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Yorodumi- PDB-6ue2: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Class D beta-lactam... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ue2 | ||||||
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Title | 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630 | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / blaD | ||||||
Function / homology | Function and homology information penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Peptoclostridium difficile (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Rosas-Lemus, M. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630. Authors: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Rosas-Lemus, M. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ue2.cif.gz | 439.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ue2.ent.gz | 374.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ue2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6ue2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/6ue2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 29545.561 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Peptoclostridium difficile (strain 630) (bacteria) Strain: 630 / Gene: CD630_04580 / Plasmid: pMCSG104 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): magic / References: UniProt: Q188Q3, beta-lactamase |
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-Non-polymers , 5 types, 834 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PGE / |
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#3: Chemical | ChemComp-PEG / |
#4: Chemical | ChemComp-PPI / |
#5: Chemical | ChemComp-GOL / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Protein: 8.25 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: PACT (C4), 0.1 M PCB buffer pH 7.0, 25% (w/v) PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2019 / Details: C(111) |
Radiation | Monochromator: Be / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→30 Å / Num. obs: 93218 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.074 / Χ2: 1.164 / Net I/σ(I): 25.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.794 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4591 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.353 / Rrim(I) all: 0.871 / Rsym value: 0.794 / Χ2: 0.999 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→29.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.525 / SU ML: 0.084 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.12 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 126.49 Å2 / Biso mean: 34.519 Å2 / Biso min: 9.25 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→29.56 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.852→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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