PDB-2eg6: The crystal structure of the ligand-free dihydroorotase from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2eg6

タイトル

The crystal structure of the ligand-free dihydroorotase from E. coli

要素

Dihydroorotase

キーワード

HYDROLASE / amidohydrolase / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 / 精密化 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Lee, M. / Maher, M.J. / Guss, J.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structures of Ligand-free and Inhibitor Complexes of Dihydroorotase from Escherichia coli: Implications for Loop Movement in Inhibitor Design
著者: Lee, M. / Chan, C.W. / Graham, S.C. / Christopherson, R.I. / Guss, J.M. / Maher, M.J.

履歴

登録	2007年2月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2eg6.cif.gz	158.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2eg6.ent.gz	123.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2eg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2eg6_validation.pdf.gz	405.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2eg6_full_validation.pdf.gz	406.2 KB	表示
XML形式データ	2eg6_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	2eg6_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/2eg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/2eg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2eg7C 2eg8C 1xgeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2eg7-d 1xge-d 2z25-d 6cty-2 2z28-d 1j79-d 2z29-d 2z27-d 3mjm-d 3pan-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Dihydroorotase

B: Dihydroorotase

ヘテロ分子

77.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.426, 79.674, 180.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The asymmetric unit contains one copy of the biological dimer.

#1: タンパク質	Dihydroorotase / DHOase 分子量: 38771.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrC / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X7014a / 参照: UniProt: P05020, dihydroorotase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20-25% PEG 3350, 0.1M Na HEPES, 0.2M NaF, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月6日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→17 Å / Num. all: 82624 / Num. obs: 79401 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 29.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 28.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.744 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.327 / Num. unique all: 4934 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345dtb		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: 精密化
開始モデル: PDB entry 1XGE

1xge

解像度: 1.7→17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.946 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	3990	5 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
all	0.176	82624	-	-
obs	0.176	79401	96.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.52 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.104 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5345	0	4	597	5946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5490
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.417	1.955	7470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.848	3	11624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.124	5	681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.669	23.282	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.903	15	892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.189	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	847
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	5290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.057	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.103	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.221	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.573	4	3660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.184	4	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.047	6	5529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.463	8	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.978	10	1940

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	284	-
R_work	0.234	4934	-
obs	-	4934	87.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5209	0.0357	0.4713	1.4421	-0.2976	1.715	0.0035	-0.0315	-0.0448	0.0521	0.0264	0.01	-0.0343	0.0187	-0.0299	-0.199	0.0049	-0.0217	-0.2015	-0.0307	-0.1416	30.5076	40.2716	80.3879
2	1.26	0.2416	0.5528	1.4953	0.8069	2.4585	-0.0168	-0.0096	0.0018	0.0051	0.0619	-0.0426	0.1494	-0.3951	-0.0451	-0.0895	-0.0687	-0.0513	-0.0699	-0.0285	-0.1063	9.0655	14.7414	54.2325

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 346	4 - 346
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 346	4 - 346

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)