PDB-2z2a: Thr109Gly dihydroorotase from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z2a

タイトル

Thr109Gly dihydroorotase from E. coli

要素

Dihydroorotase

キーワード

HYDROLASE / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Lee, M. / Maher, M.J. / Guss, J.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Kinetic and Structural Analysis of Mutant Escherichia coli Dihydroorotases: A Flexible Loop Stabilizes the Transition State
著者: Lee, M. / Maher, M.J. / Christopherson, R.I. / Guss, J.M.

履歴

登録	2007年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z2a.cif.gz	160.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z2a.ent.gz	124.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z24C 2z25C 2z26C 2z27C 2z28C 2z29C 2z2bC 1xgeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2eg8-d 2z26-d 2z27-d 2z24-d 2z2b-1 2eg7-d 2z25-d 2z28-d 2z29-d 6cty-1 5vgm-d 2e25-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (9) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Dihydroorotase

B: Dihydroorotase

ヘテロ分子

78.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.435, 78.193, 179.961
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dihydroorotase / DHOase 分子量: 38727.027 Da / 分子数: 2 / 変異: T109G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PYRC / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X7014a / 参照: UniProt: P05020, dihydroorotase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DOR / (4S)-2,6-DIOXOHEXAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / DIHYDROOROTIC ACID / ジヒドロオロト酸分子量: 158.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆N₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-NCD / N-CARBAMOYL-L-ASPARTATE / N-カルバモイル-L-アスパラギン酸分子量: 176.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈N₂O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	NCD(2410) AND DOR(1411) ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25 詳細: 17% PEG 3350, 0.1M MES, 75mM MgCl2, 0.15M KCl, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月30日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→40 Å / Num. all: 56036 / Num. obs: 56036 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 34.1
反射シェル	解像度: 1.87→1.92 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique all: 4069 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345dtb		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XGE

1xge

解像度: 1.87→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.692 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19612	2835	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15236	-	-	-
obs	0.15454	56036	91.94 %	-
all	-	56036	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.116 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.76 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.134 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5308	0	38	583	5929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5475
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4990
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	1.963	7440
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.84	3	11551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.267	5	674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.353	23.32	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.722	15	883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.52	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	5316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	3111
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.024	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.228	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.142	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.744	4	3615
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.225	4	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.356	6	5474
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.085	8	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.609	10	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	205	-
R_work	0.162	3864	-
obs	-	4069	91.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0725	0.2668	0.8735	1.4446	0.1117	1.7039	0.0337	-0.0037	-0.1372	0.1121	0.0759	-0.0308	-0.0471	0.0985	-0.1096	-0.161	0.0104	-0.016	-0.2	-0.0293	-0.1433	30.4712	39.1911	80.2834
2	1.552	0.2526	0.1937	1.9016	1.1447	1.9666	0.0323	0.1386	-0.0043	0.0399	0.0578	-0.0887	0.2121	-0.1692	-0.0901	-0.1116	-0.028	-0.0496	-0.1102	-0.0094	-0.1374	9.0607	13.9102	53.7941

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 346	4 - 346
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 346	4 - 346

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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