uaw.ent.gz	425.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uaw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uaw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/5uaw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uatC 5uauC 5uavC 5uaxC 2izzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xp1-1 6xp2-1 6xp3-1 6xp0-1 6xoz-1 2izz-1 5uat-1 5uav-1 5uau-1 5uax-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

171 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
341 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.030, 88.140, 117.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-517- HOH

詳細

The authors state that based on analytical ultracentrifugation sedimentation velocity experiments, the protein is primarily a decamer at 6 mg/mL (180 micro molar based on monomer molecular weight). Lower molecular weight species are also observed at a protein concentration of 0.8 mg/mL.

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5CR 1 分子量: 34043.156 Da / 分子数: 5 / 断片: residues 1-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 300 mM Na2SO4, 16-18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→64.685 Å / Num. obs: 144477 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 22.48 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 18.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.88	6.5	0.902	0.789	1	99.9
10.13-64.68	11.8	0.025	1	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IZZ

2izz

解像度: 1.85→64.685 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2157	7099	4.92 %
R_work	0.1805	-	-
obs	0.1822	144355	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.59 Å² / B_iso mean: 38.5305 Å² / B_iso min: 10.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→64.685 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9944	0	25	568	10537
B_iso mean	-	-	26.84	34.49	-
残基数	-	-	-	-	1372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	10156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.157	13792
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1667
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1786
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.076	6124

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.85-1.871	0.2947	247	0.2665	4539	4786
1.871-1.893	0.3318	232	0.2581	4538	4770
1.893-1.9161	0.3188	237	0.2551	4511	4748
1.9161-1.9404	0.3028	225	0.2455	4521	4746
1.9404-1.9659	0.304	236	0.2367	4529	4765
1.9659-1.9928	0.2919	227	0.233	4536	4763
1.9928-2.0213	0.282	236	0.2257	4503	4739
2.0213-2.0515	0.2524	246	0.2105	4552	4798
2.0515-2.0836	0.219	222	0.1977	4525	4747
2.0836-2.1177	0.2335	242	0.1998	4508	4750
2.1177-2.1542	0.2186	227	0.1956	4565	4792
2.1542-2.1934	0.2298	254	0.1894	4531	4785
2.1934-2.2356	0.2204	254	0.1823	4528	4782
2.2356-2.2812	0.2027	222	0.1849	4577	4799
2.2812-2.3308	0.2342	232	0.184	4542	4774
2.3308-2.3851	0.2234	235	0.1828	4555	4790
2.3851-2.4447	0.2441	238	0.1813	4552	4790
2.4447-2.5108	0.2299	229	0.1763	4558	4787
2.5108-2.5847	0.2248	244	0.1765	4543	4787
2.5847-2.6681	0.2149	242	0.1745	4590	4832
2.6681-2.7635	0.1947	227	0.1763	4561	4788
2.7635-2.8741	0.2112	246	0.1777	4573	4819
2.8741-3.0049	0.2322	230	0.1801	4591	4821
3.0049-3.1634	0.1941	234	0.1768	4578	4812
3.1634-3.3615	0.2241	227	0.1882	4627	4854
3.3615-3.6211	0.207	231	0.1698	4608	4839
3.6211-3.9854	0.2096	256	0.1576	4636	4892
3.9854-4.562	0.166	239	0.1424	4664	4903
4.562-5.7471	0.1889	234	0.1593	4706	4940
5.7471-64.7242	0.1789	248	0.1751	4909	5157

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8073	-0.569	0.2737	2.4901	-0.1044	0.6104	0.0252	0.1383	0.2661	-0.5656	-0.0165	0.0004	-0.1414	0.0228	0.002	0.2395	0.0022	-0.0111	0.2098	0.0228	0.2221	-15.7585	59.2036	-57.8782
2	1.223	0.6247	0.3334	1.8242	0.4664	0.6161	0.0416	0.0454	-0.2898	-0.0776	-0.0303	0.2482	0.14	-0.0984	-0.0207	0.1555	0.0184	-0.0438	0.197	-0.0128	0.2641	-23.0442	28.1583	-53.1617
3	0.7594	-0.7744	-0.1548	2.5564	0.3589	0.5506	0.02	0.033	0.0887	-0.0897	-0.0341	0.4662	-0.1877	-0.1396	-0.0113	0.1837	0.0109	0.0452	0.21	-0.003	0.2949	-32.3683	59.4378	-24.0538
4	0.6897	0.8096	-0.3293	1.9623	-0.4319	0.7555	-0.0018	-0.071	-0.1028	0.2638	-0.0343	0.1967	0.2156	-0.0934	0.0438	0.2374	-0.0023	0.0945	0.2011	-0.0181	0.2557	-29.5441	28.1214	-14.8948
5	0.7572	0.2536	-0.1305	1.8034	0.5466	0.9449	0.0771	-0.1954	0.279	0.4853	-0.0835	0.3077	-0.1909	-0.0392	-0.0137	0.4103	-0.0168	0.0724	0.2355	-0.0361	0.2232	-4.6776	59.5896	3.2477

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	2 - 274
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	-5 - 275
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	1 - 274
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	-2 - 275
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	0 - 275

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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