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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5txu
タイトル1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Stage II Sporulation Protein D (SpoIID) from Clostridium difficile in Apo Conformation
要素Stage II sporulation protein D
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sporulation stage II protein D, amidase enhancer LytB / Sporulation stage II protein D, amidase enhancer LytB N-terminal / Sporulation stage II, protein D firmicutes / Stage II sporulation protein / :
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Stage II sporulation protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Nocadello, S. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of Stage II Sporulation Protein D (SpoIID) from Clostridium difficile in Apo Conformation
著者: Nocadello, S. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stage II sporulation protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,33726
ポリマ－40,0641
非ポリマー1,27425
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.043, 98.043, 108.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-776-

HOH

21A-789-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Stage II sporulation protein D


分子量: 40063.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (strain 630) (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: spoIID, CD630_01240 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18CL6

-
非ポリマー , 6種, 353分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.19 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: Protein: 7.0 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.05M Tris-HCl pH=7.2, 1/100 (v/v) Elastase, 2mM CB1. Crystallization condiction: Sodium Malonate 2M, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 44267 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 15.37
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / CC1/2: 0.98 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I1T

5i1t


解像度: 1.95→29.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.032 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18397 2094 4.7 %RANDOM
Rwork0.15886 ---
obs0.16005 42138 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.319 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.05 Å2-0 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→29.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2280 0 72 328 2680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.9713319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83335491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3655314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.42425.045111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.4915470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.542157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.022791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0180.02560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4222.3371169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4222.341170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3193.4891467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3183.4891468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0562.7491306
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0552.7521307
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0333.8831838
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.00330.432958
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.93328.4122853
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 130 -
Rwork0.188 3097 -
obs--99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1708-1.11930.65262.9329-0.67173.34920.11430.0692-0.0706-0.0679-0.0584-0.39690.31640.3809-0.05580.2767-0.073-0.07850.0930.03220.211563.3493-0.22160.4134
26.33991.54210.98057.6882-1.37119.4667-0.35620.2829-0.2850.1240.1894-0.26750.7945-0.0240.16680.27280.03880.00890.04480.0180.184966.5245-16.21150.372
31.22860.3587-0.31233.0277-0.80784.99190.04870.0419-0.0438-0.1926-0.0467-0.40870.01910.2363-0.00210.1671-0.0617-0.05110.04360.03340.131262.62694.4915-3.9653
41.01660.76180.57171.62740.7931.87590.2014-0.1033-0.15010.1041-0.1602-0.10010.2205-0.2402-0.04120.2439-0.0948-0.03560.08040.06490.131341.0389-10.0809-7.3089
51.52870.97660.95991.75890.76571.38020.1447-0.1688-0.05480.137-0.1083-0.01130.0733-0.2252-0.03640.2222-0.1017-0.03160.09740.06540.108540.8975-6.975-5.03
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A71 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2A131 - 137
3X-RAY DIFFRACTION3A138 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4A189 - 258
5X-RAY DIFFRACTION5A259 - 354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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