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- PDB-3uuw: 1.63 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dehydrogenase (MviM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uuw
タイトル1.63 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dehydrogenase (MviM) from Clostridium difficile.
要素Putative oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / YceM-like, C-terminal domain / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / YceM-like, C-terminal domain / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.63 Angstrom Resolution Crystal Structure of Dehydrogenase (MviM) from Clostridium difficile.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Other
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain
B: Putative oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain
C: Putative oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain
D: Putative oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,40827
ポリマ－139,7664
非ポリマー1,64223
水21,4561191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15530 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area46860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.521, 69.535, 83.098
Angle α, β, γ (deg.)98.10, 106.97, 115.73
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Chains A, B, C and D represent Biological Assembly

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain


分子量: 34941.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_34500, mviM / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q180U8

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非ポリマー , 6種, 1214分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 0.3M Sodium chloride, 0.01M HEPES (pH 7.5), Screen solution: 0.2M Calcium chloride, 2% Glycerol, 20% PEG 3350, 0.01M NAD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97855 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月14日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si {1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→30 Å / Num. all: 155282 / Num. obs: 155282 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique all: 7631 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TLT

1tlt


解像度: 1.63→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.886 / SU ML: 0.045
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19457 7763 5 %RANDOM
Rwork0.15804 ---
all0.15985 146631 --
obs0.15985 146631 97.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.689 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å21.27 Å2-0.36 Å2
2--1.08 Å2-0.2 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9654 0 91 1191 10936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02210449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3511.97314112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.835317886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3351334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.44325.629453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.467152088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6471541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9951.56406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3161.52601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.794210486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.95434043
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7754.53625
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 539 -
Rwork0.23 10620 -
obs--95.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6722-0.09610.53410.62870.16722.32380.00390.02840.0161-0.0321-0.0143-0.12710.04790.24340.01040.0138-0.00510.02790.0458-0.01580.065431.792-19.6359-17.772
20.8091-0.38810.16890.9315-0.04121.13910.01180.05940.0499-0.0942-0.018-0.0740.05780.16490.00620.01540.00130.01050.0558-0.01510.016910.9032-7.9777-19.0045
31.69190.2380.49621.86990.78032.7496-0.01150.23540.0363-0.17170.0584-0.0815-0.00360.0452-0.04690.0234-0.01340.01420.05520.00120.02047.9345-0.6292-25.9995
40.8373-0.4325-0.04330.59960.05290.241-0.0177-0.0399-0.0179-0.03480.036-0.00910.0134-0.0244-0.01830.0304-0.00550.00590.0139-0.00490.00919.4436-13.5388-14.8228
51.1124-0.1481-0.44670.53390.05811.63820.01540.02080.0152-0.0124-0.05110.1238-0.026-0.21520.03570.02190.0006-0.02920.0820.00520.0722-33.047419.0659-15.212
60.3761-0.214-0.0130.6352-0.03770.4704-0.01370.02040.0278-0.07330.01960.0571-0.0525-0.0924-0.00590.0393-0.0095-0.01280.04460.02130.0328-14.045911.7127-20.0864
72.07840.14180.16171.9431-0.28561.8318-0.05870.2681-0.0156-0.240.08770.08680.0040.0047-0.0290.0405-0.0255-0.01010.04650.00120.0042-8.82681.1828-25.5331
80.8713-0.30920.11060.6101-0.04380.6076-0.0206-0.03930.0515-0.04640.02630.0016-0.0273-0.0313-0.00580.0216-0.0108-0.00690.01920.01190.0197-10.001314.4874-14.1203
91.7153-0.48350.44151.17650.28562.312-0.03870.0023-0.22730.02490.0281-0.11450.2190.21690.01050.08160.0320.00240.02430.01310.108933.3025-22.56749.7215
101.4513-0.8307-0.17871.2562-0.21940.8684-0.0304-0.1295-0.02280.074-0.0158-0.11050.09420.19230.04630.07250.0053-0.03710.06690.00260.061325.1851-10.034522.5327
111.2395-0.21760.16310.7883-0.2731.17890.0314-0.0798-0.03490.101-0.04110.01920.04310.02270.00970.0546-0.0076-0.00660.0096-0.00010.0136.9941-5.306219.1285
120.8468-0.0310.17830.7195-0.13551.46880.0577-0.0509-0.03340.0247-0.0337-0.11230.02780.0913-0.0240.03590.0113-0.01870.0220.00370.029623.9105-7.217118.1614
130.83-0.00680.02290.7876-0.53872.29060.0192-0.04160.12210.0766-0.030.0694-0.1888-0.12570.01080.04260.00660.02680.0142-0.01290.0459-31.460820.316618.0562
141.9942-0.50390.20710.8345-0.03821.16230.0095-0.17160.1870.0439-0.0041-0.0424-0.1616-0.1559-0.00530.0590.01920.01940.0348-0.01190.0247-12.20146.207118.8288
152.78550.2136-0.34151.5519-0.27372.88280.0361-0.33090.22290.2541-0.00620.0052-0.0699-0.0176-0.02980.09450.00870.00660.0496-0.03790.0396-4.16396.925625.927
161.3227-0.5199-0.190.43570.00410.15950.0497-0.044-0.0025-0.0133-0.03520.03630.0337-0.0092-0.01450.0305-0.01130.00290.0235-0.00560.0066-17.03862.76514.8438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2A121 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3A176 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4A221 - 305
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6B108 - 175
7X-RAY DIFFRACTION7B176 - 220
8X-RAY DIFFRACTION8B221 - 304
9X-RAY DIFFRACTION9C2 - 69
10X-RAY DIFFRACTION10C70 - 143
11X-RAY DIFFRACTION11C144 - 253
12X-RAY DIFFRACTION12C254 - 304
13X-RAY DIFFRACTION13D2 - 120
14X-RAY DIFFRACTION14D121 - 175
15X-RAY DIFFRACTION15D176 - 220
16X-RAY DIFFRACTION16D221 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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