PDB-2izz: Crystal structure of human pyrroline-5-carboxylate reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2izz

タイトル

Crystal structure of human pyrroline-5-carboxylate reductase

要素

PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / NADP / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Pike, A.C.W. / Guo, K. / Kavanagh, K. / Pilka, E.S. / Berridge, G. / Colebrook, S. / Bray, J. / Salah, E. / Savitsky, P. / Papagrigoriou, E. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Pyrroline-5-Carboxylate Reductase
著者: Pike, A.C.W. / Guo, K. / Kavanagh, K. / Pilka, E.S. / Berridge, G. / Colebrook, S. / Bray, J. / Salah, E. / Savitsky, P. / Papagrigoriou, E. / Turnbull, A.P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. ...

履歴

登録	2006年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2izz.cif.gz	277.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2izz.ent.gz	224.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2izz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2izz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2izz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ag8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xoz-1 6xp2-1 6xp1-1 5uaw-1 6xp3-1 6xp0-1 5uat-1 5uav-1 5uax-1 5uau-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

B: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

C: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

D: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

E: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

ヘテロ分子

174 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

B: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

C: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

D: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

E: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

ヘテロ分子

A: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

B: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

C: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

D: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

E: PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
348 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.453, 177.944, 87.916
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.70, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.672, 0.531, 0.516), (0.528, -0.832, 0.169), (0.519, 0.159, -0.84)	-89.56151, 310.01129, -27.08812
2	given	(0.405, 0.898, -0.174), (-0.893, 0.348, -0.285), (-0.195, 0.271, 0.943)	-152.13063, 109.2775, -45.43813
3	given	(0.658, -0.559, 0.506), (-0.565, -0.81, -0.16), (0.498, -0.181, -0.848)	94.1211, 305.18188, 30.6503
4	given	(0.322, -0.926, -0.198), (0.921, 0.258, 0.293), (-0.221, -0.277, 0.935)	157.21667, 125.44489, 47.3703

#1: タンパク質	PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE 1 / PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE / P5CR 1 / P5C REDUCTASE 1 分子量: 34043.156 Da / 分子数: 5 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350, 10% ETHYLENE GLYCOL 0.2M NA2SO4, 0.1M BIS-TRIS PROPANE PH7.5, pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.976
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 117744 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AG8

2ag8

解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 6.176 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	1835	1.6 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
obs	0.167	115902	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	0 Å²	0.28 Å²
2-	-	1.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9935	0	248	695	10878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	10408
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.455	2	14136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.497	3.003	16512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.685	5	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.597	23.362	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.712	15	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.197	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.146	0.2	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	6891
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	5202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	5083
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.176	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.213	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.556	1.5	6951
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.921	2	10849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.404	3	3768
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.249	4.5	3287
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.338	130
R_work	0.253	8541

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8443	-0.2596	-0.5097	0.9038	-0.3956	3.4325	-0.044	-0.2585	-0.1811	0.1842	-0.0552	-0.0227	0.2878	0.3538	0.0992	-0.0663	-0.038	-0.024	0.062	-0.0222	-0.0845	30.1533	171.4	34.9362
2	0.7663	0.0121	0.0602	0.4817	0.1631	1.3265	0.0038	-0.0873	0.0714	0.0392	0.0075	-0.0209	-0.0748	0.181	-0.0113	-0.1682	-0.0129	-0.0305	-0.1029	-0.0339	-0.1273	20.353	177.2065	7.8553
3	1.1553	0.408	-0.5386	1.63	-0.3407	3.1858	0.0535	-0.0551	0.1821	-0.0983	0.015	-0.0633	-0.3883	0.442	-0.0685	-0.1077	-0.0941	0.0049	0.07	-0.0558	-0.0554	40.2334	189.2753	-13.2021
4	0.7133	0.0713	-0.4002	0.6653	0.1189	1.1277	0.0173	-0.0463	-0.0138	-0.0087	0.0245	-0.0481	0.0078	0.2444	-0.0418	-0.1781	-0.003	-0.0254	-0.0886	-0.0293	-0.1258	22.3054	174.5941	4.8159
5	1.1799	-0.0027	-1.0373	1.9576	-0.1315	3.0535	-0.2056	-0.178	-0.2204	0.178	0.0001	0.1729	0.6423	0.0586	0.2054	0.2024	0.1643	0.0891	-0.0199	0.0736	-0.0266	7.8778	132.0219	27.9805
6	0.696	-0.058	-0.1111	0.7982	0.0809	1.2509	-0.1361	-0.1435	-0.0681	0.0948	0.0491	-0.0361	0.2281	0.172	0.087	-0.0818	0.0663	-0.0056	-0.1401	0.016	-0.119	13.4659	150.598	6.4847
7	1.7462	-0.3702	-1.2184	1.1381	0.0619	5.7347	-0.081	-0.1456	-0.014	-0.1789	0.0735	-0.3087	-0.0132	1.3787	0.0075	0.0417	0.0659	0.0839	0.2594	-0.01	0.0058	35.5374	142.8546	-14.8257
8	1.0104	-0.2858	-0.4365	0.7173	0.2223	1.5808	-0.1478	-0.0293	-0.1576	-0.0065	0.0582	0.0294	0.2478	0.1783	0.0896	-0.0788	0.0456	0.0057	-0.1715	0.0103	-0.1039	12.4538	148.9144	2.2391
9	2.0049	0.6449	-1.2458	1.6351	-0.4942	4.3283	0.3489	-0.489	0.2335	0.3645	-0.1724	-0.0678	-0.6836	0.5063	-0.1765	0.1725	-0.1548	0.1042	0.0014	-0.09	-0.0042	1.4732	207.634	25.782
10	0.8915	0.1521	-0.4312	0.8316	0.2723	1.636	0.0984	-0.0535	0.1192	-0.0037	-0.0265	0.0627	-0.262	-0.0324	-0.0719	-0.1357	0.0093	0.0012	-0.1796	-0.0019	-0.1073	-1.7333	192.0793	1.2213

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	163 - 271
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	-5 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	163 - 273
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	0 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	163 - 275
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	-4 - 162
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	163 - 271
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	1 - 162
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	163 - 272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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