[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6cty: Crystal structure of dihydroorotase pyrC from Yersinia pestis in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6cty | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of dihydroorotase pyrC from Yersinia pestis in complex with zinc and malate at 2.4 A resolution | |||||||||
Components | Dihydroorotase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / dihydroorotase / zinc / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | |||||||||
Function / homology | Function and homology information dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Yersinia pestis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.41 Å | |||||||||
Authors | Lipowska, J. / Shabalin, I.G. / Winsor, J. / Woinska, M. / Cooper, D.R. / Kwon, K. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | United States, 1items
| |||||||||
Citation | Journal: Int.J.Biol.Macromol. / Year: 2019 Title: Pyrimidine biosynthesis in pathogens - Structures and analysis of dihydroorotases from Yersinia pestis and Vibrio cholerae. Authors: Lipowska, J. / Miks, C.D. / Kwon, K. / Shuvalova, L. / Zheng, H. / Lewinski, K. / Cooper, D.R. / Shabalin, I.G. / Minor, W. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6cty.cif.gz | 832 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6cty.ent.gz | 691.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6cty.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/6cty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/6cty | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 5vgmC 2eg6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.18430/M35V0G / Data set type: diffraction image data |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
|