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万見
- PDB-4gib: 2.27 Angstrom Crystal Structure of beta-Phosphoglucomutase (pgmB)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gib
タイトル2.27 Angstrom Crystal Structure of beta-Phosphoglucomutase (pgmB) from Clostridium difficile
要素Beta-phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / Rossmann fold / HAD-like / beta-Phosphoglucomutase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily ...Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / PHOSPHATE ION / Beta-phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.27 Angstrom Crystal Structure of beta-Phosphoglucomutase (pgmB) from Clostridium difficile.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Anderson, W.F.
履歴
登録2012年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-phosphoglucomutase
B: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,17212
ポリマ－56,5302
非ポリマー64210
水3,063170
1
A: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6717
ポリマ－28,2651
非ポリマー4066
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5015
ポリマ－28,2651
非ポリマー2364
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.807, 51.364, 79.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-phosphoglucomutase / Beta-D-Glucose 1 / 6-phosphomutase


分子量: 28264.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_21890, pgmB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q185X7, beta-phosphoglucomutase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 7.6mg/mL, 0.25M Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl, pH 8.3. Screen: PACT (A3), 0.1M SPG buffer, pH 6.0, 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月16日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→30 Å / Num. all: 21526 / Num. obs: 21526 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1055 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z4N

1z4n


解像度: 2.27→29.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 9.788 / SU ML: 0.114
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25911 1099 5.1 %RANDOM
Rwork0.1928 ---
all0.1962 20343 --
obs0.1962 20343 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.299 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å22.12 Å2
2---1.64 Å2-0 Å2
3---2.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3546 0 34 170 3750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223709
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2521.9635004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79736127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.3815461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72425.801181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.31315691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1861513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9981.52271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2861.5930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72323664
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.11431438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.554.51340
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.329 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 67 -
Rwork0.227 1442 -
obs-1442 95.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5972-1.0876-0.64913.74050.98992.1697-0.06280.0795-0.065-0.09880.0330.23670.05670.1210.02990.0132-0.0142-0.00590.0756-0.01740.04740.96180.78523.1136
23.53980.36380.68675.09562.35322.6951-0.01510.29590.1136-0.5872-0.0620.0116-0.251-0.1110.07710.07680.02210.01350.05950.02570.02844.734417.052332.0551
310.0544.80366.56362.30173.17256.3790.0687-0.49130.06290.029-0.22540.013-0.1786-0.37240.15660.05470.0016-0.00820.10170.00440.0904-1.276510.856640.1627
41.09090.10830.26410.53660.6781.46720.0146-0.0345-0.108-0.007-0.01330.07160.1388-0.0711-0.00120.0519-0.00340.0020.01650.01540.07693.2057-6.982125.7749
52.4926-0.2549-0.11812.45390.09653.49630.10640.37140.1004-0.3038-0.1385-0.12820.07060.03940.03210.0480.01230.01930.11030.02120.010310.3602-3.534311.6162
61.11120.32840.40724.1432-2.41211.7850.08260.0498-0.16610.1547-0.1616-0.2688-0.12270.08790.07910.13530.02950.02480.101-0.02260.1104-19.985214.778721.0806
72.90590.8041-0.6035.8272-2.14185.81130.22480.2157-0.02050.20740.07650.2616-0.3632-0.2671-0.30130.03620.02440.02320.0491-0.00210.1447-30.72738.252426.5122
81.5860.08260.16531.9828-0.35291.8457-0.0237-0.02160.04910.2419-0.02370.0619-0.1607-0.08730.04740.04810.00680.01150.0159-0.00760.0157-21.899328.56520.8167
95.80740.6983-2.03054.19310.87073.6677-0.13830.1996-0.3257-0.4946-0.16710.1160.217-0.29910.30530.1465-0.0044-0.0050.1376-0.02220.0352-24.790123.62515.4432
108.9817-4.27632.78566.6113-1.63715.36020.18960.80640.4034-0.8031-0.2292-0.25060.02720.12060.03960.2378-0.00450.07180.20390.01410.0477-17.046931.26270.8646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2A25 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3A65 - 87
4X-RAY DIFFRACTION4A88 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5A162 - 224
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 39
7X-RAY DIFFRACTION7B40 - 76
8X-RAY DIFFRACTION8B77 - 161
9X-RAY DIFFRACTION9B162 - 199
10X-RAY DIFFRACTION10B200 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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