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- PDB-2gyo: Methanethiol-Cys 112 Inhibition Complex of E. Coli Ketoacyl Synth... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2gyo | ||||||
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Title | Methanethiol-Cys 112 Inhibition Complex of E. Coli Ketoacyl Synthase III (FabH) and Coenzyme A | ||||||
![]() | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / fatty acid biosynthesis / alkyl-coa-disulfide / mechanism-based inhibitor / mycobacterium tuberculosis | ||||||
Function / homology | ![]() beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Alhamadsheh, M.M. / Musayev, F. / Komissarov, A.A. / Sachdeva, S. / Wright, H.T. / Scarsdale, N. / Florova, G. / Reynolds, K.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Alkyl-CoA Disulfides as Inhibitors and Mechanistic Probes for FabH Enzymes. Authors: Alhamadsheh, M.M. / Musayev, F. / Komissarov, A.A. / Sachdeva, S. / Wright, H.T. / Scarsdale, N. / Florova, G. / Reynolds, K.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 129 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 107.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 672.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 677.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | The asymmetric unit contains the dimer corresponding to the biological assembly |
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Components
#1: Protein | Mass: 33547.027 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P0A6R0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I #2: Chemical | ChemComp-COA / | #3: Chemical | ChemComp-MEE / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.7M ammonium sulfate, 2% PEG400, 100 mM Na Hepes (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 17, 2005 / Details: Rigaku Varimax Confocal Optics |
Radiation | Monochromator: Rigaku Varimax Optics / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→31.09 Å / Num. all: 44165 / Num. obs: 42137 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 5.09 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 14 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 5.41 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 97.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Isotropic thermal model: TLS groups for each protein chain with residual isotropic B factors for each atom Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.206 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.515 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.293 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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