[日本語] English
万見
- PDB-3il4: Structure of E. faecalis FabH in complex with acetyl CoA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3il4
タイトルStructure of E. faecalis FabH in complex with acetyl CoA
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
キーワードTRANSFERASE / FabH / fatty acid biosynthesis / antibiotic / Acyltransferase / Cytoplasm / Lipid synthesis / Multifunctional enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Margosiak, S. / Lu, J. / Cortez, J. / Su, Y. / Nie, Z. / Appelt, K.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of bacterial FabH suggest a molecular basis for the substrate specificity of the enzyme.
著者: Gajiwala, K.S. / Margosiak, S. / Lu, J. / Cortez, J. / Su, Y. / Nie, Z. / Appelt, K.
履歴
登録2009年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,7178
ポリマ－140,4794
非ポリマー3,2384
水81145
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8584
ポリマ－70,2392
非ポリマー1,6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21250 Å2
手法PISA
2
C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8584
ポリマ－70,2392
非ポリマー1,6192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.751, 93.295, 104.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III


分子量: 35119.664 Da / 分子数: 4 / 変異: A192T, N253S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: EF_2885, fabH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q820T1, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.65 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M HEPES, 0.125 M magnesium sulfate, and 1.5% DMSO, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→25 Å / Num. all: 25834 / Num. obs: 25403 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 2470 / Rsym value: 0.229 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
CNX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IL9

3il9


解像度: 3→24.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 346708.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 2471 9.9 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 24963 97.1 %-
all-25403 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19.8116 Å2 / ksol: 0.317911 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.36 Å20 Å21.81 Å2
2--23.54 Å20 Å2
3----10.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→24.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9782 0 204 45 10031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it8.511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it12.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it15.42.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 358 9 %
Rwork0.279 3627 -
obs--92.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3aco.param
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る