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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3uid | ||||||
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Title | Crystal Structure of Protein Ms6760 from Mycobacterium smegmatis | ||||||
![]() | Putative uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / uncharacterized protein / SRPBCC superfamily / beta sandwich / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
Function / homology | Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bajaj, R.A. / Miallau, L. / Cascio, D. / Arbing, M. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the toxin Msmeg_6760, the structural homolog of Mycobacterium tuberculosis Rv2035, a novel type II toxin involved in the hypoxic response. Authors: Bajaj, R.A. / Arbing, M.A. / Shin, A. / Cascio, D. / Miallau, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 139.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 109 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 434.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 438.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1xuvS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 18567.389 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.1 M Na Acetate pH 4.5, 20% PEG 3000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 16, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.57→19.63 Å / Num. obs: 39602 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.699 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.43 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1XUV Resolution: 1.571→19.627 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8723 / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 19.86 / Stereochemistry target values: MLHL
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.002 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 88.16 Å2 / Biso mean: 17.7685 Å2 / Biso min: 4.3 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.571→19.627 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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