PDB-4l8v: Crystal Structure of A12K/D35S mutant myo-inositol dehydrogenase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l8v

タイトル

Crystal Structure of A12K/D35S mutant myo-inositol dehydrogenase from Bacillus subtilis with bound cofactor NADP

要素

Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

cofactor /

binding sites (結合部位) /

catalysis /

hydrogen bonding (水素結合) /

inositol (イノシトール) / kinetics / sugar alcohol dehydrogenase /

Rossmann Fold (ロスマンフォールド) /

NADP Binding (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

D-chiro-inositol 1-dehydrogenase /

イノシトール-2-デヒドロゲナーゼ / inositol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / inositol catabolic process /

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Bertwistle, D. / Sanders, D.A.R. / Palmer, D.R.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Converting NAD-Specific Inositol Dehydrogenase to an Efficient NADP-Selective Catalyst, with a Surprising Twist.
著者: Zheng, H. / Bertwistle, D. / Sanders, D.A. / Palmer, D.R.

履歴

登録	2013年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l8v.cif.gz	277 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l8v.ent.gz	225.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l9rC 3mz0S 3nt2 3nt4 3nt5 3nto 3ntq C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mjl-d 3nt4-1 3mz0-1 3nt5-1 4l9r-1 3nt2-1 4min-d 4miy-d 4mio-d 3ntq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase

B: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase

C: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase

D: Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase

ヘテロ分子

154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.630, 190.290, 90.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / Myo-inositol 2-dehydrogenase/D-chiro-inositol 3-dehydrogenase / MI 2-dehydrogenase/DCI 3-dehydrogenase 分子量: 37646.816 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-337 / 変異: A12K/D35S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: BSU39700, E83G, idh, iolG / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) 参照: UniProt: P26935, イノシトール-2-デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M magnesium formate, 15% PEG3350, pH 8.0, MICROBATCH, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.09→95.145 Å / Num. all: 98648 / Num. obs: 98648 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 17

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.09-2.2	6.9	0.33	2.3	0.33	1	98.9
2.2-2.34	7.7	0.215	3.5	0.215	1	100
2.34-2.5	7.7	0.143	5.2	0.143	1	100
2.5-2.7	7.6	0.107	6.6	0.107	1	100
2.7-2.96	7.7	0.086	7.6	0.086	1	100
2.96-3.3	7.7	0.065	9.6	0.065	1	100
3.3-3.82	7.8	0.057	10.2	0.057	1	100
3.82-4.67	7.8	0.059	9.7	0.059	1	100
4.67-6.61	7.8	0.046	13.5	0.046	1	100
6.61-47.573	7.3	0.039	16.2	0.039	1	95.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.38 Å	47.57 Å
Translation	2.38 Å	47.57 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MxDC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MZ0

3mz0

解像度: 2.09→47.572 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	4922	4.99 %
R_work	0.1884	-	-
obs	0.1903	98585	99.66 %
all	-	14322	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.9751 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→47.572 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10568	0	212	218	10998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.108	14954
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.506	4119
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1705
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1899

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.1137	0.3282	165	0.2738	3034	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1137-2.1386	0.2941	151	0.2534	3067	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1386-2.1647	0.3186	146	0.2408	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1647-2.1921	0.2824	165	0.2277	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1921-2.2209	0.2575	176	0.2299	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2209-2.2514	0.2898	158	0.2225	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2514-2.2835	0.32	164	0.2285	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2835-2.3176	0.2962	168	0.2297	3188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3176-2.3538	0.2887	162	0.2254	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3538-2.3924	0.2719	173	0.2143	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3924-2.4337	0.2325	162	0.2187	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4337-2.4779	0.2665	159	0.209	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4779-2.5256	0.2743	177	0.2171	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5256-2.5771	0.3003	170	0.2178	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5771-2.6332	0.234	166	0.2085	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6332-2.6944	0.2414	154	0.2148	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6944-2.7618	0.2739	162	0.2172	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7618-2.8364	0.2585	168	0.2204	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8364-2.9199	0.2572	170	0.2162	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9199-3.0141	0.2795	175	0.2187	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0141-3.1218	0.273	160	0.2076	3126	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1218-3.2468	0.2546	157	0.2081	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2468-3.3945	0.2405	163	0.1988	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3945-3.5734	0.2387	151	0.1892	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5734-3.7972	0.2045	184	0.1826	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7972-4.0903	0.1878	148	0.1725	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0903-4.5016	0.1866	162	0.1489	3152	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5016-5.1523	0.1772	167	0.1455	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1523-6.4888	0.186	166	0.1639	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4888-47.5848	0.167	173	0.156	3021	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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