PDB-4dfe: Crystal structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dfe

タイトル

Crystal structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III from Burkholderia xenovorans

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換,

分子置換 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2012年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dfe.cif.gz	477.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dfe.ent.gz	393.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dfe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dfe_validation.pdf.gz	473.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dfe_full_validation.pdf.gz	483.4 KB	表示
XML形式データ	4dfe_validation.xml.gz	47.5 KB	表示
CIF形式データ	4dfe_validation.cif.gz	67 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/4dfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/4dfe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8C 3t4cC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC 1hn9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3t6s-d 6com-d 2py7-d 3il5-2 4yuf-1 4nhd-2 6m7f-2 1ayl-d 1aq2-d 3il5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuxeA.00171.c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.990, 67.030, 89.200
Angle α, β, γ (deg.)	113.720, 89.980, 100.250
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III 分子量: 35322.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: fabH, Bxeno_A3336, Bxe_A1072 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q13VL5, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Internal tracking number 228627G11. Crystallant (Wizard III/IV G11): 20% PEG 6000, 0.1 M Hepes pH 7.0, 200 mM NaCl. Protein: BuxeA.00171.c.A1 PW33645 at 35 mg/ml in a buffer consisting of 25 ...詳細: Internal tracking number 228627G11. Crystallant (Wizard III/IV G11): 20% PEG 6000, 0.1 M Hepes pH 7.0, 200 mM NaCl. Protein: BuxeA.00171.c.A1 PW33645 at 35 mg/ml in a buffer consisting of 25 mM HEPES pH 7.0, 300-500 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.025% sodium azide, 5% glycerol. Cryoprotection was achieved by supplementing the reservoir solution with 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.9 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Internal tracking number 228627G11. Crystallant (Wizard III/IV G11): 20% PEG 6000, 0.1 M Hepes pH 7.0, 200 mM NaCl. Protein: BuxeA.00171.c.A1 PW33645 at 35 mg/ml in a buffer consisting of 25 ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日

放射

モノクロメーター: Asymmetric curved crystal, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 49242 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.372 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.35-2.41	3.3	0.502	2.5	11990	3645	97.5
2.41-2.48		0.449	2.8	11593	3527	97.3
2.48-2.55		0.365	3.4	11167	3390	97.3
2.55-2.63		0.295	4.1	10980	3349	97.5
2.63-2.71		0.271	4.6	10687	3259	97.4
2.71-2.81		0.219	5.6	10304	3141	97.6
2.81-2.91		0.187	6.6	9954	3038	97.6
2.91-3.03		0.149	8	9534	2915	98
3.03-3.17		0.114	9.9	9096	2784	97.8
3.17-3.32		0.093	12.2	8777	2688	97.8
3.32-3.5		0.076	14.5	8278	2535	97.5
3.5-3.72		0.06	17.5	7822	2403	97.9
3.72-3.97		0.047	21.5	7414	2284	98.5
3.97-4.29		0.039	24.5	6806	2104	98.4
4.29-4.7		0.035	27.2	6338	1963	98.3
4.7-5.25		0.037	25.9	5641	1769	98.7
5.25-6.07		0.041	23.4	4873	1555	98.5
6.07-7.43		0.036	25.7	4394	1322	98.7
7.43-10.51		0.026	34.4	3348	1013	99.4
10.51-50		0.025	39.8	1830	558	97.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	48.46 Å
Translation	2.5 Å	48.46 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換,

分子置換
開始モデル: PDB entry 1HN9

1hn9

解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 18.849 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.275	2488	5.1 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.229	49242	97.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.633 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	-0.43 Å²	-1.09 Å²
2-	-	-0.37 Å²	1.88 Å²
3-	-	-	1.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9403	0	4	290	9697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	9591
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	6140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.294	1.946	13070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.167	3	14967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.069	5	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.696	23.403	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.564	15	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.836	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1981

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	188	-
R_work	0.298	3446	-
all	-	3634	-
obs	-	-	97.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2854	-0.8563	0.3422	2.9563	-0.3419	1.8915	0.1467	-0.0233	-0.0399	0.0272	0.1346	-0.0673	0.8586	0.1989	-0.2813	0.4274	0.0681	-0.1487	0.193	0.0276	0.1986	33.0782	-14.8606	10.4206
2	1.0585	-0.4655	0.2748	2.5316	-0.5863	1.162	-0.0099	0.1059	-0.0044	0.1048	0.0226	-0.2543	0.1944	0.089	-0.0127	0.1396	0.0102	-0.0438	0.1324	-0.0175	0.1384	27.8987	-3.632	-0.1938
3	0.1687	-0.363	-0.2609	2.4042	-0.3527	1.3093	-0.0774	0.0002	0.0166	0.7467	0.0807	-0.296	0.1071	0.0343	-0.0034	0.4124	0.0468	-0.1811	0.1013	-0.0167	0.132	27.8655	-2.5784	15.815
4	2.3729	-0.9925	-1.0835	1.8606	-0.246	2.2852	0.0894	-0.4122	-0.3051	0.3592	0.0118	0.3488	0.3429	-0.0034	-0.1012	0.3769	-0.1411	0.0139	0.1581	0.0586	0.1257	13.5166	-13.5244	16.7055
5	0.9468	-0.4796	0.4787	2.4332	-0.3863	1.7113	0.0498	-0.0724	-0.1794	0.3744	0.0419	0.084	0.4838	-0.0761	-0.0917	0.3056	-0.0418	-0.0096	0.1065	0.0378	0.1431	19.0625	-15.044	9.6381
6	2.0432	-1.5126	1.1936	7.6242	0.9011	1.1904	0.3202	0.2162	-0.6613	-0.1347	0.2454	-0.2506	0.2115	0.2119	-0.5656	0.2055	0.0197	-0.0726	0.247	-0.0088	0.3612	15.2088	-42.4779	-35.8975
7	0.9949	-0.1552	0.235	2.0178	-0.1765	0.6371	0.0452	0.0891	0.0857	-0.4245	0.065	0.1068	0.1215	-0.0056	-0.1103	0.2187	-0.0141	-0.0454	0.1336	0.0054	0.0959	5.5743	-29.641	-41.5889
8	1.2284	0.0792	0.3537	2.041	-0.0429	0.3311	0.1025	-0.131	-0.0673	0.0136	0.0129	-0.2202	0.0423	0.0096	-0.1154	0.0946	-0.0068	-0.0281	0.1351	0.0039	0.1333	15.3405	-29.5498	-28.7329
9	1.0198	-0.4479	-0.3366	2.991	-0.6284	0.8452	-0.0513	-0.1764	-0.1184	-0.0253	0.184	0.3698	0.0708	0.0208	-0.1327	0.1107	-0.003	-0.0067	0.1953	0.0371	0.183	1.7422	-37.6579	-19.8303
10	1.1225	-0.2891	0.9686	1.5719	-0.2602	1.5242	0.0906	0.0348	-0.0779	-0.1285	0.1309	0.2769	0.1902	-0.0541	-0.2214	0.1318	-0.0249	-0.0325	0.0983	0.0185	0.2026	1.5518	-39.9872	-28.2468
11	2.2964	1.2353	-1.9339	3.0742	-1.1631	3.8357	0.1838	-0.0919	0.0992	-0.2351	-0.0705	-0.1999	-0.739	0.2371	-0.1133	0.2873	-0.0442	-0.0194	0.0192	-0.0019	0.1343	15.8621	1.4705	-42.1392
12	0.3089	0.1682	-0.1783	3.1739	-0.5318	1.1808	-0.1456	-0.068	0.0261	-0.0487	0.0351	-0.1301	-0.1794	-0.0005	0.1105	0.1441	0.0115	-0.0166	0.1564	-0.002	0.1595	10.8853	-10.1117	-30.922
13	0.2587	0.6456	0.1027	2.4983	-0.7172	1.7107	-0.1626	0.0301	0.0469	-0.7559	0.1663	-0.0049	-0.0355	-0.0019	-0.0037	0.394	-0.0346	0.0721	0.1015	-0.0069	0.1168	10.6713	-10.9901	-46.8832
14	3.9423	1.6677	1.2832	1.6476	0.8538	0.7573	-0.1623	0.5973	0.2758	-0.4184	0.1111	0.4683	-0.2131	-0.0027	0.0512	0.2696	0.0466	-0.1293	0.2084	0.0882	0.2494	-3.3394	0.1252	-47.3916
15	0.8533	0.0456	-0.7595	3.1199	0.1553	1.2163	-0.0334	0.0774	0.1947	-0.4115	0.0431	0.3054	-0.2723	-0.0938	-0.0096	0.293	0.0405	-0.1135	0.1018	0.0357	0.2353	1.9013	1.5307	-40.5194
16	7.227	2.7084	-0.3757	2.7021	0.0966	1.6081	0.1873	-0.2094	0.3976	0.2592	0.0788	-0.0214	-0.2604	0.1574	-0.2661	0.1277	0.0123	0.0598	0.0406	-0.0272	0.1691	31.0019	28.9197	4.3311
17	0.8629	0.0306	-0.0646	1.2672	-0.0483	0.8977	0.0879	-0.0231	-0.0382	0.4362	0.0538	-0.1056	-0.0268	-0.008	-0.1416	0.189	-0.0028	0.0094	0.1249	-0.0055	0.1358	22.6008	15.8957	10.5599
18	0.5915	0.4253	-0.3598	1.7124	-0.168	0.4896	0.154	0.0736	0.1036	-0.0309	0.0032	-0.2718	-0.0152	0.0659	-0.1572	0.0952	0.0245	0.0557	0.1797	-0.0363	0.1707	31.6923	15.855	-2.6393
19	3.7492	1.6609	-0.6928	2.1243	-0.1941	1.7428	0.0614	0.3665	0.1027	-0.005	0.0741	-0.0044	-0.0382	0.0927	-0.1355	0.0742	0.006	0.0303	0.1627	0.0684	0.1818	18.9254	24.0422	-12.1456
20	1.0585	0.1944	-0.4004	1.6209	-0.66	1.8149	0.133	-0.0957	0.0626	0.183	0.1286	0.1462	-0.1737	-0.1022	-0.2616	0.1056	0.014	0.0925	0.1295	0.0319	0.1847	18.5583	26.2575	-2.9724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	46 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	158 - 232
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	233 - 269
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	270 - 329
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	5 - 45
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	46 - 157
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	158 - 232
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	233 - 269
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	270 - 329
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	5 - 45
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	46 - 157
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	158 - 232
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	233 - 269
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	270 - 329
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	5 - 45
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	46 - 157
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	158 - 232
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	233 - 269
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	270 - 329

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)