PDB-2z2b: Deletion 107-116 mutant of dihydroorotase from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z2b

タイトル

Deletion 107-116 mutant of dihydroorotase from E. coli

要素

Dihydroorotase

キーワード

HYDROLASE / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Lee, M. / Maher, M.J. / Guss, J.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Kinetic and Structural Analysis of Mutant Escherichia coli Dihydroorotases: A Flexible Loop Stabilizes the Transition State
著者: Lee, M. / Maher, M.J. / Christopherson, R.I. / Guss, J.M.

履歴

登録	2007年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z2b.cif.gz	83.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z2b.ent.gz	60.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z2b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2z2b_validation.pdf.gz	407.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2z2b_full_validation.pdf.gz	409.8 KB	表示
XML形式データ	2z2b_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	2z2b_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z24C 2z25C 2z26C 2z27C 2z28C 2z29C 2z2aC 1xgeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z2a-d 2z25-d 2eg8-d 6cty-1 3pan-d 2eg7-d 2z29-d 5vgm-d 3ou8-d 2z27-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Dihydroorotase

ヘテロ分子

37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydroorotase

ヘテロ分子

A: Dihydroorotase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.296, 52.296, 215.995
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1409- HOH

#1: タンパク質	Dihydroorotase / DHOase 分子量: 37801.105 Da / 分子数: 1 / 変異: Deletion (107-116) mutant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrC / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X7014a / 参照: UniProt: P05020, dihydroorotase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 14% PEG 3350, 0.1M MES, 75mM MgCl2, 0.15M KCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月22日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryocooled Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 28254 / Num. obs: 28254 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 40.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1950 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XGE

1xge

解像度: 1.85→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.809 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24546	1430	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19118	-	-	-
obs	0.19379	28254	95.9 %	-
all	-	28254	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.878 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	-0.05 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2611	0	2	136	2749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.51	1.961	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.873	3	5534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.835	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.978	23.475	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.628	15	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.002	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.11	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.178	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.235	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.738	4	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.694	4	661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.193	6	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.786	4	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.227	6	898
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	107	-
R_work	0.247	1843	-
obs	-	1950	91.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -6.2346 Å / Origin y: 12.6643 Å / Origin z: 17.7524 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2223 Å²	0.0279 Å²	0.0342 Å²	-	-0.2783 Å²	0.0188 Å²	-	-	-0.2649 Å²
L	2.1226 °²	-1.0354 °²	1.2208 °²	-	2.3061 °²	-0.6092 °²	-	-	3.1508 °²
S	-0.2218 Å °	-0.074 Å °	0.0509 Å °	0.2558 Å °	0.0139 Å °	-0.1009 Å °	-0.2329 Å °	0.2261 Å °	0.2079 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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