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- PDB-3uw1: Crystal structure of ribose-5-phosphate isomerase a from burkhold... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uw1
タイトルCrystal structure of ribose-5-phosphate isomerase a from burkholderia thailandensis with ribose-5-phosphate
要素Ribose-5-phosphate isomerase A
キーワードISOMERASE / SSGCID / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Ribose isomerase / Ribose-5-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ribose metabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribose-5-phosphate isomerase, type A, subgroup / Ribose 5-phosphate isomerase, type A / Ribose 5-phosphate isomerase A (phosphoriboisomerase A) / Rossmann fold - #1360 / ACT domain / NagB/RpiA transferase-like / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBOSE-5-PHOSPHATE / Ribose-5-phosphate isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2011年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3652
ポリマ－25,1351
非ポリマー2301
水4,972276
1
A: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子

A: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7304
ポリマ－50,2692
非ポリマー4602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
Buried area3310 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
2
A: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子

A: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7304
ポリマ－50,2692
非ポリマー4602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_758-x+2,y,-z+31
Buried area2790 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.420, 73.558, 52.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-390-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribose-5-phosphate isomerase A / Phosphoriboisomerase A


分子量: 25134.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_I2516, rpiA / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2SVL4, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 糖 ChemComp-R5P / RIBOSE-5-PHOSPHATE / D-リボ-ス5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 290 K / pH: 6.5
詳細: Internal tracking number 225985D11. WIZARD 3/4 screen condition D11: 30%(w/v) PEG 5000 MME, 0.1M MES, 0.2M Ammonium sulfate, ButhA.00944.a.A1 PW33411 at 33.6 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: Internal tracking number 225985D11. WIZARD 3/4 screen condition D11: 30%(w/v) PEG 5000 MME, 0.1M MES, 0.2M Ammonium sulfate, ButhA.00944.a.A1 PW33411 at 33.6 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.1 % / Av σ(I) over netI: 23.9 / 数: 183213 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 0.92 / D res high: 1.71 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 25863 / % possible obs: 99.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.645099.610.0650.66811.1
3.684.6410010.0630.61211.2
3.223.6810010.0680.69111.2
2.923.2210010.0760.71911.2
2.712.9210010.0840.82310.4
2.552.7110010.0920.9568.8
2.432.5510010.0941.0198
2.322.4310010.0991.197.6
2.232.3210010.1061.3277.2
2.152.2310010.1131.4796.9
2.092.1510010.1131.5426.3
2.032.0910010.1011.2225.6
1.972.0310010.0860.8625.1
1.931.9710010.0960.8364.9
1.881.9310010.1030.814.7
1.841.8810010.1060.7814.6
1.811.8410010.120.8144.4
1.771.8110010.1320.8484.3
1.741.7799.610.1510.9024.1
1.711.7489.510.1550.863.1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 25863 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / % possible all: 89.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å27.38 Å
Translation2.5 Å27.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.71→27.38 Å / Occupancy max: 99 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 1263 4.97 %
Rwork0.147 --
obs0.149 25399 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→27.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1705 0 14 276 1995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2962439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.286666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7067-1.7750.19331350.16382414X-RAY DIFFRACTION89
1.775-1.85580.16591340.14282651X-RAY DIFFRACTION96
1.8558-1.95360.18621360.14132641X-RAY DIFFRACTION98
1.9536-2.0760.16281450.1442704X-RAY DIFFRACTION98
2.076-2.23620.20791400.13162711X-RAY DIFFRACTION99
2.2362-2.46110.1591470.13852735X-RAY DIFFRACTION99
2.4611-2.81690.15921400.14372727X-RAY DIFFRACTION99
2.8169-3.54780.16861400.1542745X-RAY DIFFRACTION100
3.5478-27.38680.17211460.15732808X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2766-1.0025-1.21160.91620.45560.4912-0.0785-0.43280.08960.24530.035-0.0272-0.01940.13140.04510.09150.0021-0.02110.10180.00660.059351.142160.18474.1633
22.5368-0.5027-0.29190.7957-0.32820.8878-0.0282-0.17880.16970.23330.0455-0.0792-0.14470.1031-0.01040.0502-0.0123-0.01880.0368-0.01050.072259.25365.635767.3977
30.6621-0.46350.07662.61060.70542.4239-0.00670.01190.07880.0770.0555-0.0666-0.13510.1502-0.04010.0593-0.0242-0.020.04810.0030.073960.981369.201759.0479
42.26320.5876-0.29660.8177-0.29041.899-0.0184-0.00060.0187-0.00340.04520.0074-0.01480.0541-0.0210.02990.0053-0.00830.026-0.00820.029449.388557.692858.5726
50.98180.03530.07271.1124-0.37151.96860.01450.03470.2068-0.0324-0.0642-0.0364-0.1717-0.03540.02430.04270.00960.00060.0453-0.00040.064236.775762.349347.8008
60.7654-0.2390.18650.49680.27591.95660.02470.0276-0.0191-0.01360.01010.01510.10450.0312-0.03750.0347-0.01340.00530.02510.00290.034444.436652.424455.6274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 4:25)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 26:53)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 54:85)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 86:129)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 130:179)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 180:234)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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