PDB-4efi: Crystal Structure of 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) Synthase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4efi

タイトル

Crystal Structure of 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) Synthase from Burkholderia Xenovorans LB400

要素

3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) synthase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Acyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Craig, T.K. / Abendroth, J. / Staker, B. / Stewart, L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2012年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4efi_full_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/4efi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/4efi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeSC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bih-d 6b97-1 5yw0-d 6jav-d 3jwr-1 3snl-1 6b96-1 6m7k-d 3d1r-d 5k71-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuxeA.00171.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) synthase

ヘテロ分子

37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) synthase

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.377, 54.408, 60.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.770, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-840- HOH

#1: タンパク質	3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) synthase 分子量: 37857.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: Bxeno_A4297, Bxe_A0096 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q13SV4, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein was from BuxeA.00171.a.A1.PW33644 set up at 26.35mg/ml, .4/.4 uL drops at 16c. Crystals were found in condition: 20% PEG 2000MME, 100mM Tris pH 8.5, 200mM Trimethylamine n-oxide ...詳細: Protein was from BuxeA.00171.a.A1.PW33644 set up at 26.35mg/ml, .4/.4 uL drops at 16c. Crystals were found in condition: 20% PEG 2000MME, 100mM Tris pH 8.5, 200mM Trimethylamine n-oxide cryoprotected with well solution +20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.85 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein was from BuxeA.00171.a.A1.PW33644 set up at 26.35mg/ml, .4/.4 uL drops at 16c. Crystals were found in condition: 20% PEG 2000MME, 100mM Tris pH 8.5, 200mM Trimethylamine n-oxide ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日

放射

モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 18.68 / 数: 563565 / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 0.97 / D res high: 1.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 78305 / % possible obs: 99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.21	50	89.7	1	0.035	0.336	6.6
2.54	3.21	98.9	1	0.059	0.689	7.1
2.22	2.54	99.3	1	0.09	1.297	6.8
2.02	2.22	100	1	0.103	1.44	7.3
1.87	2.02	100	1	0.109	1.374	7.4
1.76	1.87	100	1	0.118	1.085	7.4
1.68	1.76	100	1	0.142	1.043	7.4
1.6	1.68	100	1	0.168	1.001	7.4
1.54	1.6	100	1	0.202	0.975	7.4
1.49	1.54	100	1	0.247	0.942	7.3
1.44	1.49	99.9	1	0.309	0.914	7.3
1.4	1.44	99.8	1	0.382	0.869	7.3
1.36	1.4	99.6	1	0.474	0.823	7.3
1.33	1.36	99.6	1	0.551	0.802	7.2
1.3	1.33	99.4	1	0.61	0.78	6.7

反射

解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 79016 / Num. obs: 78305 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Χ²: 0.967 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.3-1.33	6.7	0.61	5240	0.78	1	99.4
1.33-1.36	7.2	0.551	5174	0.802	1	99.6
1.36-1.4	7.3	0.474	5248	0.823	1	99.6
1.4-1.44	7.3	0.382	5233	0.869	1	99.8
1.44-1.49	7.3	0.309	5231	0.914	1	99.9
1.49-1.54	7.3	0.247	5243	0.942	1	100
1.54-1.6	7.4	0.202	5279	0.975	1	100
1.6-1.68	7.4	0.168	5206	1.001	1	100
1.68-1.76	7.4	0.142	5271	1.043	1	100
1.76-1.87	7.4	0.118	5286	1.085	1	100
1.87-2.02	7.4	0.109	5250	1.374	1	100
2.02-2.22	7.3	0.103	5270	1.44	1	100
2.22-2.54	6.8	0.09	5262	1.297	1	99.3
2.54-3.21	7.1	0.059	5267	0.689	1	98.9
3.21-50	6.6	0.035	4845	0.336	1	89.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	35.15 Å
Translation	2.5 Å	35.15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.4.0	位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4DFE

4dfe

解像度: 1.35→35.154 Å / Occupancy max: 2 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.9102 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1736	3473	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1591	-	-	-
obs	0.1598	69575	98.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.759 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.64 Å² / B_iso mean: 20.806 Å² / B_iso min: 10.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3686 Å²	-0 Å²	-0.4528 Å²
2-	-	-0.7192 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3506 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→35.154 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2557	0	5	346	2908

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2757
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.311	3775
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	505
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.396	988

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.35-1.3685	0.2841	128	0.2342	2454	2582	91
1.3685-1.388	0.2344	134	0.2205	2523	2657	96
1.388-1.4088	0.2325	141	0.2051	2687	2828	99
1.4088-1.4308	0.1965	140	0.1944	2652	2792	100
1.4308-1.4542	0.2161	140	0.185	2659	2799	100
1.4542-1.4793	0.2162	142	0.1729	2684	2826	100
1.4793-1.5062	0.2101	138	0.1699	2632	2770	100
1.5062-1.5352	0.1636	140	0.1562	2656	2796	100
1.5352-1.5665	0.1824	142	0.1506	2687	2829	100
1.5665-1.6006	0.1656	143	0.1537	2727	2870	100
1.6006-1.6378	0.1684	139	0.1491	2631	2770	100
1.6378-1.6788	0.1634	140	0.1497	2676	2816	100
1.6788-1.7242	0.1777	141	0.1474	2676	2817	100
1.7242-1.7749	0.1869	141	0.1505	2691	2832	100
1.7749-1.8322	0.1947	141	0.1454	2670	2811	100
1.8322-1.8977	0.1596	141	0.156	2676	2817	100
1.8977-1.9736	0.1919	141	0.1595	2668	2809	100
1.9736-2.0634	0.1538	142	0.1483	2697	2839	100
2.0634-2.1722	0.1628	142	0.1468	2677	2819	100
2.1722-2.3083	0.173	140	0.15	2663	2803	98
2.3083-2.4865	0.1648	141	0.1465	2686	2827	100
2.4865-2.7366	0.1549	143	0.15	2688	2831	100
2.7366-3.1324	0.1672	138	0.1523	2661	2799	99
3.1324-3.9456	0.1662	123	0.1661	2393	2516	88
3.9456-35.154	0.1764	132	0.1726	2588	2720	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3957	-0.9325	-0.1714	1.5248	0.1282	0.5428	0.0418	0.0369	-0.2887	-0.0436	-0.0062	0.0727	0.0779	0.0512	-0.0361	0.1386	-0.0038	-0.0117	0.1215	-0.0145	0.1066	-16.5963	-11.522	20.7344
2	1.0354	0.1577	-1.6678	0.8003	-0.8323	4.549	0.0707	0.1358	0.1566	-0.1431	-0.0878	0.0383	-0.4541	0.0637	0.0337	0.221	0.0082	-0.031	0.1885	0.0275	0.1833	-23.4173	19.2983	5.8525
3	0.527	-0.1775	0.2182	0.6472	-0.1413	0.8169	0.0198	0.0086	0.0105	-0.0128	-0.0248	0.0017	-0.0344	0.0282	0.008	0.0889	-0.007	0.0072	0.1246	0.0001	0.1198	-18.3271	2.6668	26.4127
4	1.0912	-0.1707	0.0073	0.6188	-0.0268	0.9816	-0.0136	0.1159	0.0892	-0.0979	-0.0149	-0.0825	-0.0869	0.099	0.0218	0.1217	0.0088	0.0054	0.1394	0.0113	0.1031	-6.5462	5.5553	18.8806
5	0.9582	0.4517	0.2603	7.8604	-0.337	1.4488	0.0159	0.2555	-0.1047	-0.8178	-0.0419	-0.3627	0.0518	0.126	0.0122	0.2335	0.0398	0.0259	0.2257	-0.0273	0.1576	-6.1803	-4.788	5.6282
6	1.5061	-0.4224	0.1384	2.5369	0.634	1.6663	0.0818	0.3225	-0.1421	-0.41	-0.076	-0.0082	0.1006	0.0067	0.0032	0.193	0.0324	-0.0154	0.2037	-0.0409	0.119	-17.2578	-5.2677	3.0983
7	0.7015	-0.3625	-0.1714	0.8979	-0.038	0.6635	0.066	0.0765	-0.0589	-0.076	-0.0328	0.1057	0.0504	-0.0672	-0.0326	0.1359	0.0038	-0.0206	0.1394	-0.0089	0.1208	-22.2328	-3.5459	14.3721

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 8:26 )	A	8 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 27:55 )	A	27 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 56:178 )	A	56 - 178
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 179:237 )	A	179 - 237
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 238:260 )	A	238 - 260
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 261:297 )	A	261 - 297
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 298:358 )	A	298 - 358

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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