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- PDB-4efi: Crystal Structure of 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) Synthase fr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4efi | ||||||
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Title | Crystal Structure of 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) Synthase from Burkholderia Xenovorans LB400 | ||||||
![]() | 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein) synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Acyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Craig, T.K. / Abendroth, J. / Staker, B. / Stewart, L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...Authors: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 206.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 165.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3d63C ![]() 3dahC ![]() 3eizC ![]() 3ej2C ![]() 3ek2C ![]() 3ezoC ![]() 3f0fC ![]() 3ftpC ![]() 3gk0C ![]() 3gk3C ![]() 3gvfC ![]() 3gwaC ![]() 3gweC ![]() 3imlC ![]() 3sz8C ![]() 3t4cC ![]() 3tmlC ![]() 3tmqC ![]() 3txyC ![]() 3u7jC ![]() 3ue9C ![]() 3uk1C ![]() 3uk2C ![]() 3undC ![]() 3uptC ![]() 3urrC ![]() 3uw1C ![]() 3uw2C ![]() 3uw3C ![]() 3v2iC ![]() 3v7nC ![]() 3v8hC ![]() 3v9oC ![]() 3v9pC ![]() 3vavC ![]() 4ddoC ![]() 4dfeSC ![]() 4dheC ![]() 4dhkC ![]() 4dutC ![]() 4dz4C ![]() 4e4tC ![]() 4eg0C ![]() 4egjC ![]() 4ek2C ![]() 4eqyC ![]() 4ewgC ![]() 4exqC ![]() 4f2gC ![]() 4f32C ![]() 4f3nC ![]() 4f3yC ![]() 4f4hC ![]() 4f7dC ![]() 4fk8C ![]() 4fryC ![]() 4g1kC ![]() 4g67C ![]() 4ghkC ![]() 4h3yC ![]() 4h3zC ![]() 4h4gC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 37857.117 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q13SV4, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I |
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#2: Chemical | ChemComp-UNL / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#3: Chemical | ChemComp-CL / |
#4: Chemical | ChemComp-FMT / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Protein was from BuxeA.00171.a.A1.PW33644 set up at 26.35mg/ml, .4/.4 uL drops at 16c. Crystals were found in condition: 20% PEG 2000MME, 100mM Tris pH 8.5, 200mM Trimethylamine n-oxide ...Details: Protein was from BuxeA.00171.a.A1.PW33644 set up at 26.35mg/ml, .4/.4 uL drops at 16c. Crystals were found in condition: 20% PEG 2000MME, 100mM Tris pH 8.5, 200mM Trimethylamine n-oxide cryoprotected with well solution +20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 14, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(220) Asymmetric cut single crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 18.68 / Number: 563565 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 0.97 / D res high: 1.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 78305 / % possible obs: 99.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.3→50 Å / Num. all: 79016 / Num. obs: 78305 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7.2 % / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 9.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 4DFE Resolution: 1.35→35.154 Å / Occupancy max: 2 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.9102 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / Phase error: 15.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.759 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 61.64 Å2 / Biso mean: 20.806 Å2 / Biso min: 10.06 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.35→35.154 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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