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- PDB-4nhd: Crystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase III (FabH) from V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nhd
タイトルCrystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase III (FabH) from Vibrio Cholerae in complex with Coenzyme A
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 1
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / Vibrio cholerae / beta-ketoacyl-(acyl carrier protein) synthase III
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III 1
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Hou, J. / Zheng, H. / Langner, K. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of beta-ketoacyl-ACP synthase III (FabH) from Vibrio Cholerae in complex with Coenzyme A
著者: Hou, J. / Zheng, H. / Langner, K. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 1
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 1
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 1
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,82318
ポリマ－136,4034
非ポリマー3,42014
水22,7351262
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 1
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8808
ポリマ－68,2022
非ポリマー1,6786
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
2
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 1
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,94310
ポリマ－68,2022
非ポリマー1,7418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.449, 100.248, 132.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEAA0 - 3163 - 319
21PHEPHEBB0 - 3163 - 319
12PHEPHEAA0 - 3163 - 319
22PHEPHECC0 - 3163 - 319
13LYSLYSAA0 - 3153 - 318
23LYSLYSDD0 - 3153 - 318
14PHEPHEBB0 - 3163 - 319
24PHEPHECC0 - 3163 - 319
15LYSLYSBB0 - 3153 - 318
25LYSLYSDD0 - 3153 - 318
16LYSLYSCC0 - 3153 - 318
26LYSLYSDD0 - 3153 - 318

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 1 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III protein 1 / Beta-ketoacyl-ACP synthase III 1 / KAS III 1


分子量: 34100.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: fabH1, VC2023, VC_2023 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9KQH5, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2M calcium chloride, 20%PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 125028 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.817 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5576 / % possible all: 87.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GYO

2gyo


解像度: 1.78→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.211 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1957 6293 5 %RANDOM
Rwork0.1702 ---
obs0.1715 124893 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.87 Å2 / Biso mean: 26.2697 Å2 / Biso min: 5.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å2-0 Å20 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3---2.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9458 0 201 1262 10921
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.029541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6711.98413645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.067321917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75151289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56124.427384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.484151619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3021549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.21579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0261.4425123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0261.4425122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.662.1586414
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A191390.06
12B191390.06
21A191190.06
22C191190.06
31A188830.06
32D188830.06
41B193320.05
42C193320.05
51B187900.06
52D187900.06
61C191180.06
62D191180.06
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 480 -
Rwork0.248 8534 -
all-9014 -
obs--96.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20061.08530.94391.09760.63582.01910.136-0.194-0.00910.1428-0.12510.0273-0.04110.166-0.01090.0916-0.0319-0.01190.08780.03750.074221.009750.5809-18.0094
20.5831-0.0706-0.02270.63990.00020.93460.03810.0331-0.0701-0.0247-0.0401-0.0024-0.01760.01220.0020.02470.0025-0.0050.0097-0.00010.010910.757750.5242-33.8532
31.10980.5705-0.00981.5292-0.53070.5060.1166-0.1790.04210.2436-0.09210.083-0.09420.0271-0.02450.0759-0.02470.02330.0524-0.00610.00756.238552.7438-18.9598
41.26590.5585-0.89130.4498-0.65851.88130.1315-0.10210.08920.0724-0.05740.0968-0.0822-0.1141-0.07410.0579-0.0084-0.00940.056-0.03090.053529.690730.8739-19.6398
50.50410.02880.13520.6917-0.13491.30770.05070.078-0.0015-0.0672-0.0470.0591-0.08040.035-0.00370.0530.0199-0.02620.022-0.01650.029839.840631.9342-35.6302
61.16190.62070.12831.11420.35011.16860.1082-0.0675-0.1650.142-0.0789-0.02490.06290.0387-0.02930.0573-0.0062-0.03240.03190.00490.044344.000827.2525-20.6339
70.6336-0.1358-0.15080.6250.06440.90590.00080.01590.05010.00150.0007-0.0009-0.03650.0424-0.00150.04830.002-0.00290.0388-0.00030.00455.940669.5526-45.268
81.9111.37751.85431.7633.66018.81570.08580.0123-0.29970.17390.0768-0.17720.41170.2369-0.16260.0619-0.0045-0.02430.05810.03490.072125.331462.122-41.9143
90.97220.12310.45890.3129-0.11441.06460.01470.1771-0.0419-0.11380.0161-0.04290.00320.0439-0.03080.08840.00730.01150.0819-0.01710.01214.126363.4731-59.1958
101.3953-0.29170.42011.88880.62231.63250.14960.1485-0.2731-0.1649-0.15840.29630.1292-0.10970.00890.1080.0587-0.1020.0651-0.0790.140441.72948.6183-49.4026
111.4231-0.79550.28141.3636-0.1591.01070.10320.1463-0.2262-0.1147-0.06250.19570.0124-0.0083-0.04070.07910.0543-0.05860.0617-0.05480.066441.919718.8062-46.8346
121.86220.0637-0.16231.18010.22681.07640.13180.4985-0.0019-0.4336-0.13330.1555-0.01760.06760.00160.22440.133-0.08930.2297-0.0530.041947.084420.2897-61.9025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2A49 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3A186 - 316
4X-RAY DIFFRACTION4B0 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5B48 - 183
6X-RAY DIFFRACTION6B184 - 316
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 184
8X-RAY DIFFRACTION8C185 - 202
9X-RAY DIFFRACTION9C203 - 316
10X-RAY DIFFRACTION10D1 - 96
11X-RAY DIFFRACTION11D97 - 204
12X-RAY DIFFRACTION12D205 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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