PDB-7rl8: Crystal Structure of C79A Mutant of Class D beta-lactamase from C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7rl8

タイトル

Crystal Structure of C79A Mutant of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / blaD

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Rosas-Lemus, M. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of C79A Mutant of Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Rosas-Lemus, M. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2021年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7rl8.ent.gz	356.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rl8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/7rl8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ue2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7lnr-d 7rlr-1 6wy4-1 6edm-d 7ker-d 7lnq-d 7rl8-2 5kwj-2 5qam-4 6wy4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95825

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.118, 93.878, 138.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 29279.025 Da / 分子数: 4 / 変異: C79A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Class D Beta-lactamase 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD630_04580 / プラスミド: pCPD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q188Q3, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 7.2 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3, 5mM DDT; Screen: PACT (D4), 0.1M MMT buffer pH 7.0, 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月14日 / 詳細: Be
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 82125 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 31.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.08 / R_sym value: 0.074 / Χ²: 1.008 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4066 / CC_1/2: 0.844 / CC star: 0.957 / R_pim(I) all: 0.283 / R_rim(I) all: 0.776 / R_sym value: 0.722 / Χ²: 0.992 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ue2

6ue2

解像度: 1.95→29.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 6.68 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2066	3989	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1778	-	-	-
obs	0.1793	78063	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.75 Å² / B_iso mean: 39.825 Å² / B_iso min: 19.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.96 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→29.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8130	0	17	730	8877
B_iso mean	-	-	72.54	40.07	-
残基数	-	-	-	-	1005

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	8415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	7694
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.242	1.639	11335
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.339	1.59	18007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.134	5	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.795	24.966	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.136	15	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.016	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.054	0.02	9417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.051	0.02	1685

LS精密化シェル

解像度: 1.951→2.002 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	287	-
R_work	0.236	5640	-
all	-	5927	-
obs	-	-	98.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5907	0.8012	0.2666	2.6399	-0.3903	4.3924	0.0896	0.1104	0.0039	-0.0668	0.0007	-0.2846	0.0357	0.2792	-0.0904	0.013	0.018	0.0073	0.0875	-0.0036	0.098	7.4943	-19.8793	-1.6749
2	1.3597	-0.6847	-0.1786	1.5849	0.1801	1.2924	-0.0034	-0.0159	0.2473	0.0746	0.0107	0.0145	-0.0473	-0.2361	-0.0073	0.0244	0.0016	-0.0052	0.1018	-0.0245	0.081	-18.7878	-15.2193	0.276
3	0.4429	-0.5206	0.019	4.1024	-3.335	8.1096	0.0004	-0.0693	-0.0066	0.1094	-0.1536	0.1716	0.196	0.0502	0.1532	0.0375	-0.055	0.0229	0.1254	-0.0076	0.0479	-22.7375	-27.3938	8.2688
4	1.5579	-0.265	0.4024	0.937	-0.2036	2.1558	-0.0251	0.0233	0.3137	0.0108	-0.0427	-0.1662	-0.1097	-0.0113	0.0678	0.02	-0.003	-0.0094	0.0416	-0.0112	0.0926	-6.0403	-14.4841	-1.45
5	2.8472	1.3215	-1.5821	4.76	-1.5189	3.3067	0.1851	-0.1889	0.3155	0.4462	-0.1105	-0.2047	-0.2581	0.1771	-0.0746	0.0798	-0.0193	-0.051	0.086	-0.0347	0.118	3.1918	-14.939	8.7517
6	9.1746	4.3662	-0.1749	5.5334	-0.1765	2.2309	-0.0219	0.6426	-0.2882	-0.4273	0.1927	-0.2209	0.2486	0.3115	-0.1707	0.1422	0.0987	0.0062	0.1436	-0.0598	0.1352	6.5022	-45.9548	-41.8273
7	1.3003	-0.5124	0.2255	1.1461	0.1695	1.3559	0.0305	0.0022	-0.0455	0.0638	-0.0093	-0.0698	0.0381	0.06	-0.0212	0.0551	0.0206	0.007	0.017	0.0015	0.0688	-4.8686	-30.6131	-28.6746
8	3.0707	-0.3511	-0.6436	3.736	-0.2754	3.9006	0.1142	0.3752	-0.3559	-0.3293	-0.1085	0.22	0.3253	-0.181	-0.0057	0.1183	0.0134	-0.0684	0.0504	-0.0492	0.153	-12.9992	-39.4222	-38.6425
9	6.1142	3.1451	3.3652	5.4169	1.8607	3.2848	0.168	0.3297	-0.3217	-0.2368	-0.0029	-0.3439	0.1649	0.3599	-0.1651	0.0741	0.06	-0.0014	0.0669	-0.0113	0.085	2.2029	-36.4589	-37.7424
10	3.1892	0.546	1.9069	3.7392	0.754	2.1806	-0.0008	0.5587	0.0152	-0.6696	0.0199	-0.3306	0.0689	0.5474	-0.0191	0.1733	0.0772	0.0581	0.1816	0.0084	0.1275	5.2846	-38.3555	-43.2865
11	2.6503	-0.838	0.0192	2.3176	-0.4987	0.6385	0.1848	0.2811	0.2456	-0.1232	-0.0673	0.1773	-0.0495	-0.1438	-0.1175	0.0737	0.0851	0.0297	0.1143	0.0573	0.0835	-37.6942	-9.4141	-34.9227
12	2.9682	-0.3899	0.1199	3.2221	-1.0562	2.079	0.181	-0.0417	0.0769	-0.1113	-0.0552	0.1712	0.1255	-0.1518	-0.1258	0.112	0.0402	0.0654	0.065	0.0184	0.0874	-43.6441	-12.8743	-25.2332
13	1.7008	0.1273	-0.4313	3.0895	-1.2142	2.6428	0.1776	0.1267	0.4361	0.0525	0.0061	-0.1067	-0.1395	0.2138	-0.1836	0.1515	0.0514	0.0818	0.1214	0.0327	0.2345	-28.4533	-1.9153	-33.1413
14	4.1058	2.3292	0.1338	2.8642	-0.4692	2.3315	0.0415	0.5666	0.6072	-0.2984	0.129	0.4558	-0.1632	-0.2426	-0.1705	0.1476	0.1326	0.0234	0.2107	0.1517	0.2205	-43.52	-1.6064	-41.2305
15	1.1904	-1.3768	0.1357	3.4495	-4.2104	8.9096	-0.0212	-0.2612	-0.1416	0.0794	0.1008	0.2089	-0.0725	0.4345	-0.0796	0.0819	-0.0063	0.038	0.1343	0.0324	0.0738	-30.7199	15.8292	-50.2054
16	2.5347	-0.6986	-0.2563	11.648	-2.9471	3.3162	0.0234	0.3667	0.0097	-0.4802	-0.2016	0.7848	0.6429	-0.7932	0.1782	0.2379	-0.264	0.0216	0.4099	-0.1158	0.1884	-14.497	-66.4885	-8.9907
17	1.8809	0.4078	-0.2079	1.6232	0.7516	3.5847	-0.0733	-0.065	-0.2334	0.3194	-0.1255	-0.1818	0.3168	-0.2995	0.1988	0.2053	-0.0839	0.0164	0.0555	-0.0238	0.0969	3.623	-53.2953	5.4938
18	0.6745	-0.4694	0.2628	1.0311	1.4858	4.5765	0.0081	0.0296	-0.0684	0.1519	-0.2307	0.076	0.5697	-0.6726	0.2226	0.1314	-0.1334	0.0663	0.1434	-0.0714	0.0735	-2.2562	-56.6336	-2.138
19	1.2163	-0.918	0.6312	3.7781	-0.7702	7.1441	-0.049	0.1438	-0.3307	-0.1016	-0.0589	0.2174	1.2183	-0.8461	0.1079	0.3773	-0.2783	0.1095	0.2158	-0.1079	0.1234	-4.8502	-67.2961	-7.4282
20	9.9137	-4.1511	-5.671	13.9422	9.6749	7.6803	0.4806	-0.5332	0.7486	0.0065	-0.2554	0.1447	-0.0689	-0.0427	-0.2252	0.1302	-0.0994	-0.0349	0.1094	0.0097	0.1498	-5.8317	-65.9775	-28.6824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	40 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	162 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	173 - 262
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	263 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	41 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	61 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	195 - 223
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	224 - 254
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	255 - 288
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	41 - 140
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	141 - 192
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	193 - 223
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	224 - 287
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	288 - 294
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	41 - 70
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	71 - 169
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	170 - 239
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	240 - 286
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	287 - 294

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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