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- PDB-4dm4: The conserved domain of yeast Cdc73 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dm4
タイトルThe conserved domain of yeast Cdc73
要素Cell division control protein 73
キーワードTRANSCRIPTION / Paf1 complex / GTPase-like / transcription elongation / protein binding / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / Cdc73/Paf1 complex / negative regulation of DNA recombination / mRNA 3'-end processing / RNA polymerase II complex binding / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II ...positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / Cdc73/Paf1 complex / negative regulation of DNA recombination / mRNA 3'-end processing / RNA polymerase II complex binding / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin / chromatin binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II accessory factor, Cdc73 C-terminal domain / Cdc73/Parafibromin / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 73
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Chen, H. / Shi, N. / Gao, Y. / Li, X. / Niu, L. / Teng, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Crystallographic analysis of the conserved C-terminal domain of transcription factor Cdc73 from Saccharomyces cerevisiae reveals a GTPase-like fold.
著者: Chen, H. / Shi, N. / Gao, Y. / Li, X. / Teng, M. / Niu, L.
履歴
登録2012年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 73
B: Cell division control protein 73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2422
ポリマ－40,2422
非ポリマー00
水3,369187
1
A: Cell division control protein 73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1211
ポリマ－20,1211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cell division control protein 73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1211
ポリマ－20,1211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.938, 96.893, 114.029
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Cell division control protein 73 / RNA polymerase-associated protein CDC73


分子量: 20120.900 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 235-393 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: CDC73, YLR418C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06697
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.59 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.7M Sodium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→73.84 Å / Num. all: 26095 / Num. obs: 26095 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.19→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 11.692 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26505 1324 5.1 %RANDOM
Rwork0.22056 ---
obs0.22275 24765 99.64 %-
all-26095 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.13 Å20 Å20 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3----2.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2588 0 0 187 2775
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222678
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0611.9213649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2865316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.81823.111135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.94815421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8651520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4191.51590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.822588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16931088
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9154.51061
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.193→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 90 -
Rwork0.288 1737 -
obs--95.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2890.1281.22412.2131.10024.03190.16930.0436-0.0117-0.1251-0.0635-0.07570.19020.1034-0.10580.0701-0.01230.03150.06580.01550.059310.980412.062538.4486
22.0687-0.5487-0.90081.1421-0.15535.37310.1555-0.03660.2095-0.06680.01650.1005-0.4966-0.0397-0.1720.09730.03930.00880.06290.04270.125-16.803521.689541.6425
31.3591-0.03490.14030.4507-0.35060.44430.04620.02880.1046-0.03310.00980.0407-0.0629-0.021-0.0560.11630.0050.01380.09030.01840.0863-3.16617.168340.6469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3A201 - 283
4X-RAY DIFFRACTION3B201 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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